MmuINT0036745 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000033392 | Clasp2
Description
CLIP associating protein 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1923749]
Coordinates
chr9:113650591-113670786:+
Coord C1 exon
chr9:113650591-113650993
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr9:113670708-113670786
Length
19714 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTGAGC
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTATCGTTGTTAGGATTGGAGATTTTAAGTGCCTTTGTGGATAGATTGTCAACACGATTCAAATCTTATGTAACAATGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000033392-Clasp2:NM_001114347:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.013 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF123483=CLASP_N=PU(10.3=26.2)
A:
NA
C2:
PF123483=CLASP_N=FE(15.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: