DreINT0029544 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000105035 | anapc2
Description
anaphase promoting complex subunit 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-081104-256]
Coordinates
chr5:53913643-53918096:+
Coord C1 exon
chr5:53913643-53913775
Coord A exon
chr5:53913776-53917894
Coord C2 exon
chr5:53917895-53918096
Length
4119 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GATGTACGT
5' ss Score
6.45
3' ss Seq
ACAAATAATTTTGTTTCCAGTGG
3' ss Score
5.62
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCCAGACTACAGCTGTTGGAACGCGTGAGCTCAGAGGCTGTGACCAGCATCTTGCACCAGCTAATAGAGCAGAGAATGGAGCAGCGCTATAGAGGAGAATATGAACGCTCTTTTCTTACTGACTTCAATGAT
Seq A exon
GTACGTAACTTTCATCCATTTACAGACCAGAAAACATCATTTAATTTTATGTTCTCTGCTTAAAGGCATAGTTCACCCAAAAATGTAAATACTCACTATTTACTAACCCTCAAGTGGTTCCAAACCCTAATTATTGTCTTTCTTCTGTTGAACACAAAAGAAGATATTTTTAAGGAAACTGTAAACAGTAGCTAGGTTTCCATCCACCTATTTTTATGTGCATTTTGGATATGCGCATAAAAAAACATTTGATGGAACCATCATGATGCACCTGAATTTTGAAACTGCGCATAAAAAACATGCGCAGATCTGAGTAGAATAAACACTTTATTCGATAAGAAAAGATGCGCATAAACTACGATGGAAACACTTTTACTGCACAAATTCCATTATGCGCATTAAAGTCATTTAGAGTCAGTGATTTTGTTGTTGGAGATCATGTGATGATAAAAATTTGTGTGTGATAAACCAACAGGCTGAGCACATTGTTAAACATCTAAAATGTTGTTTTGGTCATTCTAAAACACCTTAACAATTTTAGTATTCATTCATTTATTCATTTTCTTGTCGGCTTAGTCCCTTTATTAATCCGAGGTCGCCACAGCGGAATGAACCGCCAACTTATCCAGCAAGTTTTTACGCAGCGGATGCCGTTCTAGCCGCAACCCATTTCTGGGAAACATCCACACACACATTCACACATACACTCATACACTATGGACAATTTAGCCTACCCAATTCACCTGTACTGCATATCTTTGGACTGTGGGGGAAATCGGAGCACCTGGAGGAAACCCACGCAAAGGCAGGGAGAACATGCAAATTCCACACAGATACGCCAACTGAGCCGAGGTTCGAACCAGCGACCTTCTTGCTGTGTGGCGACAGCACTACCTACTGCGCCACTGCCTCGCCCCCATTTCAGTATTAGTGTTGTATTATTAATTATCTCCAGAATTGTCAAAAGCGTCTGTGCTTTGGGTCTCATGCCTTTAAACATCACCATGTGTTCTTCTGAGGTGCAATTAATTTATTAAATGAGGAAAATATTGACGCAGCTTCTACTAAAGCAAATTCCATTTTTACTGTTGATATTTGGCGCCAGTTAATCAGGTAGTGAAGATTTTGTTCTTTTTGACTACTTGAATGGAAATGCTGCTTTATTTTCATGTCTTATGTGCGATATTCCAGTTTTGGCATAAATTAAATTTGCATTTTTGAATAGAAACACAGCTATTGACTTCCATAGTAGGAAAAAAACAAATACTTTACATGTTAGTGATGGCAGGTTTCCAGCGTTCTTCAAAATATAAACAAAATAAAGAAAATTCAACCAGTTTGAAACAAGTAAAGTGTGAGTAATTGTTTTGGGTGAACTATCCTTTTAAAACGATTGCACGTTTTGATGTATAGAATAGGTTATATGCACAGCTAGTGTTACAGCTAAATAGGCTTTTATTTAGTTGATCAGGCGTAAAATGAGATTAAAAAAACATCTTTCCTTCAGGAGCAGCTGGCGATTTTTGAAACTCCATTGAAAATACTGTTGTCAAATAAATGTTCATATTTTAAAAGCATGGCACAGATCAATGGAATTTAAAACAGTGCTTCTTGTCTGGTCTGAGACCCACTTTATATCGTATATTGATCAGGCCGTGAAGTTCACTGAATTTTAATGGAGACAGATCTCAAACACCGTGATTTTTGTATGGGCACGATAGATCATCCGAAGCTGACTTACTGAAAGTCAAAAGTCCTGTGCATATATACCCCATTATGCTCATGGATTTAAACAAAATGCAATTATGAATCCACAATGTGCAAATTGATCCATCTAGATTAACATATGGTTAGTTACCTTACCTAAAGGCAGGTATTTTTGTTGAAATTTGAACTATTGAAAAGTGTATGAACTTATTAAAGTGCTCATTAAGTGAAGTATATTTGTAAACTTATTTCGAGAGGATCACATGCTTATGATTGTCCACGTCTGGTCCCACATTAACTTTATGATTGATTTATCAATTGGATGATTCCTAACTCCAGGCGAACTCACGTTAGGTACAGTTGCCTTGAACCGTGCCAATGCACGATTGTCCCCCATCCCCTCTCCCCCTTGGCCTGCACTCCGGTAGGCATTTTTTACCTACCAGACCTGAGCACAATTACATCATCGATGATGCAACTGTTCAGTTTAACAGGAAGAGAATCGCTCTCGCTCGGCACAAAGATTGCTTTAGTTATATTGGTTTGTATTATTTTTTGGCATTTGGAATGCAGTGACACACAGTTAAACACTTTGCTGAAGAGATCTACCAATTTTGACGTTCACAAATTATCATAAAAGTCCTCGTGCTGCAGGTACTGTTGAAACCAGAAGTTTACATGCACTCTAAAAAAAGGAACGTAACCCTTTTTAAAAAAATTGTCTGATGGTAAATCATACTAAACATTTACTATTTTAGGTCCGTTAGGATCACCTAAATGATTTACATTTGCTAAATGGCAGAATAATGAGAGAGATTTTGTTTGATAATTTTTTATTAATTTCTAGATAGTCAAAAGTTTACATACTTTTCCTTGGTATTTTTTTAGCTTTGCTTTTAAACTGTATAACTTTGGTCAAATGTTTTGGGTATCCTTCCACAAGCTTCTCTGAATAGTTTGAAGGAATTTTGGCCCATTCCTCCTGACAGAATTGGAATTGGTAACTGAGTCAGATTTGTTGGCTGTCTTGCTCGCACAAGCTTTTTCAACTCTGCCCACAAATTTTCTATATGATTGAGATCAGGGCTTTGTGAAGGCCACTCCAAAACATTGACTCTGTTGTCCTTAAAGCACATTTTAACTAATTTAGCAGTATGCTTAGGGCTGTGGCCTGTTTGGAAGACCCATTTGTGGCCAAGTTTTAATTCCCTGGCTGATGTATTTCTATATAATATTATTTTCTTCATGATGCAAAACAGCGCCACAACATGATGCTGCCACCCCCATACTTTACAGTTAGGCTGGTGTTCCTAGGCTTGTAAGCTTTCCCCTTTGTCCTCCAAATGTAACACTGGTCATTACGGCCAAACAGTTCATTCTTAGTTCCATCAGGCCACAGGACAGGTCTCCAAAAGTTATTATTTTTCCCGGTGTAATTTAGCAAGTTGTAATCTGCCTTTTTCTTTTGTTGATTCTGGCTTGTTGATTTCCCATGTCACACAAGGGAGCGGTGTGTTTGAGGTTTTCCTTTAATACTATTCTAATGTTGTGCCTCCAAATAACTCAAATGTCGTTAGTTAGCTAATCAGAAACTTTCAAAACCTTGAAACCATCATCTGAGCTTTTTTCAGAGGCATAATAATCTTATTGTACTAGACTTTCGAGAAAACAATTTCTCAAAAAAATCTCTCTCTCATTATTCTGCTATCAAGCATAACAGAAACTAATTTGATAATCCTAACTTGCCTAAAAAAGAATTTTATTTTAGTTAGAAGAAGTTTAGTCACAATAACATCTGACTTTTTTAAAAAAAATGGTTATGTGCCTTTTTATGAAGTGTATGTAAACTTCTGGTTTCAGCTTTTTTAGGAGGTTTCCTGAAGGTGCAGCTGACGTGCAGTGAGGGGTTTGTGTCTTTGATAAACTACGACAGTTTGCATTCAATAAAAATTAAGAATGATTAATAAATCCATATGAAATAGTCCCCTAAAAGTGATGCGCTTCTTTAGTTTCGGACTCAGGCGTGCTTTACACACACTACAAGCGTACCGCGCCAAATCCCAACTGAACGTGCCTGAGCCTGATTCAGAGTGCTCACACTTCTCAAACGAATCGGGAACCATGTCTAGGCACGGTTTGGATAGCATAGTGTGAGTGCACCCTCACTATAAATAACCAGAGTTTCTTATAGGACAGTAGAGAGTATTTACTGGAAAGCATGGAAGCAGAGAGAGGGGAAGGATTGGCATAGGACCTCGAGGCGGGAATTGAATTCGGGTCGCAGTGAGCACCTGAGTGCATGTGTCGATGCAGTAACCACTACACCATTGGCGCCGACCTAAGTGTGAACTTTTGAAAAGAAAAAAAAAAAAATTTATAATTTCTAATTATAACAAATAATTTTGTTTCCAG
Seq C2 exon
TGGTTGGGACAGGTTTTGGGATGGCTAAGCAGAGTGTTTTCCAGTAAGGCAGATGAGGTGGGCAGCGAAATCACACCCATAGATGGTAAGATGGGTCAACCAGCTAATGCACTCCTCCAGCGCTGGCACTGCCACATGCATCAGTTCTTCTGTCGCATCTATGTAAACATGAGGATTGAAGAGCTATTCAGCATCATACGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000105035:ENSDART00000171159:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.051
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0088817=Cullin=FE(7.8=100)
A:
NA
C2:
PF0088817=Cullin=FE(12.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]