RnoINT0012791 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000014477 | Acvr2b
Description
activin A receptor type 2B [Source:RGD Symbol;Acc:2028]
Coordinates
chr8:128087345-128112996:+
Coord C1 exon
chr8:128087345-128087610
Coord A exon
chr8:128087611-128112788
Coord C2 exon
chr8:128112789-128112996
Length
25178 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTAAGG
5' ss Score
10.19
3' ss Seq
CTCTCCTTTTTGGGGCGCAGGTT
3' ss Score
7.76
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTCCGGGCGAGGGGAAGCTGAGACTCGGGAGTGCATCTACTACAACGCCAACTGGGAGCTGGAGCGCACCAACCAGAGCGGCCTGGAGCGCTGCGAGGGGGAACAGGACAAGCGGCTGCACTGCTATGCCTCGTGGCGCAACAGCTCGGGCACCATCGAGCTGGTGAAGAAGGGCTGCTGGCTAGATGACTTCAATTGCTACGACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000014477:ENSRNOT00000019777:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0106418=Activin_recp=PU(65.9=85.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]