DreINT0027914 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000079388 | agrn
Description
agrin [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-1033]
Coordinates
chr23:23950501-23961669:+
Coord C1 exon
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Coord A exon
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Coord C2 exon
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Length
10940 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTAGGA
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8.18
3' ss Seq
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3' ss Score
4.52
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000079388:ENSDART00000162838:29
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.395 A=NA C2=0.055
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005418=Laminin_G_1=FE(28.0=100)
A:
NA
C2:
PF0005418=Laminin_G_1=FE(28.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]