RnoINT0012785 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000005334 | Acvr2a
Description
activin A receptor type 2A [Source:RGD Symbol;Acc:70911]
Coordinates
chr3:33006643-33021596:+
Coord C1 exon
chr3:33006643-33006797
Coord A exon
chr3:33006798-33021452
Coord C2 exon
chr3:33021453-33021596
Length
14655 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
5' ss Score
10.86
3' ss Seq
TTATTATTATTTATCTCTAGGAC
3' ss Score
11.08
Exon sequences
Seq C1 exon
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AAATCCTGTTCCGTTAGGCTTTATTCTGATTTATTCGTGTTGCTACAGCTGGACAGGGAGGGTTATAACAGGGCTAGTTTATCACCAGGTTTTGTTTAATTCTGGCCATCGTTCTTTGTGTTTTCTTCCTGGTTTGTCTTTCCTGAGCACATTCATAGCCACCATAGCATTCCGTGTTTCATCCTGTTAGTGCCTTCCAACAAGGTGAGTGAGGTAATTCACTCCCTGGAAATAGGAAATTTCACAGATTCTTATGAAAACTGTTAAAAAGACCAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAAATCAAAGCAAACCAAAACAAAAAACCCCCAAAACCAAACAAACAAAACCAAAAATCTCAAAACAAAATGAAAACAGAAAACCCCCAAAACAGCATTCAAAAAAACCCCTCCAAATTAACACAACAGCACAACACAAAACAAACAAATCCTAGAGCTGGAGAGACATCACAACTCCAAAGGGCTTTATAAGCGTGAACATATAAGTATGATCCTTAGAACACACATGAAAGGAAGAGAAAAGAAAGCAAACCAAACAGGCAGGCAGGCAGGCAGGCCAGCTGGGTGTGATGCTGCATGTTTGTGATCCCAGCACTGAAAAAGCAGAGACAGTGTATTCCTGGGGCTTGCTGCCAGCCTAGCCTGGTGGGGAGTTCAAGGCCACTTGGAAATGGCACTTTTGGAATGACACCTGAGGTTATCCCCTAACCTCCATGCACAGATGCCTACACATGTATGCACACTCATGAAAGTTAGAATCCCTAGTCTGAGACAACTGGATTTCCTCAGGCTTGTTTCCTGGCAGTTGTTAAAGGCAATACTGCCCTCTGCTGTTCAGAAGCTAATTGCAGCTCCTATATTCCCCAGAATTGCCTGTTTACACTCATGCTTTATACTTTAAAATCTTTTCAAGAAATACGTAAAATTTAAAATTTATTCGCTGGCTTGAAGCCCATTGTATCAGGTAATTTGGAGTTATTTTTACATCAAAATTTATTTACTAGCACCCTAATAGGTATGTCTACGAATTTTTCCTTTATATTTTTAAAAATAACACTTTCCTCTGTTTATAAGGAATGTGTTTTTAATTCTTATCTTAAAAATATAGCCCATTAACTCACTGTCAACTCTTAAAAAGCTAAATCATTCTTTCACCTTTGTAACTGATGTGTCATTTTTCATTTCATTCTGAATATGAATCGTAATTTCTTTTGCCTGTGTTTTTTTCTTCACAAGCACGCCTTTCATATAATGATAGAGGTAAGATGCATTGATGTTTGTTTTATGGTTGTGAAAGCTTCTGTGGATGCACACAAGACATGTCCTTAGAGTTTTGTTACTGTTGCTTTACTTTGCATCCTTTATAGTTTATCTACATTTTTTGTTTTAAAAGTCTCCTCTTTTGTATCCAAATATTATTCATTTGACATAGTAAAATTTTGGTTTTGAAGGATTGTTAACAGCATTTATATTTATCTAAGGTAGGCTGTAGAAAGAGCTATTTCTTTTGATTGGAAGATAAAACCTAATGAAGGAATTAGCCCTAGGAACCCAGTATTTCTAATTTTAATATTTCATGTGTTTAAATGTCAAGCCTGTACTCATTTAAATAAGAGGTGACTTTCTGGTCTAGCTCATTATCTTTTAACCTAAAGTCTATTTTCCAGTGTCATCTCTAGTAAATGAATTAGCTGCATAAATAACACCTTTGACAAATCAGTTGCTGCCTTGAAGGTTGGGACTTTTTGTATTAGAATGTGAAGTTACCTTAGAGATTAGCAGAATTGATGACACATGGCTTTGCTGCTCCTTTAAAGAATGTCCCAGAATGGGTATACTCATGCCACTGTGTGGGTGCTTCAGACAGTCAGACTTTGCCAGTAAGTGCAATCTCAGCATACTCTCTGACGCCTTGAGAAGGAGTGCATAGTCAGAGCCACTTCTGATGTGCATCTTCTTAGTTTTCTGTACTGCATGATTGTTGAAAGGGCACTGGGAATGAGAGGGGAGATTTTCAGAAATTCTCTAGTCCTTAGAATTGCTGTCTTCCAAGTGTTTCTGTGCAGCACAGCAGGGCTATGCTTTATGGAGGCCATCAGTTGTGAACTCTAAGTTCCCATTTGGAGTTCATATGGTTAGTGATAGAAGCCTTCCTTCCTAGAAATAAATACTGAGGTGTTTTACTGATAACAATAAACTGAGAGTAATTTTTAATATTCTTATACAATAATTAAAACTTAGATTTTAGGGGTCCATTTGAAACTTCATCCTAGTAACTTCTTGTTAGGAAAGCAAAAAGGCATATCAATGGTTGACACTTTGTATTGTGTAGTTGTCTTTATTAAGCTGATTTTAAGTTCAGTCTTAAATATTCGTTAGTATTATAGGTAAGAGAACATCTCAAAAAGGTTTGACGTTGGTAAGCATGAACCTTTGTAGATCATTTTCTTCCTTTTTGAATATTGGCCAGTGTTTGTTTTTTTAATTTAAATTTTTATACTGTTAAGAAAATTTGACAGTTGTATGTTTTGTAGCAATTGATGGAAATTTTTTGAATAAAATCATACTATTAAATATTGATCCAAGATTTCTCTCTGAGACAAAAGTGTGTTAAGAAATGTACTAAGGAAAGCCCACACCTATAGGACCTTTGTAGTTTGTGTTTCCATCGAGTAAACATTTAATGTACTTTGAACTACTATTATATTAATCTGAAATATTGAAGACACAAACTCAATCCTGTTTCATGGACTAGATTCATGTCTGTAGTTGGCACCCTTGAACACGAATACATGTGTAAGTTATCTCTAGAGGCATTGGTCAGTGGCTGTGGTGCCCTCTTCTCTCTTTTCAGTGAATTTTGTAGTATTGATGCCTAAAACTGATTACTGTTTTTTCAATTCAGTTATTTCTTTATAAACTTGTTCGTTTATTCTTGGACCTTGCAGACTGGATCATTTTCTTTGCCTTTGGTAGATTAGTGTTCACCTTTTTCTCTCCGGTCCCCTCAGTCAGCTCCTTCCTGTCACTAGAATCATATTATAGGCAGAGACAGTTATAGAATGGCCAAGGAGAGTATGCTTCCCACAGCAACTGTGCAGAGAGACAGAATCACTGTAAGCCTGATCGTCCTGTAGGGTTTGTAGACATCTTTGCTCCATCACTCTGCAAAATGCAAGCACTTTGACTTTATTAACCTTTCATATTTTTAATTTGAGAGGAACAGCAACTTAATAGACATTAAAAAACAAACATGACATCAGAATGAATCACAGGAAGTCTTTCTAATGCCTTACTTCCAAAAATAGGAGTTTTCAAGTCTTTAAGGGACTGCCTACACGTTGCATCCTTTTTCCATATAATAGTTTGAACCTTTTTTTGCCTGGGTAATTCTGATACTTGATAGACAATATATAGACTCACAGACAGACTAGTGGGTCAAGGATGCCTACAAGGAACACTGAAATAATGTTTTGGAGCATTTGGAGGATCTAAAAAGGGAGAGGAACCTTAGGGTGAGATGTGCTGATCTGGATAAAATGTCATTTGTAAGTATCTGAAATACCGCCAGGGGTCTTTTCTTGCCACAAAAATTATTTCCTTCTTACAAAATTTAAATAGCCCTTGAAACATTTCTGATGGTTTCCAGAAGCTTCTTACATTCTGTTGGTGTAGGATTTTTTCTTTACCTTTCTCCCTTTTATGTAGTTTACTGGCCCTATTTTAAAAATGTACCATAGTAGCACTCTTGTCCTTTATTCACCATTCCATCTTTCCAACTATGACTACCACTTTTCTAGAATTATTTTTACTTTTTAAATTTTTCTTTTCAATTGTCCTTAGAACATGACTTTTATTTCTGGTCAGTTTTGGGGAATAGTTAAATCAGTATCATGAAAAGTAAGAATGAACAAACAAAGTTTGTCTATAGGAACATTTCTCTTTTTTTGTTTGTTTTTTGTTTTTTGGGTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTGTTTTTGTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCTCTCTGTCCTGGTAACTGCACTGTAGACCAAGGTGGCCTCGAATTGACAGAGATCTACCTGCCTCTGCCTCTGTCTCTTGAGTGCTGGGATTATATATTTGTTTGAAATGAATGGGCATTGTGAAATTAATACAGAAAAATGTTAATGTTAGACAGCCACTAGAGAAAGTATTAGATTTTGCGATTGTTTTTTTTTTTAGAAATGCTCATACTTTGCTGTTTTTGATACATTTAAAATCTTTATCCCTTGAGAGAATACAAACTGGATAAAGCCAGTTCAGGACACACTATTAAGAGTGTTCTGAAATTCATAGAACGTTTTGAGAACATTGGTCAGACTGGCTGCCTACTCTTCTTCACCTTCCTTTCCTAAGTAGTAGCAGCAAAGATGTTGCTAATCATTGCCTGCTTAGTGGTTCCCACTAATGCCCTAGATTTTAGTTCTTGCAGGCAGAAAATTAAGGTCCCGTTGATGTTGCCGTCCCTCATGTGTTCACGGTTTCTATTAGAGCATTCTTCAGTATAATCACCTTTTTCTCATTTCAGAATCAATGCCTTAGGTTCTACTTATTTATAGCATTATTATTATTATTTATCTCTAG
Seq C2 exon
GACCCTGGACCACCTCCACCTTCCCCATTACTAGGGTTGAAGCCATTGCAGCTATTGGAAGTGAAAGCAAGGGGAAGATTTGGTTGTGTCTGGAAAGCCCAGTTGCTCAATGAGTATGTGGCTGTCAAAATATTTCCGATACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000005334:ENSRNOT00000007404:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.058 A=NA C2=0.010
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0006920=Pkinase=PU(11.1=66.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]