GgaINT0099663 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011995 | CLASP2
Description
NA
Coordinates
chr2:44829348-44837636:-
Coord C1 exon
chr2:44837457-44837636
Coord A exon
chr2:44829427-44837456
Coord C2 exon
chr2:44829348-44829426
Length
8030 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGG
5' ss Score
9.16
3' ss Seq
GATGCTTTTCTTTTCAACAGGTG
3' ss Score
11.55
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGGACTATTTCTGCGCCCAGGTGCAGCAGAAGGACGTGGGCCGCAGGCTGCAGGTCGGCCAGGAGCTGCTGGAGTACCTGGGCGACCCCGCCCGCTCCCCCGACGTGGAGCAGGACCAGCAGCGCCTCGACAAAGTGATCGACGAGCTGGCGGCCTGGGTCAACTCCAGCAACTTTAAG
Seq A exon
GTGAGGCGGAGCGCCGCCGGGGCCGCGATCGCGTTCCGCGTTCCGGCGAGCGATTCCTTTCCGCGGGTGCCCGTGCCAAGCGTTTCCGTCGCCTTTAGGCGGCTTTGCCGTACGTGGGAAGTCGCGTCGGATCTCCGTAGCGGCCCGGCGATGACTCACGTTGGGCTTTCTGTCCGGTGTTGGCTGAGGGGCGGCGATCGGCCGTGTGCGGGGGTCACGTCGGGGAATGTCTCCTCCGGCGGGCAGACGGCCCGGAGCGATCGGCGCTGCAGTTCCTTCGCTTTCGCCCCGGGGATTTCCTTGTGCTGCGTGTGAGCGCTCGGGCCGTCGGCGGGCGGCGGTGTGGGCCCGCCGCGCTGCGCTTCTCCCTTGCGAGCCCTTACTCTGACGGTGGGCGTCGGCAGTGGGGGAGCGCTAAAGCTGGGCGGGCTCTTAGGCTGTGCCGTAAAGAGGGACCGGTCGGTTCTTGGCTCAGCAGGACGGCTGAAGCTGTTTCGCTTTTAAAGAGGTGAAACTGGGAGTCGAAAAGCCGATCTCGAGGTGTTGGCGGTGGTTTCTTTCCCTCTGTGCGTCGCTCGTTGGTGGCCCCGTATACACACAATTGTGTTTTCGAAGCATTGTGTGCGCGGACTGTTAATCGCAGCACTGCGAGGTCTTGGGTGCTTTGTGATCAGTTCCGGTGTTCCCGTGTGCCGTGGTGGCTGCCAGCATCTGCTGCCTCACTCACAATGGAAGTTAGCAGGGTTCTGGGGAGCTGTGCTCTGCGTCTGACGTGCGTGTTTTGTCTTCAACAAGCACGTGTTGGAACGGATCTGCAGAGACCGAGCCCAGCTGAACTGCTCTATTCCATGTTGAAATGCTAGGTCTTGGCTTGTTAATAACCTCAGGATCTGAATGATAATATAACGGGTGCCACAGGCTCCTGTGTGTTTTCAAGACAAATATTCAATTAATCTTTGTTTTTACTGTATTTTTGTTCCTTTAGATGCCTTTTCCTCTGCAGAGGAGTGGATGTACAGCACCTAGAAAATTCTGCTTTCCATCTTCTGTTTTGCTGAAGGTTTTGCAGCTCAACGTGGCTGCTTAGTTGAGCAGTGATACTGTCTGGCAGCTGATGTATTCATCAGAACTGCTGAGCCTGATGAGCTGGAGCGGCAAGTAGGGAACGTTCAAGGAAGTTAGGAGAGGGAGCACTATTTCCTTGTAGGTGACAGATGTGGGTAGTGAGGGAATAGCTAACATAACTTGCCCTGGATGTGCTGTATCATTTTCCACGGATGGAAAACTCAGTTTTTGCATATGATGTGTTCTATTGACCACACTGAAAAAGACGATGAGAGATGCAGGGGCTCTGGGTTCAGAGTTGTGCTGTAGCTGAGAAATGCCATCCTGGGGAGTTTCTGCCTCGGATAACCGTGAGTGGTAGGAACTGGAAGGAATAAGAATAGAAGGGTGGATTTGTCAGACTTAGTAACAAATGGGGGAAAAACAAATAGGTGTGGAGTAAACAGGTACGGACTTGTTGTCAGCAGGGTTGAATCAGCTTGTGGCAAGAAGATTTCGACCACTTAAATAGTGCTTTTGCTTTCTTGATGTTGGCAGCTATTCACGGGCTTTAATAAGCAGAACAAAACTGGTAGTTCTGAACTCTGAAATCAGATTAGGGAAAACTTGTGAGTGCATCTAGCTCATTGAAGAGGAATGCACAATTACCAGTTTGAGTAGCTGACAAATCAGTAAGGTGGAATTAGGAATGCGTTGATGGGTGCTGGAATGGGACGGAGTTCTACTGAAAGTTGGTTGGGGAACACTAGAAGCACTCCGAAGAGGGAGATGAGTCCTCATTAAAGGCTGTCTGTAACGGTGTGCTTTGTGGGCTGAGTTAGCATGTCCATCAGAGGTCTTATGCAATCAGTGATTAAGTGTCTTCCAGAGCCACCAGGGAGTGCACAAAGGATGTGCGTGTTTGAACGCCTTTATTTTGGTCCTAATGAGAATCAAAGTGATGCCCACTGAACTGGAAATGGTGTGCTTAGCGTTCTGGCACTGTGACTTGGTTTGTTTTGTGGTAGTTGGGACTGCTTCCTTTCTTCCTACAACCTAGAGGTCTTTGTGTCTGTGTTTTTAAATGGCTGCTTTCCCAGGGCTGCGAAGAGTAATGGAGAAAAAAACTTAGGGGAGTGAATTATGTAATATTCCTTTTTAAGGAGGAGATAAGTTGGACGCAAAGTATTACAAGTTGGCTGATGGTGGTGTTTTGCTGTATTTGTTTTCCCGAAGCTTAGAAATATCTGGCAATCACAAGGCTGGAACAATGCTAATATTTGTGTTCAGGCTTGTGGGCAAACTTCAAGCACTAAACTCATTCCATTTTCCTGAGGGTATCCTATCTTTCTATTACCGATACATACTCAGTAGCTTTGCAGAGTTAACCTGCGTGTTCTTCCCTGTGAATGATGGGGAGTCCAAACAGATTTGGAAGACGTGCCATACTCAACAGTCGCTTGAAAAGAATTAGAGGATTATCGAACTTGAAACAGTCTGGTAGCTCAAACTGTTTTGTGTCTGAGTCAGTTAAGTAATCTGGAAATCTGCTTTGATACATCTGCTAAAGAGTTGTAAGATGACATAGGAGAAATAGTGCTTCAGCTGCAGAGTTGAGCAAGTGTGCTTTTGGTAGCTAGCAGTTTGTGTGCGTTCTGTGGTCCCTTTTAGAGCCTATAAAATCAAATAGTTGTCCTCTCAAAATGTAATTATTGAGCAGTGAAGCCAACTTGTTGATCTACAGCTAGATCACGTGTGACTGGCTGTAAGAGAAATTACTGCTAACATTCTGATGGGAAGTCAAGGTAATGCATGAGCAAGAAGAGTAATAAGCAATATTTGGATTATCATATTTGGATTTCTAACCTTGACAGTAGAGATGTTTTCCTCAGTTGCAGCAGGAAAACAGTAAATGAATGTTGTTTCTGTGTCAGAGCAGCAGATTACTGCTGCATGACAAACAAAGTTGGATTTCAAAGTCTCTTCCAGGTGATGTGGTTTATGTGTTACTCCTAGGCAAATCCTTGGAGTAAATGGTTATTCTATGCTTCTTAAGGTTATTTCTTAAGCTTTGTTTATCAGATCACCAAATTCAGGAGATGCTAAAATAACAGTAGCATGGCTGCTATATTTGTCTGTTATTGTTTTAGGAAGTATGTGTTGTGTCTTCAGTACAACAGAGGGCTACCAGCAGGAGGAGTTCGCAGCATGCAGCAAGGAGGGAAAAATGGCACCGCAGTTTGAGAGTCAAGAAACAAGTTTAGGATAGTAGCAGCAGTTGTAACTTCTGTGCATACATGTAACCAAGTTAAGAGGGAGCTGAATGAGAGAATGATTGGTAATAAAAGGAAAGAATTGACAATTCAGACATGGGTTGATGGAGGCCACACATGAACGTGTATTGATGTGCAGCGTGCTGTGAGACAGATCAGCATGCAACGCTTTGAGGTGTATTGGCACAACTTGACATATGACACACATGGACACGTGACATGTTTTAACAAACACATGCTTTAACATGCATAAATACAACATCTGTTGACCAGCATCAGCAATTGTTAATAGGAGATACATTGACTGATGTGTTAACAAAAAAAACTGACACGTAACACGTGGTGTCACACGTGACAGGTGGCGTCATACATGTCTCTTTTTGTGTTGTGACGTCATGACATCTGTCAACATGCCAGTCATTGACAAGCATTTACATAAGTCACACTCGGACAAGTGACACGCGTTGACACGTGAACACAACAGTTGTCACACAGTGCCCTTTGACATGTGATGACAAGCTTCAATAGGTAACACATGTAACTGTGTGACAACACTACACACTTAGATGATGACACGTGTCATGCTACACTCTTTGGCATGTTAGCATGCAAAGTGCTTTCATGGATGTGACCACATAATGCTGGCATACAGTGACATGGAAAGTCACATATCAACGTGTGATGTGTCAATTTGCAACACGCTTAGGTACCCTGACCCTCTGGTATATGTGGCACACCTCATCATGCATCCACACATGACATGGTTCTGCACATCAACATGCAACATGCTTCAGCATCCATTGTCACACATCAACATATGCCATGTTTTAAAAAAATGTTTTGGCATGCAACAGACAGAGATGTATCAACATGTGACACATGCTGACAGATCAACAAGCAATATGCTTTGACATCTATTATCACATGGGTGTTTTTAAATGCTTCAGCATGCAACATGCTTTGATACATGGCAGCACTAGACTCTTCAGCATGCTTTTGACACATGTACCAAAACATGTTACATGTCAACACTTTGGTATGTGTTAACATGTGATGATTTGGTGCACTTAAACACACTGACATGAATCTACATTTATATACTTCAACACATGTTGACATGTGACATGCTGTGATTTACACACGATTTACATGTGGTGACACTGAACATGTGTTGGCCCACATAAGCAGCAACACGCAGCGTGCTGATATGGGACAGTGAGTATCAGTGGGCAGTGATACGATACAAGGACCTGATGCTGTGACAACATGCAAGATGAATTGTGGTGACTTGCATGGATGTGTCACATGCACTTTTGACATGCATTGACACATCATACCTGGTGTGACAACTCATAATGTGTCAGCGTGCAAGTCTTGCATGTGCACGAGCACATCACATGTGAACATATTGGAACATCAGTCAGGGCTATGCTGTACATGTTAATATGCTGCATGAATCAACACGCCACACATATGGACACATGCACGCAACATGCTTAATACCATGTTAATTAGATTAAAACTATGAGAGATGTATCCCCAGTTGAAGATAGTGGAAAAGAGCCATGCTGATGATGACATTAGTATATGCCCCAATACTATTGGAGCGCTTGGAGCCTTTTATCCTTCAGATCAGTTCTGTTGCAGCTCCATAGCAAGCACCCCAGCGTTTCCAGCAGGTCAAGGGTGGAGGTCCGTCCCTTCTGCTCAGCATGTGTGGCTGCACCTGGAGTACTGGCTCCAGTTCTGGGCTCCCCTGCGCAAGAGAGATGTGGACATACAGGACAGGAGAGTTGTGAAGGGCCTGGAGCACCTCTCCTGTGAGGAGAGACCGGGAGGGCTGGGCCTGTTCAGCCTGAAGAGGAGGAGGCTCAAGGGAATGTCATCTGTCACCATAAACACCTGAAAGGGGGATACTCTGGGAACAGAGCTAGGCTCTTTCCAGTGGTGCCTAGAGCCAGGACAAGCAGCAGTGGGCAAAAACCAGAGCACAGGGGGCTCCCTCTGAAAACACATAGCAGCACTTCCATGCTTTGCAGATGGCAGAGCGCTGGCATGGGCTGCCCAGAGAGGCTGTGGGGTCTCCTCCTTAGAGATCTGCAGAAGCACCTGGGCACTGTGCTCTGGGTGTACCTGCTGGAGCAGGGGCTGGGACGGATGGACCCAGAGGTCTCTGCCTTCCTCAGACCTGCTGTGATTCTGTGATGCCACTTGGTAATAGCTCCTTAAAAAGGTGAGCTTGAACACTCAGCATGGTGTTTAAATTGGTAGCTACTGAGGTGGCTTATTTACACTAATTATTGAAGTAGAACTCTGCATTCACTAAGTAATTCATTGATAGACAAGTCAGAAAGAACCAACACCATCCATGTAAATGTGACTTACATTGTAAGAGCTGGTTAAACTATCCTTTTCACAAGGAGGGATACAAACATAGGGACCACACAAGCATTATATCAGAGTGCTCTGGATCAAACTACTCTTACAGGAAGGAAAATGCAAGTGGTCAGATTCTCTGATGGTAATGGTCCTGATAGGACTTTCCTCTGATAACTATCAGGCCTCTCACTGAGATTTATGGAGCCTCAGATCTTCCAAATGGCCGCTGTTTGTGCCCAGATGAGACTTTAAAGAAACAAAACCCCAAACCACAGCAACACAGCACCGGAAGGATTCATCAAGAAGTATTTGCTGTCGTACTCAGGAATGTTCTTGGGGTTTGGTAGCAAGCAAATAGGTAATAAAAGGTAATCTTATATGTGTCATTTGTTTTAAGTCTCTGGGCTGCTCTTCTTCAGAATAGAAGGCTTAAGAGAAATTTAAGAAATGTAATCAAACGTGGAGAAGGCAGATTCTATAAGTGCCTTTATGGAGGGAAGGGCTGCAGTTTTGTGCTTAAATAGATAACAGAATCATAGAATTGTTCAGGTTGGAAAATACCTTAAAGATCATCGAGTCCAACCACAACCTAACTGTACTACCCTAACTCCAGCGACCCTCCACTAAATCTTGTATTACTTACACAGTAATACTTAGAATGCTTACAAAGGGAAGCTGTCTTACAGATTACCGTATGTTAGCTGCAGTTACTTAGTGGAAAGATATTAATTTAATATGGGATAGCATCCACTTATGTTTGCTATTGTCTTTTTTAGCATGTAGTAAAATGAGTTTCCAAGTAAGTTGGAATTTTGTGCCTCCCACTTAGGAGGAGATCTAGTAATAATAAATCCATTAAAATGTGTTCCATTATGTGGTTGTTTCAGATCCTGGATTTTATGGGTGGCTTAGCAGTCTGTTTTCCTGTGGAAACATGAGTCCCGTGATGCTGTGTGTGTGGGCCGCCTGCGCTCCCATTCATCTCCAGTCAGATAGGTTTTGGCTTGTTGCCTGGGGTGGACAGTTGTTACAGGGAAGGATTTTAAGAACACATCGGTTTCGAAGAAAATGAGGTTTCAAATTCTATGGAAATAAATAGCTGACAGGAGGGTTTAATTCTGCTCATGTATTCATGGGGAAATTACAAATGTCAGTGTTTCAGAAGGGCTTTTCTTGGGCATGGGCCTCTTCGTGGGCAGCACCTTGAGGTAACTGCGAGATGTGCAAACATACGTTGTGTGTTCACAGTGAGATCCTGGAGGGGATTAAGAATGGAGATTAGAACTGGGGGCAGGATAGTAAAAGGGGAGAAGATGTGTCACAATTGGTTGGCTTAACCAGTCGCTTCAGATGATGTTCTTGTTTCAGTGTAAATGGCTGTTGTCCTCAAGCTGGTTTCTGCTCACAGGTGGGAATTGCTCAGAATTCCAGTAGCATTTTGAGCTGTGTGCTGGTCTCTGAATTTTTCTTTTCTCTTCAATTGATATTGTTCAAACTTGTGGAGCTGAGGAAGCAGTAGATGGGTGGTCTGTCTGCCCTGTGGTGGGAGACAGCATCAGTTTCTCTGAACTCTCTTGGGAGTTAAGAAGTTGTCAGTGCTTCGTATGAGCTGAGTAACCAGACTGAAGCAAGTCTCAGCATCTGGGAAATATTTCTTTTTCCCTCCTGTATTAGTGCTTACACACGAGGGCTTGATTTGTTTTGTGTTTTAATCTGTTTGCCTCTTCTGTGTCTGGGAACAGCTCTTCCAGACTCCTTTTAGTTATTTTTTTTCTTTCAATTTACTTTCTGCCAAGGCTTTCTGTTTTATGTTCCTTTCAGCAGCTGGTAGAGGAGGTGAGACCCTAAAGAAACAGCAGTATGCCTGTCCTGCTGCTGGTCTCTGTTTCTAAGGAGTTTTGGTTTCCACTTCACGTTGAGCTAAACCTCTGGCAGCCTTCTTTTAAAGGAAGAGAGAGCAGAACTGCAGTCCTAACATTATAACCCAGAGAGATTAATAGCTAATTCCAACTCCTAACCTAACCTTAAGGTTGCAAATAGTGAAACGCCGAGGTTTTAACGTTTACTTTCTTTCTATTTTTAAGGCAAGTACTGAGAAATCTGAACTGCTGTTTTGTATGTAAATATAATTGATCTGTTCCAAACATTTGCTGATAAATTTGTCTTCACGAAAGCTTTTAAGAAATCTTCAGCTCTCTAATAAGAAGTTCTGTTTTTCTTTAAGATATGGTGGTTGAGCATGTTTTCTTACAAAGTTTGTCATTTCCTTAGAATATATTCTAAAGAATTCTGTACTCTTCGGTTTTGTATATCTGATGCTTTTCTTTTCAACAG
Seq C2 exon
GTGGCGTTACTGGGATTAGATGTTTTAGGTGCCTTTGTCCACAGACTATCGGGACGCTTTAAATCCTACATAGGAACTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011995:ENSGALT00000019569:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.050 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF112293=DUF3028=PU(29.0=48.3),PF123483=CLASP_N=PU(22.7=33.3)
A:
NA
C2:
PF112293=DUF3028=FE(26.0=100),PF123483=CLASP_N=FE(29.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]