GgaINT0099663 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011995 | CLASP2
Description
cytoplasmic linker associated protein 2 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001170856]
Coordinates
chr2:45381244-45389575:-
Coord C1 exon
chr2:45389353-45389575
Coord A exon
chr2:45381323-45389352
Coord C2 exon
chr2:45381244-45381322
Length
8030 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGG
5' ss Score
9.16
3' ss Seq
GATGCTTTTCTTTTCAACAGGTG
3' ss Score
11.55
Exon sequences
Seq C1 exon
CGAGCGAACTTCCCCGCGGCGTTCCGCGATGGAGCCCCCCGGGATGGACTATTTCTGCGCCCAGGTGCAGCAGAAGGACGTGGGCCGCAGGCTGCAGGTCGGCCAGGAGCTGCTGGAGTACCTGGGCGACCCCGCCCGCTCCCCCGACGTGGAGCAGGACCAGCAGCGCCTCGACAAAGTGATCGACGAGCTGGCGGCCTGGGTCAACTCCAGCAACTTTAAG
Seq A exon
GTGAGGCGGAGCGCCGCCGGGGCCGCGATCGCGTTCCGCGTTCCGGCGAGCGATTCCTTTCCGCGGGTGCCCGTGCCAAGCGTTTCCGTCGCCTTTAGGCGGCTTTGCCGTACGTGGGAAGTCGCGTCGGATCTCCGTAGCGGCCCGGCGATGACTCACGTTGGGCTTTCTGTCCGGTGTTGGCTGAGGGGCGGCGATCGGCCGTGTGCGGGGGTCACGTCGGGGAATGTCTCCTCCGGCGGGCAGACGGCCCGGAGCGATCGGCGCTGCAGTTCCTTCGCTTTCGCCCCGGGGATTTCCTTGTGCTGCGTGTGAGCGCTCGGGCCGTCGGCGGGCGGCGGTGTGGGCCCGCCGCGCTGCGCTTCTCCCTTGCGAGCCCTTACTCTGACGGTGGGCGTCGGCAGTGGGGGAGCGCTAAAGCTGGGCGGGCTCTTAGGCTGTGCCGTAAAGAGGGACCGGTCGGTTCTTGGCTCAGCAGGACGGCTGAAGCTGTTTCGCTTTTAAAGAGGTGAAACTGGGAGTCGAAAAGCCGATCTCGAGGTGTTGGCGGTGGTTTCTTTCCCTCTGTGCGTCGCTCGTTGGTGGCCCCGTATACACACAATTGTGTTTTCGAAGCATTGTGTGCGCGGACTGTTAATCGCAGCACTGCGAGGTCTTGGGTGCTTTGTGATCAGTTCCGGTGTTCCCGTGTGCCGTGGTGGCTGCCAGCATCTGCTGCCTCACTCACAATGGAAGTTAGCAGGGTTCTGGGGAGCTGTGCTCTGCGTCTGACGTGCGTGTTTTGTCTTCAACAAGCACGTGTTGGAACGGATCTGCAGAGACCGAGCCCAGCTGAACTGCTCTATTCCATGTTGAAATGCTAGGTCTTGGCTTGTTAATAACCTCAGGATCTGAATGATAATATAACGGGTGCCACAGGCTCCTGTGTGTTTTCAAGACAAATATTCAATTAATCTTTGTTTTTACTGTATTTTTGTTCCTTTAGATGCCTTTTCCTCTGCAGAGGAGTGGATGTACAGCACCTAGAAAATTCTGCTTTCCATCTTCTGTTTTGCTGAAGGTTTTGCAGCTCAACGTGGCTGCTTAGTTGAGCAGTGATACTGTCTGGCAGCTGATGTATTCATCAGAACTGCTGAGCCTGATGAGCTGGAGCGGCAAGTAGGGAACGTTCAAGGAAGTTAGGAGAGGGAGCACTATTTCCTTGTAGGTGACAGATGTGGGTAGTGAGGGAATAGCTAACATAACTTGCCCTGGATGTGCTGTATCATTTTCCACGGATGGAAAACTCAGTTTTTGCATATGATGTGTTCTATTGACCACACTGAAAAAGACGATGAGAGATGCAGGGGCTCTGGGTTCAGAGTTGTGCTGTAGCTGAGAAATGCCATCCTGGGGAGTTTCTGCCTCGGATAACCGTGAGTGGTAGGAACTGGAAGGAATAAGAATAGAAGGGTGGATTTGTCAGACTTAGTAACAAATGGGGGAAAAACAAATAGGTGTGGAGTAAACAGGTACGGACTTGTTGTCAGCAGGGTTGAATCAGCTTGTGGCAAGAAGATTTCGACCACTTAAATAGTGCTTTTGCTTTCTTGATGTTGGCAGCTATTCACGGGCTTTAATAAGCAGAACAAAACTGGTAGTTCTGAACTCTGAAATCAGATTAGGGAAAACTTGTGAGTGCATCTAGCTCATTGAAGAGGAATGCACAATTACCAGTTTGAGTAGCTGACAAATCAGTAAGGTGGAATTAGGAATGCGTTGATGGGTGCTGGAATGGGACGGAGTTCTACTGAAAGTTGGTTGGGGAACACTAGAAGCACTCCGAAGAGGGAGATGAGTCCTCATTAAAGGCTGTCTGTAACGGTGTGCTTTGTGGGCTGAGTTAGCATGTCCATCAGAGGTCTTATGCAATCAGTGATTAAGTGTCTTCCAGAGCCACCAGGGAGTGCACAAAGGATGTGCGTGTTTGAACGCCTTTATTTTGGTCCTAATGAGAATCAAAGTGATGCCCACTGAACTGGAAATGGTGTGCTTAGCGTTCTGGCACTGTGACTTGGTTTGTTTTGTGGTAGTTGGGACTGCTTCCTTTCTTCCTACAACCTAGAGGTCTTTGTGTCTGTGTTTTTAAATGGCTGCTTTCCCAGGGCTGCGAAGAGTAATGGAGAAAAAAACTTAGGGGAGTGAATTATGTAATATTCCTTTTTAAGGAGGAGATAAGTTGGACGCAAAGTATTACAAGTTGGCTGATGGTGGTGTTTTGCTGTATTTGTTTTCCCGAAGCTTAGAAATATCTGGCAATCACAAGGCTGGAACAATGCTAATATTTGTGTTCAGGCTTGTGGGCAAACTTCAAGCACTAAACTCATTCCATTTTCCTGAGGGTATCCTATCTTTCTATTACCGATACATACTCAGTAGCTTTGCAGAGTTAACCTGCGTGTTCTTCCCTGTGAATGATGGGGAGTCCAAACAGATTTGGAAGACGTGCCATACTCAACAGTCGCTTGAAAAGAATTAGAGGATTATCGAACTTGAAACAGTCTGGTAGCTCAAACTGTTTTGTGTCTGAGTCAGTTAAGTAATCTGGAAATCTGCTTTGATACATCTGCTAAAGAGTTGTAAGATGACATAGGAGAAATAGTGCTTCAGCTGCAGAGTTGAGCAAGTGTGCTTTTGGTAGCTAGCAGTTTGTGTGCGTTCTGTGGTCCCTTTTAGAGCCTATAAAATCAAATAGTTGTCCTCTCAAAATGTAATTATTGAGCAGTGAAGCCAACTTGTTGATCTACAGCTAGATCACGTGTGACTGGCTGTAAGAGAAATTACTGCTAACATTCTGATGGGAAGTCAAGGTAATGCATGAGCAAGAAGAGTAATAAGCAATATTTGGATTATCATATTTGGATTTCTAACCTTGACAGTAGAGATGTTTTCCTCAGTTGCAGCAGGAAAACAGTAAATGAATGTTGTTTCTGTGTCAGAGCAGCAGATTACTGCTGCATGACAAACAAAGTTGGATTTCAAAGTCTCTTCCAGGTGATGTGGTTTATGTGTTACTCCTAGGCAAATCCTTGGAGTAAATGGTTATTCTATGCTTCTTAAGGTTATTTCTTAAGCTTTGTTTATCAGATCACCAAATTCAGGAGATGCTAAAATAACAGTAGCATGGCTGCTATATTTGTCTGTTATTGTTTTAGGAAGTATGTGTTGTGTCTTCAGTACAACAGAGGGCTACCAGCAGGAGGAGTTCGCAGCATGCAGCAAGGAGGGAAAAATGGCACCGCAGTTTGAGAGTCAAGAAACAAGTTTAGGATAGTAGCAGCAGTTGTAACTTCTGTGCATACATGTAACCAAGTTAAGAGGGAGCTGAATGAGAGAATGATTGGTAATAAAAGGAAAGAATTGACAATTCAGACATGGGTTGATGGAGGCCACACATGAACGTGTATTGATGTGCAGCGTGCTGTGAGACAGATCAGCATGCAACGCTTTGAGGTGTATTGGCACAACTTGACATATGACACACATGGACACGTGACATGTTTTAACAAACACATGCTTTAACATGCATAAATACAACATCTGTTGACCAGCATCAGCAATTGTTAATAGGAGATACATTGACTGATGTGTTAACAAAAAAAACTGACACGTAACACGTGGTGTCACACGTGACAGGTGGCGTCATACATGTCTCTTTTTGTGTTGTGACGTCATGACATCTGTCAACATGCCAGTCATTGACAAGCATTTACATAAGTCACACTCGGACAAGTGACACGCGTTGACACGTGAACACAACAGTTGTCACACAGTGCCCTTTGACATGTGATGACAAGCTTCAATAGGTAACACATGTAACTGTGTGACAACACTACACACTTAGATGATGACACGTGTCATGCTACACTCTTTGGCATGTTAGCATGCAAAGTGCTTTCATGGATGTGACCACATAATGCTGGCATACAGTGACATGGAAAGTCACATATCAACGTGTGATGTGTCAATTTGCAACACGCTTAGGTACCCTGACCCTCTGGTATATGTGGCACACCTCATCATGCATCCACACATGACATGGTTCTGCACATCAACATGCAACATGCTTCAGCATCCATTGTCACACATCAACATATGCCATGTTTTAAAAAAATGTTTTGGCATGCAACAGACAGAGATGTATCAACATGTGACACATGCTGACAGATCAACAAGCAATATGCTTTGACATCTATTATCACATGGGTGTTTTTAAATGCTTCAGCATGCAACATGCTTTGATACATGGCAGCACTAGACTCTTCAGCATGCTTTTGACACATGTACCAAAACATGTTACATGTCAACACTTTGGTATGTGTTAACATGTGATGATTTGGTGCACTTAAACACACTGACATGAATCTACATTTATATACTTCAACACATGTTGACATGTGACATGCTGTGATTTACACACGATTTACATGTGGTGACACTGAACATGTGTTGGCCCACATAAGCAGCAACACGCAGCGTGCTGATATGGGACAGTGAGTATCAGTGGGCAGTGATACGATACAAGGACCTGATGCTGTGACAACATGCAAGATGAATTGTGGTGACTTGCATGGATGTGTCACATGCACTTTTGACATGCATTGACACATCATACCTGGTGTGACAACTCATAATGTGTCAGCGTGCAAGTCTTGCATGTGCACGAGCACATCACATGTGAACATATTGGAACATCAGTCAGGGCTATGCTGTACATGTTAATATGCTGCATGAATCAACACGCCACACATATGGACACATGCACGCAACATGCTTAATACCATGTTAATTAGATTAAAACTATGAGAGATGTATCCCCAGTTGAAGATAGTGGAAAAGAGCCATGCTGATGATGACATTAGTATATGCCCCAATACTATTGGAGCGCTTGGAGCCTTTTATCCTTCAGATCAGTTCTGTTGCAGCTCCATAGCAAGCACCCCAGCGTTTCCAGCAGGTCA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Seq C2 exon
GTGGCGTTACTGGGATTAGATGTTTTAGGTGCCTTTGTCCACAGACTATCGGGACGCTTTAAATCCTACATAGGAACTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011995:ENSGALT00000019569:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.062 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF123483=CLASP_N=PU(13.8=29.2)
A:
NA
C2:
PF123483=CLASP_N=FE(15.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]