HsaINT0003373 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000121989 | ACVR2A
Description
activin A receptor, type IIA [Source:HGNC Symbol;Acc:173]
Coordinates
chr2:148657313-148672903:+
Coord C1 exon
chr2:148657313-148657467
Coord A exon
chr2:148657468-148672759
Coord C2 exon
chr2:148672760-148672903
Length
15292 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTAAGT
5' ss Score
10.08
3' ss Seq
TTATTATTATTTATCTGTAGGAC
3' ss Score
10.09
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GACCCAGGACCACCCCCACCTTCTCCATTACTAGGTTTGAAACCACTGCAGTTATTAGAAGTGAAAGCAAGGGGAAGATTTGGTTGTGTCTGGAAAGCCCAGTTGCTTAACGAATATGTGGCTGTCAAAATATTTCCAATACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000121989-ACVR2A:NM_001616:4
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.077 A=NA C2=0.014
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0006920=Pkinase=PU(11.1=66.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)