DreINT0026406 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000074033 | adamtsl2
Description
ADAMTS-like 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070705-558]
Coordinates
chr5:65231500-65234429:-
Coord C1 exon
chr5:65234254-65234429
Coord A exon
chr5:65231801-65234253
Coord C2 exon
chr5:65231500-65231800
Length
2453 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTACTG
5' ss Score
4.41
3' ss Seq
TCTTTCTGTTTTCTCAAAAGGTC
3' ss Score
10.89
Exon sequences
Seq C1 exon
CTGTGACTGACCAAGCAGGGAACTTTTTCTTCAATGGGGCGTATAAGATGGACACCCCTCAGAACTTCCACGCCGCAGGGACCATTTTCAAATACCGGCGGCCCACCGATGTGTACGAGACGGGGATCGAGTACATCGTGGCGAAAGGGCCCATCGATCAGCCCATCAATGTTCTG
Seq A exon
GTACTGTAGCTGTGGTCCTCCCTTCGCCGCCAAGGGCTCATGGGTAATCTCACTGGCTGGCTAACCATGGCTTTGACTTAGTGCAGGCCAAAGTCTAATGGTTCACTCTGATGCATTGTTCCAGGAGCAATGAATCTTATTATCGGTACTGTTGAATGCTCAGTTCTGTTTGGCTGATGGATATTTGTAGGCGTGTATTATTTTCTGATAATCACACTGTTAAAGTAGTTCCAGGAAGGCTTGACCACATCACTGTTCTGTATACACTGTAGAAAATGCAGGAATCCACACAATTCATTCATGTTTTCCTGTAACACAAGGTGATCATGTTAACTATTGACCAGTCATTGAACAGTTAAGTTGTCCCTAATAAATCAATTAAAAAGCTCATTTTAAATAAGTAGTAGCACAATTATTTCTTTGAGTGTAGAGTGATTTCACAGCAGACAACAGTCAAAAATCTCATGTTTAAGAAAGTCGAGGACACAATTTTCAACAGTTTTTTCTGTCAGTTGTCTTTTTCTTAATCAATCATGCGGGATGACACAGGGAAACCTTGAATTTTTTTTCAATCTGTTTTTTAAGAAAGAGATAAGAAAGAGTTTTAAGAAAAGGATAATTGATGACAAAATTATTAGATTATTGTTTTAATAATAATAATTATTATTGTTATTATACAATTTTTATTTAATTGACAAACCATTGAATTATTAGATTATTATTATTTTTTTATGAAAACTATTAAAACTAAGCAAGGGATCATTGATGACATGATATGAATATATATAGACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCCCTGAAATATTAGCCACCCTTTAAATTTTTTTTTTCCCAATTTAAGTATGATTAATTTTATTAAATAATTTTATAATAATTTTTTATTTTATTATTATTTAAGAAAACTATCAAAGAAAGGGATAATTGATGACAGACCATAGAATAATAATAATAATAATTATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAAAAACAACAACAACAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATCACCACGCGGTTGCGCAGTAGGTAGTGCTGTCGCCTCACAGCAAGAAGGTTGCTTGTTCGAGCCTCGACATGCACTATAGGTGAATTGGGTAAGCTAAATTGTTCGTAGTGTATGTGTGTGAATGAGTGTGTATTAATGTTTCCCAGTGATGGGTTGCAGCTGGAAGGGCATCCTCTACGTAAAACATATGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATTCCGCTGTGGCAACACAAGATTAATAAAGGGACTAGGCAAAAAAGAAAATGAATGAATGAATGAATAATAATTATAATAATAATAATTATTATTATTAGGCAGCATGGTGGCGCAGTAAGTAGTGCTGTCACCTCACAGCAAGAAGGTCACTGGTTTGAGCCTCGGCTGGGTCAGTTGGCATTTCTATGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCCGTGTTGGCGTGGGTTTCCTCCAGGTGCTCCGGTTTACCCCACAGTCTAAATACATGTGCTATAGGTGAATTGGGTAAGCTAAATTGTCTGTAGTGTATGAGTGTGAATTATTGGTGGTTCATTCCGCTGTGGCAAACCCTGATTAATAAAAGGACTAAGCCAAAATAAAATGAATGAATGTATAAATAATTTAATAATAATAATAATAATTATTATTAGACTAGTTTTATTTCATTATTATTTTTAACGAAAACTATTAAAGAAAGGGATAACTAATGACAGGCCATTAAATTATTAGATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATTAGAATTATAATAAATATTATTATTATTATTAAGTTTTTTTTATATAATTCTTATTATTTAAATATAAATATAATACTTAATATTTTAATCCTTATTATTATGAAAACTATCAAAGAAGTCATAACTGAAGACAGACCATTGAATTACTAGGTTATTATTAGGTTATTATTGTAATGATTTTTTAATTTATATTCTTTTAATATAAAATATTTTTAGATATTACATTTATTTTTATAGAAATTACAAATATTCTTATAGATTAAGGAAAGGGATAATTGACAACAATGAATTATTAGAAAATAATAAGAAATACCACCTAAGAAATAAAATAATAATAATAATATAATAATTCAATGGCTTGTCATCTGTTATTTTGAACGAAAATGATTAAAGAAAGGGATCGTCAATAATCCTTTTTTTAAAAAAATGTGGGATGACACAGTGAAATTTTGTATACTTTCAACCCCCCCTTTTTTGCCATGATTACAGTAGTTCGCAATGTTAATAATGCTTCATGCAAAGGTGAAATGAGATATTATTATGACATATTTGTTGGATATGTCTCTTTCTGTTTTCTCAAAAG
Seq C2 exon
GTCTGGAACCAGAATGGGCAAAATCCGTACATCACATATGAGTACACAGTGATGAGGGACTCTATGGCTTCTGTGTCACAGCCTCCCATTTACACGGGGCCGCAGGGAGGATCCAGTCTGGTTTCAGTGGAGGTTGTGAGTGTTTTACAGCATAACCAGAGCATGTATGATAAGAACCAGGAACAGACGACCGGACCCAGGGCTGTGGAGGGACAAAAGCCTGCTCAGGAAACCAATGAAGTGTATGAGACGGCTAACATTGACTGCGAGCAGGACGCTAACACACAAGTGCAATATACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000074033:ENSDART00000108729:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.495
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF059869=ADAM_spacer1=FE(49.2=100)
A:
NA
C2:
PF059869=ADAM_spacer1=PD(14.4=16.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]