DreINT0026399 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000074033 | adamtsl2
Description
ADAMTS-like 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070705-558]
Coordinates
chr5:65208343-65212230:-
Coord C1 exon
chr5:65212054-65212230
Coord A exon
chr5:65208488-65212053
Coord C2 exon
chr5:65208343-65208487
Length
3566 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAACA
5' ss Score
8.1
3' ss Seq
TGAAATCAACTGTTTTTCAGTGC
3' ss Score
6.24
Exon sequences
Seq C1 exon
TGCAACACAACATGTGGACGGGGTGTGAAGAGAAGGACAGTGCTGTGTGTCAGCATTACAAGTGGGAAGGTCCAGATAAATGAGGATGAGGAATGTGACGCCAGCAAGAGGCCAGCGGATGAGGACACCTGCTTCGAGAGGCCTTGCTTTAAGTGGTACACAACGCCGTGGTCTGAG
Seq A exon
GTAACACTTTTCATACCGTATATCTATTCAGTGTACCCAAAAAACTATTTAGTGACATCTAATAAACATCTAAATGTAGACAGCTTGGCTAAAACAAGACTAAACTTGGGCTGTCAGAGAAAATCTAATAGATATCTAAGAATACCCCAAAACTAGACTAATCATGAAATCGACAGCCTAGACAGACTTTATATGTGTAGTCATTCATTTCTGTTTATTTGATGACTAGTCTAGTTTTGGCTTATTCATTCATCCATTCATTCATTTTCTTGTCGGCTTAGTCCCTTTATTAATCCGGGGTCACCACAGCAGAATGAACCGCCAACTTATCCAGCAAGTTTTTACGCAGCAGATGCCCTTCCAGCCCTTCGCAAACCATCTCTGGGAAACATCCACACACACACACACTACGGACAATTTAGCTTACCCAATTCACCTGTACCGCATGTCTTTGGACTGTGGGGGAAACCGGAGCACATGGAGGAAACCCACGCGAATGCAGGGAGAACATGCAAACTCCACACAGAAAGGCCAACTGAGCCGAGGTTCGAACCAGCGACCTTCTTGCTGTGAGGCGACAGCACTACCTACTGCGCCACTGTATCACCCTTTGGCTTGTTCTTAGACGTCTATTAGATTTTCACTGACAAGCCAATGTTAGCCTTGTTTACGCCAAGACAACTAAGTTTAGACGTCTATTAGACATCTATTAAAAACCAAAAATGCTTGTTGGGTTTGATGGTGGATTGAAATACAAATCACAATCACAAGCAGTATCAGATTGCTAGGACGTTGTAAGCTCGAGGGCTCAACTGCACATCTGCTCAGAATACATCTGTATGAGGTCATTTCCAGTTGATTCTACCATGTTTGACTGCATGCTGCCAGGCATTATGTGCTAGTCTGCGTTAATAAAATATTAAGGCCAAAAGCCCAAAACATAGCTTGTGCTTGGAGGATTGCAGACTCACCCGGGGAGAACGAGTGGCAAAACTAAGAATGTGATGCTGAGGGAATCAATGGCGAATGACTTTCTGGGTTCTGATGTTCTTCCTTCACCACTCATATTTTGGTCATGTGAATCCACTGTAGGTTTAAAGACCAAACACTGCAGGTGATTATGGTAAAAATGTATTAATTAATGCAGGCGACACTGTGGCTCAGTGGTTAGTGCTGTCGCCTCACAGCAAGAAGGTCACTGGTTTGAGTCGTGGCTAGGCCAGTTGGTGTTTCTGTGTAGAGTGTGCATGTTCTCCACGTGTTGGTGTTTGTTTCCTCCTGGTTCTTTGGTTTCCCCCACGGTCCAAAGACATGCGGTACAGGTGAACTGAATAAACTAAATTGGCTGTAGTGCATGTGTGTATGGATGTTTCCCAATACTGGGTTGCAGCTGGAAGGACATCCGCTGTGTAAAACATATGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATTCCACTGGTGACCCCTGATGAATAAAACTAGGCTGATTGATTGATTATATTAAGAATAGTAAACATTCTTTGACAGGGTTTTAAATATGTAAATGAGACATAACTTGATTAAGTTGGTGATTTTCTTGTACAAAATCAGAACATTTTTAGATGCAAAGTTCAAAATGATAATGCAAAATAAAAATAAAAATTTTATATGCAAATTTTTAAACTATGTATGGACAAAAGCCTGTGTAAAAACCCTTTTAGATAATTAGAAGCGAGTTAAACTGTAAAGTTTTGTGTATGTAAAGCTGCTAAAATGGAGATTTATAAATAAATACTTTTGTTTGTTAAGCGCAAATATTCGTTTCAAAACTATTTCTAAATTCAGTTCTAATTTCCAGCAAACGAATAAATGAATAATAATAATAATAACAAATGTGCTCAAAAACCTGAGTTATATCCTAAAACACATGCTGTGCCCCATATGGTCTAAAACCTGACAGGTGGGCAAATCTAAGCTTGTTTTTAATAAAACAAATATAAATATGGATATAATAAATAATACTGCTAATAATAATAACATTATACAAAAGCAAATTGTTTATGAATAAACTGAAAAAGCCTCCCGAGATGAAGAAGACATAAAAGCAGTGATTTTTCATATTTATGTAGGCTAGAAAATAATATGTTTTGTAATATTTTAATCCTTTATATTTATATTCTATTTATATTCTTATTATATCCTTTATACATCCTTAATATTTAAATTTTTTCATATGTAAAGATATTTGCCTATTGCTCTCTTGTGTGTATTAAGCAGTGTGTAAGCGAGGCGCAACTCTGCGCTGGAGTTTAGAACGGGTTAGTTTTGGTCTAATGAAAAATCTATTATAGTTTCTCAAAATAGCAACGTGCCAGCAGTCCACCTCAGAACGCCTTCCTTTTTAGACCAGAACTCCTATGGGCGCACAAATGAGCGCTAATGCATTTGCTTTTTAAAACAGCGTAGCGCAACGCCTCAAAACCACTCTTGCGCCAAGCTGAAACTACCAAAAGACTGCGCCATGCCTTGCGCCTCACTGCGCCGGGTGTATGATAGGGCCCTATGTGTGAAACATTTGTTTTTTTTAAATAAAAAGTCCTAAAATGTAAACTTATATAAAACATCCCATAATGTAAATAAGTTGTCATTAAATAAGAATATGTCAATAACTCAATTTTGACAAAAATGTCAGATGGAACTTTATAACTAATGTGACGATTTGTCATTTTGAGTAAACAGCCTTTGAAAATATGAATTGTAATTGAAACCTACAAAGACAAATTGATAAAATGTGAAAAATGAAGCACTTAAAAGTGTATTTTGGATGTTTTCTTTTCATTAGACTGACTAAAAAGTTGTTTATGCAAAGAAAAAAACTCAAAATTTATAAGTGGGTGAAAATAACAACATTTTTGCCTTTCCTTAAAGGGATAGTTCAACCAGAAATGACTATTTTTGATATTGCAACCAGTGGGTATTTTTAGTTACATTTAACATGGTTTTTAAAGAATGTTGGAAACCCGTAACCATTGACATCCATAGTAGAAAAAACAAATACTATGGAAGTCAATAGTTACCGGTTTCCAACATTCTTCAAACTATCTTCTTTTGCCACAGTCATATCACCCTGCAGCCCAACACACTGAAGCTAAGCAGGGCTGATTCTTGTCAGTACCTGGATGGGAGACCACATAGGAAAACTAGGTTGCTGCTGGAAGTGGTGTTAGTGAGGCCAGCAGGGGGCGCTCAACCTGCGGTCTGTGTGCCCTAGTAGAAAGTGAAGGGGACACCAAATGGTTAGTGGACGCCGTCTTTCGGTAGAGATGTTTAACCAAGGTCCTCACTCTCTGTGGTCATTTAAAATCCCATGGCACTTCTCATAAAGGTTAATGGTGTAACTCCGGAGTCCAGGCCAAATCCCTCTATTGACCTGTGGCTGCTGTCGCATCATCCAAGTGGATGCTTCACACTAGTGGTGGTGTGGAGAGACCCCCCTCATGATTGTGAAGTGCTTTGCGTGTATAACATAACACAATAAATGTGCCAATAACTGTTTACATATTTTTCTTCTTTGCTTGAAATCAACTGTTTTTCAG
Seq C2 exon
TGCACCAAGACGTGTGGTGTGGGTGTGCGCATGAGGGATGTGAAGTGTTATCAGGGACGAGAGCTTGTTCGTGGATGCGACCCTTTGACCAAACCTGTTAACAAGCAGACCTGTGCACTGCAGCCCTGCCCCACCGAACCTCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000074033:ENSDART00000108729:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0009014=TSP_1=PD(85.7=81.4),PF0009014=TSP_1=PU(12.0=10.2)
A:
NA
C2:
PF0009014=TSP_1=PD(84.0=85.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg19)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]