DreINT0025831 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000044422 | acvr2b
Description
activin A receptor, type IIB [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-980526-549]
Coordinates
chr24:41316595-41357193:-
Coord C1 exon
chr24:41356729-41357193
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr24:41316595-41316803
Length
39925 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGA
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3' ss Score
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ACCCCAGTCATGGCGAGGTGGAGACGCGGGAGTGTTTGTACTATAACGTTAACTGGGAGGTGGAGAAGACGAACCGTAGCGGTGTGGAGCGATGTGAAGGAGAGAAAGACAAACGCTCGCACTGCTACGCCTCCTGGAGGAACAACTCCGGCTCCATCCAGCTCGTCAAGAAGGGCTGCTGGCTCGACGACTTCAACTGCTACGACAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000044422:ENSDART00000150207:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.014
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]