MmuINT0010620 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000061393 | Acvr2b
Description
activin receptor IIB [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:87912]
Coordinates
chr9:119311619-119336780:+
Coord C1 exon
chr9:119311619-119311715
Coord A exon
chr9:119311716-119336572
Coord C2 exon
chr9:119336573-119336780
Length
24857 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTAAGG
5' ss Score
10.19
3' ss Seq
CTCTCTTCTCTCGGGCGCAGGTT
3' ss Score
10.6
Exon sequences
Seq C1 exon
CCCTGCCCGCGGGCTCCGGGTGTCCGCGGGGCGGCGCCGCGGAACATGACGGCGCCCTGGGCGGCCCTCGCCCTTCTCTGGGGATCGCTGTGCGCCG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTCCGGGCGAGGGGAGGCTGAGACTCGGGAGTGCATCTACTACAACGCCAACTGGGAGCTGGAGCGCACCAACCAGAGCGGCCTGGAGCGCTGCGAGGGGGAACAGGACAAGCGGCTGCACTGCTACGCCTCGTGGCGCAACAGCTCGGGCACCATCGAGCTGGTGAAGAAGGGCTGCTGGCTAGATGACTTCAATTGCTACGACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000061393-Acvr2b:NM_007397:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0106418=Activin_recp=PU(65.9=85.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: