HsaINT0035747 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000163539 | CLASP2
Description
cytoplasmic linker associated protein 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:17078]
Coordinates
chr3:33738347-33759848:-
Coord C1 exon
chr3:33759300-33759848
Coord A exon
chr3:33738426-33759299
Coord C2 exon
chr3:33738347-33738425
Length
20874 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTAAGC
5' ss Score
9.14
3' ss Seq
AAATCCCTTTTTATCTGTAGGTA
3' ss Score
8.46
Exon sequences
Seq C1 exon
AGAGGTCCTATCGCTCCCAGCGGTTTCCGCAGCCACCTCCACCACCTCCGCAGCAAAACGCTAGCCGGACTGGAGGGCCCTCGCCGGCGTCGTGCTGACGTCACGCGCGTGCTGACGTCGCCCGCGGCCGCGGCCTCTGAAGCGGGCTGGGGATCGGGGGGCGCCGAGTTTGACTAGTTTGGGGGCGGCTGGGCGCTTGGCGTTCCTCCCGCCGCCCGCTGCGCCCCGCAAGCCGCGCCCCTGGCGGGCTAAGTGAGTCCCGCCCGCTCCCGCGGGGACCCGCACTGGAGGCTGGGCGGCTCTCGGCGAAAGTTGGCCGCTCACAGACTGGCAGGCGGGCGGGCGGCCGCAGCCATGGAGCCCCGCAGCATGGAGTACTTCTGCGCCCAGGTGCAGCAGAAGGACGTCGGCGGCCGGCTGCAGGTCGGCCAGGAGCTCCTGCTCTACCTTGGCGCCCCCGGCGCCATCTCGGACCTGGAGGAGGACCTGGGCCGCCTAGGCAAGACAGTCGACGCGCTCACCGGCTGGGTGGGTTCGAGCAACTACCGG
Seq A exon
GTAAGCGACGGCGGCGAGGCTGGGCTGGTCACGCCCTCCGCGGCAGCCCTTTAATCCCGGACGCGAGCGCCGGGCCGGGAAAGCTCCCGTCCGAACCACTGCTTAAGAGGGGAAACACACTTTGGGAAGCACAGGCGGGCGGATCACGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGACCAACATGGTGCAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGGGCGCCTGTAATCCCAGCTACCCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAATCTAGCAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGAGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGTGAGACTCTGTCTCAAAAAAAGTAAAAAATAAATAAAAATAGGGGAAACAGGGGGGTCCCGCGTCCCCACTGGGCAGACCGCCTCTTCGTACGCGAGCCGAGGACTGACTTGTGACCACATTTTTCTACACTTGTGGACAATGACAAATTCAGCGATTCCGTGACACGTTGCGGAGTTACTAGGACACAATGTTGATCACTTATTTTGAAAAAAAAATCAGTGAAAGACTTCGACATTTGTGTTCACCTGTGTAAACACTACCCAGACCAACAGATAGGACATTAGGATACGATTTTAGGTTGATGTGTCTTAGTAGATAGGCTAATGCTGGGGGGGAAAAAGTTACAAAGATGAGGTGCGAGAAAGAATGAGCCTTTCTGAAGAGTTGGTGGTAGGCAGGGTGTAATGTAGCCGCGTTGGGAGGCCAGGTAAATATTTTGTATTTAACTTGCCCCGTAGTCGTTAGTAGTTACTTTTCTTTCTTGTCTTCTGGTGGCAGTGTTGCTTTAAAATGCTGACTGCAGCTTCCCATGGATGAAGTGATTCTTCTTAGTAACATATTCTCATGATCCAGCGAATAGGCTGTACTTTGAAACCTTTTATTCAAAAAGAGAAGAAAGACAAACTCTAGAATTATGACGCAGATTTAATGGTAAAGCCCAGATGAGTTTTGGAAAGGTTAGACTTTTTACAAGGACAATAAAGTTTGAGAGTTACCCACGTCGATGCTTCATTACATACCATCTCTTGATTATTATTTTTAAAACGTTTGGGGAAAAGGTAATTTAATAATATATCATTACCATTTGGGAGATTATTTCTTTGGAAGAAACAAGCTAAATTTACTCTGTAAGAAAGGCATATACATATTCACACTCAAGATAGTTGATTTTATGCTACAGCATAGACTGTTGTAGAAAGACAGCGCTTTGGTAATGTTTGCACCCCTTCCGAAGTTAAGATTGGTGTGCCATCTTCTACACGGGCTGTTGTGAATTGGCTTTGGGCCATTTCACTCCTCAGATGTACCTCAGTGAATGACAGTTGAGCAATCACGCTGATATTCTGTGATACCACAGTATGCTAGTTTTCTGTTATGCCTCTAAGCCCTACTTCTACTCGGTGCTGTGTTTTTAACTGTTCTTTAAGAGTTAGAATCCATCAGGGGTCTCATCCGGGTTCTTTTCTGTTTTCACTACGTATTTTCTCCATGCTCCTCACTAGATAATGTAGCCCAAGACAATTTCAGCAGTCAGAAGAGAACTGCCATAGTCTCCCACCACCTGTCTATACACTTCCTTGTAGCTGTGACCATATAATCTTCCTTTTTCCTTGTTAGAATAGATAAATTGCCTGTTTTCCTCATTTATGCAATTCCCTCCACGAAAGTATTAGATTCCATGCCTTCTTGCTTACTCAAGGACATTGATCCATCAATTCTGCTCTCTTTCCTAAATCACTAGTTCTTCCCTTTCTGTTGAATTCTATAGCATAGAAACTTTTCTGACATTGCTAGGGAAAGGGCATTCTAATTAATCTGTTGCTTTAAGTTTTATAAGCTAAGTTACCCAACTGGGTAATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACTTAAGATACAATAAAACATACTTAACTGTTTTAAAAAGTGTGTCATAGGAGCTTTTGAACATACAAATAGAATCATACTTCAATTTCAGTTTATACTGAACAAAATACAGTTTTTCTTTGAATTGGTAGTACTTCAGAATCTGAGTGTCTTAACAGTCATTGTGTTAGTAAATTTGAGTGCCTCCTGTATGCTGGGTATTCAAGATGCTAAGGATCCATCCAGCTTTGAACAAGACAAGGCCCATTCATTCAGCTGCATTAGGATATTTATCGATGACCTATTATTATCAGGAACTTACTCTTCTAGGCATTGCAGATACAATGTGAAAAAAAGACAAATCCTTGTCTTTGTGGACTTAGATTCTAGTAGGAGGAGAGGAATAAGCAGGAAAGATAAATAAAATGTATAGTGTGTTAGATGGTGATAAGTGGTTTGGAGAAAAAAACAATGAAGGGAATAGGGAATACTAGGCAAGATGCATATGTTGGAATTTTAAATAGTTGGTCGTTAAAGACCTCATTGAGAAGGTGACTTAACAGAAGATGGGAAAGTGAGATCCCTGCCATTGCATTAGAAAGAGGTAGACAGGTATAGAAATTAGATCATTTCAGATAGCATGTGCTTGTAAATCAACATGGTATGAAATGATTATGAGACTCTACTTTGGGTGGTCAAGAAAGGTGACATGTGAGTGCAGACACTGAAGAAACATAAGAGTCAAGAATGATTGAAGCAGAGGAAACAGCAAATTCAGAGACCCTAGTTTTGTTGAGGAACATAAAGCCAGCCTGGCTAGAGTTTAAATGAGTGAGGTGTTAAGAAAGACGAAGTTGAGGAAGCAGCTGTAAAGTCATAGGATTTTATTCTAAATGTGGTGGCAGTAACTGGGCAGGTATAACATCATAGGATTTTATTCTAAATATGGTGGAGGTATAACATCATAGGATTTTATTCTAAATATGGTGGAGGTAACTGGGCGTGGTGGCTTATGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGACAGAAGGCTCACTTGAGGCCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGGCAACATAACAAATTCCTGTCTAAAAAAAAATAAATACAGTGGGGGGTTTTATGTGTGTAAAGGGTGGCTGCTTTGTGGAGAGTCGACTATAAAGGAATAACAGAAGCAGCAGAGAGATAATCGTGGCTAGGCCTGGTTTGATAGCAATGGCAATGCTGAGAAGTGGAAAATTTGGGCTGTGATTTGGTGGTAGATCCGACAGGAGCTCCTGGTGGATTGGGTTTGAGGGTTGAAAGAAAGAGAGGAATTATGGATAATTGCCTTGATTGAGCAGTAGGTTAGATTGTGCTATTTATTGAAATAGGGAAGACTGAGAGAAGAACAAATAAATTGGGTGACGGATGTAAAAAGTTTAGTTTTTACTGTGTTAGGTGTGAGAAGACTGTTACAAGTTGAGATGATAGACAGTTGGGGTCCCAAGTTCAATGGAGAAGTCATAATTGAAGATTCAAAATATGGAAATAGGCATATATGTAATATATGTAGTCTGACATTTGACTTTTACTAAGAACAGTCCTGCAATTTCAGGAGTTCTCAAATTTTTAAATGGCATTATGGCAATAAAATTTGCCTCATAAAATACAGTTAAGTACGATAACCACCATTTACAGAGTCCTTAGTGAGTACCAGGCACTGTCTCAAATGCTTTATTTGCATTGTCTCATTTAATTTTTGAGATGGCCTTAGGAAACCAGCATACTATTATTTTCCTTTTTTTGTAGAAAAGGAGACATAAGTATATTGCTTTAGGCCATAGACCTGGTAAATTAGTGAAGGAGGTGCTTGAGCCTAGGGAGATTAGAATATCCATATTCCTTTTCTCTACTTTTATAAACCTCTTCAATATCCTGTTATTTGCCAGCTCTACTTTTACTTTTGTATATTATGAGGATTAGTAACATTTACATTTCATCTGCAACCATAGAGTAAGTTGACGTTAAAAAATGGAGAAAACACAGCCTGAGCAAGATAGTGAGACCTCATCTCTACCAAAAAATTAGCCCAGGATATTGAGACTGCAGTGAGCCGTGATTGGGCCACTGTACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCCAGACCCTGTCTCAGGGGAGAGAAAAAAAAAAAAGTGAAAACATTTATAACTATGTAGCGCTATGTAGTGCAGGGCTGTGTGCTAGCATTTCATGTATTTTCTCAGAATTCAAAATCATAGCCCCTTTCGCATTCTGAGGAGGATTCTTCCCAACATTGGTGTCACCTCAATTATATATCCTATAAACTATTAAGAAATATGCCATTTTTTAGTTTGCCAAAAGAGATGAGGTTTATCTACCCATTAATACATATTGATGTTGCCTATTCCATTTACCTGCCATATAGGTGAACATCCAGGTTGTTTTTAATTCTTTACTCTTAACATTGTCCTTTTTGTCACCTTGTTACATATGCATAAAAAATTTTACTAGGGCAGTGATTCTCAATCCTGTCAGAGTCAGTGCCCCTTTTAATTACCCCTTCTCCCTTTTCAATTCTGAAATAAAATTTATAGATAATATCTGATACACATAAATTTTAAAAACCTCTATAATGTCTTAGCTGTACTATAAAGGACAATCACACATAATTTATGAGGTAAAATATATTTCAACATGTAAATATGTCATACTGACTACCCATGAAGACATAATGATGGTTACATGGTTGTAAATGCTGCCACTACCAATTCAGACCACTACAGGTGTATGGTTGCTGGTGATTCACACTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGGTGGAGTTTTGCTCTTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTCTCAGCTCTTTGCTCAGGTCTTTGCTCTTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGATCTCAGCACACTGCAACCTCCACCTCCTGGGTTCAGGTGGTTCCTCTGCCTCAGCCTCCTGAGTACCTGGGATTACAGGCACGCACCACCATGCCCGGCTTATTTTG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Seq C2 exon
GTATCATTAATGGGATTGGAAATTTTAAGTGCCTTTGTGGACAGATTATCAACACGCTTTAAATCCTATGTAGCAATGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000163539-CLASP2:NM_015097:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF123483=CLASP_N=PU(9.1=23.1)
A:
NA
C2:
PF123483=CLASP_N=FE(15.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)