DreINT0027818 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000101139 | agpat2
Description
1-acylglycerol-3-phosphate O-acyltransferase 2 (lysophosphatidic acid acyltransferase, beta) [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-061103-541]
Coordinates
chr21:7627452-7647185:+
Coord C1 exon
chr21:7627452-7627789
Coord A exon
chr21:7627790-7647051
Coord C2 exon
chr21:7647052-7647185
Length
19262 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGT
5' ss Score
10.03
3' ss Seq
TGTCTCTTTACTTCCTGTAGGGT
3' ss Score
9.7
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGTCATCCGGTTTTTGGTCCGCCATGTAAAATACTTCCTGGGTCTGCGCTATCAGGTCAGCGGCTGGGAGCATCTACAGACAGAAGGGCCGTATGTTATTATCTCCAACCACCAATCATCACTCGACGTGCTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000101139:ENSDART00000172174:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0155316=Acyltransferase=PU(22.5=63.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]