DreINT0025829 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000011188 | acvr2aa
Description
activin A receptor, type IIAa [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-980526-227]
Coordinates
chr9:25573801-25576460:-
Coord C1 exon
chr9:25576322-25576460
Coord A exon
chr9:25573932-25576321
Coord C2 exon
chr9:25573801-25573931
Length
2390 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTACAA
5' ss Score
4.76
3' ss Seq
TTTGTGCATTGTTTGCGAAGGTC
3' ss Score
5.41
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGGGAACCAGGCGTTATATGGCCCCAGAGGTGTTGGAGGGGGCGATCAACTTCCAGCGGGACGCTTTTCTCAGGATAGACATGTATGCAGTGGGGCTGGTGTTGTGGGAGCTGGCGGCCCGCTGCACTGCTTCTGACG
Seq A exon
GTACAAATTTCTGAAGTTCCTCTCACAGCATTATGACATCACAGTCTGTAGTTGTATTTCCTATTTTATTGGTGCAATTTTATTGACATTGGAGTCAAATACTCGCCGAAAACGTGTATTTCAGTGTGTTTTATCGCCATTCAGGCTCTTGAATATCCCTGTCACTGTAAGTGCAGTATGCTTGACGTTATTGATTATTGTTGCCTGGTCTAATGGAACAGTATTGATCAGATTTGGACTATGAAGCAGACCTCAGGGACTGTTGTGACTGCTGTGACCTCATTGAGTGCAGTACATGATGGGATTTAATAGAAGACCGTGTTTTAAACGTTGTTTTGTTCAAAGCTTGTCCTCTTTTGATACTTTTTTTATTTTAGTTGCTAGCACAGGATAATATTTTCACAAACAGACAATATGCATTTCTGTTTGTGTCAGTAGTCGCATCATTTACATTTTTGATGTGCAAACATGTTTTTATTCTTCCAGCAAAACTTTGACCCAAGGGTTTCTAAAATCCCTTAATACTTTGATACCAGTGTTTCCTTTAAGGACAGTTCTCTTAATAAACATATTTACACTGTGGGGAAACATATTATGCATCAATTGTTATTTTTTAATTAACTTATTGCCTTCATTATTTCTAATCTCCTGAAGTCAAAAACGAATTCTTTGAATATTATCATATATTATTATAAAACATTATAATCATTCCTGTGAACCTGCAGAGAATTAAGTGAGCTGTTGAATGGCTTATTAAAAAAACAAAATTCTCCCTATTATGCTAAAAATTATAGATGTATAAACCTCAGGCATATATTTTTGATTAAATTCATATTTATTGGTATTTTTTGTAATGCATATTATGCCAGGGCACCTTTACAATGTGTGCTGAAGATAAAGAAGACAGTTGTGAGAAATTCTTGTGAAAGACAGAACAGAAAGACAGACAATTATTAAGTTAACATACATTGTAAGAGAACTGAGTATGTTACTTATTCGAAAATCTTTAATCCTAAACCAAGTCATCTTTTTTTATGATGTCTGATATTTTTGTCCCTGTTATATTATTGTATATTTTTTTTAATGATGTGCGAGCAGATGTTTCTGAGTATGTCACACTTTGTTAGTTCACTTAATTCAAATGTTTTGACTGCTTGGTAAAACCTTTTAGAATGATCTTATAATTGAAGTTAAAAAAGCAAAACATAATTAAGTTTTAAAGATGCTGTATACAAATAATGTATTATTATTCATTATTTTTATTATATGTATATGTATGTGTTTTTGTGGTTTATATGACACCTCTAAATATCAAACAAGAATGCCATTTAAATTAATATCAGCATGAGTTTGATCACAAATGTAATTTTGATTTTATTCAATAGCTCAAAAAACAAAAACTTCATATTACAGACTCGTAGTCAGCAGGGGTTCGGGTGGTTCAAAAGACTCACCCCTCACTGACAAAGGTCCAGATTTTGTCCCATACATGAGTTTATTTGACTGTTATGTCATCATAAATAGTGAAAATAATCCATTGAAAACCATCAAATTAAAATTTTATTTAAGTATAATTGTTGTTATACATGAATTTTCAAATGCACTTTTTTAGAAAAATTGTGAAGCTCTACATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTCAAATGACCAAACTCTGACTGAGTAAAGTTGAATGTGCTGGCCAGTTTGTTATTTATAATTTGCCTTATAAATGACAATAGGCTTGTTTTTAATTTAAAACTATTTTTCTTTCTAATGGTATGGGATGTAATAAGTTTGTATTTTAAGAATGAGTATTTTTTTCATATTTTCTTATTCTAGATCTAGGGAATATTTTGGTACATCAAAAAGTGTAGTTATGATGACTATTCGACAAGCTAATCCAGCTAAAAATAGCACTTTAAATCTCATAATTAAATAGAAAATGAGGCATATAACTGCAAAAAGGTCCACTTTTTGAGAAAAATAAACCTCCCCTTTCACCAGGCTGGCCATTATTAGTTAATTATATAGATGAAATTATGTTAAATTATTATGTTGTTGTTGTTTTCTATTTCATCAATGAAAATAATTGCAAACAAAGCCAGAGCATTTCATTTGTGCATTCTAAACAACGTGAGCCATTTCAATCATCGGTCTGAATGGTTCAGTGAATCACTCATAAAGGCAGGGAGCTGCTGCCACCTACTGGCAGTTTTTGCCACATTTTTCGTCCGTACGTGCCCAAACACTTTGCAAAGTATTGTTTAATTGTTGTTAGTGATCATTTGTCAATTATGCATACCCCTAACTCATTGTTGAAAATCAGATGGTGGGTTTTTCTGATCTAAGATGTTTGTGCATTGTTTGCGAAG
Seq C2 exon
GTCCAGTTGACGAGTACATGCTTCCGTTTGAGGAGGAGGTGGGCCAACATCCCACTCTAGAGGACATGCAGGAGGTGGTGGTCCATAAAAAGCTACGGCCCACTCTCAGGGAGTGCTGGCAGAAACATCCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000011188:ENSDART00000129522:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.021 A=NA C2=0.045
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006920=Pkinase=FE(15.9=100)
A:
NA
C2:
PF0006920=Pkinase=FE(14.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]