DreINT0029548 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000105035 | anapc2
Description
anaphase promoting complex subunit 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-081104-256]
Coordinates
chr5:53918615-53926295:+
Coord C1 exon
chr5:53918615-53918793
Coord A exon
chr5:53918794-53926153
Coord C2 exon
chr5:53926154-53926295
Length
7360 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTGGT
5' ss Score
8.08
3' ss Seq
CCCTCTTTCTCTCACTGTAGATA
3' ss Score
11.99
Exon sequences
Seq C1 exon
AACCCGTGAGGACACTGTGCGCCAGATAGTGGGCAGTCTGACCGGGGATTCGGAGGGATGCACTGATCTGGCTAATGAGCTTTCTCGAGCTGACCCTGTTGCCCTGGAGACACAGGACAGTGAAGATGAGGGGAGTGATCCAGAGGACTGGACTCCAGATCCCACCGATGCACTCACAG
Seq A exon
GTTGGTGGTAACTGTCAGAGCACACCAACATAAGGAACCCAGTAAATAAGTCTTATTATGCATACGCAACCGGTCAAAAGTTTGGGGTTAGTATGATTTTTAAAATGTTTTAAAAGAAGCTTTTCCTACTTACCAAGACTGCATTTATTTCATCAAAAATGTTCAAAAAAACTGTTCAAAAGTATGTTATATTTAATTTAATAATTTATTCCAGTGATTTTAAAGATACATTTTTAGCTTCAATACCCCATACTTTAGAGTCGCATGAACCTTCAGAAATTACTCTAATATGAATTATTATGATTATTAATATTATTACTAAGAATGGTAATAGTAACAAAAATAATAATGACTGGAGAAATATTTTTTAAGTACATACGATAAAAAAATAGTTCCTTATTTTTTTATTATTATTTTTTAAATATTTAAATTTTTTAAATTTATTTTACATTTAATAAATGCCGCCTTGATGAACAGAGTAATTTTCTTTAAAAAAACATGTAGTGTATGTTCTGAAACAGTTTTGCTGGTTTTGCTGAATGTTTGTCAAATGAAAGCTTTTTAGAAAAGGCAGACAAATCTTTATCGTACAATATCATTTTTGATGATATGGTCAAACTGATTTTTAACTTCTGTTATCCAAAATATTTCAGCAAATGAGATGTCAGGCAGCATCAGTAGCAAATACAATAGTGTCATAGAATCCTGGCTGTCCACTCGGATGTCAAAAGTGTCCAGTGTCACCCCTCTGGCTCCGTCACTAGGGGCGTCACTGTCCTAGGCCGTGTTTTTAAATTTGACATCTTTGAAATCAGCTCCAGATGGAAAATGGCCTGAGGCTTGTGCTGAACCACAAAATTAGTTTCTTTGTAAAAGGAAGAAAGCTCACATATCTCACTGATTGACTTAACAATGCCATGGTTGAGACAGAGATGTGCATGGTGTCCCAAATTGCAAAAAAAAATGAAAATAAATTCAAAATTCTCTCACTTACAATGTATTGTTGCTGAATCTTTTTGAAGTTAAAAATCCACTTGGATTGAAATTTATTTATATTACAGTTTTAAAAATCGTTCAAAAGAATGAACTAAATAAAATAGGTGGTCACACTTTATTTTGATGGTTCGATTGTTGAATTTAAGTTACATTGCATCTACATGCCAACTAATTCTTATTAGATTATAATAAGACTGTTAGGTTGGGGTTAGGGTTAGTGTAAGTTGACATGTACTTGCATGTAGTTTCCTACAGTCAAATGTCTGTTGAAGGAGCAGTATCAGCAGATATTAAGCAGACAGTCCACTAATACTCAAATGGACTATCAAAATAAAGTGTTACCAAATAGGTTTCTATTTAGTGTAATATGTATTTATATAAGGGATCTATCATGTTTGGCCATACACCCAAAGCGCTTCACAATCATGAGGGGGATCTCTCCACACCACCACCAGTGTGCAGCATCCACTTGGATGATGTGAAGGCAGCCACAGGACAATGGCACCCACCCCACACCAGCTATAGGTCTAGGAGAAAGATAGTCATTGAGCCAATTCAGTAGATGGGGATGATTGAGAGGCCATGATCTGTGAAGGTCGGTGGAGGGAATTTGGCCAGGACACTGGGGTTACACCTCTACTCTTTACGAGAAGTGCCATTGGATTTTTAATTACCACAAAATGTCAGGACTTCAGTTTAACGTCTCATCCTAAAGACGCCGCTTACTGACAGTATAGTGTCCCCTTCAATATATACACTACTTCCAACAGCAACCTAGTTGTCCCATTTCTTACAGAATTAATACTAACACAATCAAATAAAACATGATTGACAGTAAAAATGCTTTTACAAATATAGCATGTGGTAGGATATGTGTAGGATCCGAGTAGGGCAGGGCGATTAATCGAAAAAGTAATCCAAATTAACATTACGAAATATAATCGATTTAATTTTTACAGGTCAATTTTTTTCAGTTTTTCCCTACTAAGTGTGGAGTCACGTGTCCCTGCTCTGTTAAGCCTTTATTTATGTGGCCATTTTGCTGCCACATCTGATCTCTGGTCAAGTAGTATGATGGACCCATTCTTGAGCCTTTCTTTGCACATCAAAAGCTGCGCTGAGATGCCTTGAGACGGCATATTTTCCATTACATTAAAATTATTATTTATATTAAAATATTTCTTTACAGAAGATGCAAAAAAACTTTTAAAAATATTATTTACCCAAGATGCAAGAGTTATTTGTTTTAGAAGAAATACTGTTTATTGTCTACTTTAACTATAATTTTTTTTTTATAATTTACTTTGTTTCCAAAAGTGCAGGTTATTTTTTAAAAAAAATCACAGATAGTAGTGTGTTTCCCTTTATGCACACTTCATTCAGTAATCTCTCTCTTGTAATATGTGAGCATATTTACTGTACGAAACCTGTCAGTAAACTATGAGAGCAAAAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAAATCGCTTAATTTAGTAATCGAGTTAAAATGCTCAACTAATCGAGATTTCAATTTAACGCCAAATCACCCAGCCCTAGATCTGAGTATTAAATAACTGTGTGTCATCCTGGAGTAAACATTCTAGACGTTTGTGATCAGTCTTAACTAGTGCTTGATGATCATTTCTAAGGGAAAGCATTGCCTGAAGACAGGACTTTGAATCTAATTAAAGGAAACATTCTTTTTTTGCAGTCTATATGTATGCAAGCGTTTGCTTCTGAATTTGGTTATGGTGATCATATGGATCTCAAAATTAGTAAAATGTTTCTGAAACATTCTTGATAGCTATCTATCCTTTTATGTAGTTTTTATAAAACGCATATATTTTTTTTCATAATCATCAAATTTATGGACGAAAAAACATTCATTCATACCTTTTTGGAATGATTGGTAATTTGTTGTTGGTTCATCCCCTTTTTTGCAATCTTTTTAATGCACTCATGTTTTGTAAGAGTTAAGAGTATGGTACATTCTTGCAGCATTTAATTAGATAGTTGTTTTCTGTTTGATTTTTATTTATTTGTTTTTCTGAACGCAACAAAACAGTAAAAACCATTATTTTCGTGAAAAATTGACAAAATAAATTAGAAAAACACAATAACATGTTAGGTGTTTTCTGCCAAGTGTTTTATTATATATTATAAGTTATTAAGCTTCAACAAGGAATTTTCTTTTTGCTGCATGTTTAGTGTATAGAATAAAAAACTTTTTCATCATTCTTTGCCATGAAAGTAATTTTTAGTTTGCCTAAATTTTAGTTTGCCCATGACTATTTGTCAGTTGCGTGCAAATACAGTCAAAATGAAGAAACAGTTTGGGTTTTTAAGCCTTCAAATGTTGTTCTTGGTTCCTCTTATCTGATTGGATGTTGTGAGCACGTTATTTTTTTCCGTAACAACCAGTACAGCAAAGAGACAGCAATATCAAGTTATGATGCTTAAGGAAAACATTTGTTTCTAACATCTTGGAAGCAGACATTTACGAGGGTACACCACAACTAAAAAAATGAAGTGATGTTTTGTACAGCTTGCCGTTAGTTTGGCGGTTTAGCCACTTTTGTTTGCAAAACACTTAGAATTTTGCTCATTATACATTTATTAACTTTTTTTAAAAAATATTTAAATTCTAGATTACAAACATTTTGACACATTTTTGTTTTTAATTTGTGGCTAAGAAATAGCTGTAAACTTTTTTTTTTTTTGTAGGGCCAGTGAAAATATTGGCAGGGCAAGTAAAGATCTGAACCACTGGTCCGATTGGGCTTGTAGAAAAAATTCTCAGCGTTGAACCCTGTATACAATTAAATGTATACAATAATATGTGTACTAGAAAAAAATATTTAAAGGTCCATTGAAGTTTTTTTTAGATGTTAGTATCAGTATTATTCGTTTTTAGGATATCTATAAGCTAGTGTGCCCCAAAACAGTGACAAAATTTGCATTTAGAAGATATAAAACTGAAATAAACATGGAAAACTTGTAGTTTGTCACTTCTGCCCAAACAGACCAAAGGTTTTATTCACGTCAACTCAAACTACAGTTTCTCATCACATCATAACCATTCAAAGCATCTGACAAGCTCCGCCCCCTTCAGGAAGCTTTTCATTTGTTTTTCATTTGATGCACTTAAGCTGAACCACTCTCACTGGCAAAGCTGTGATAAAACAAAACCCTTTGGCTGTTCTTTTTAAACATGGAGGAGATATCAGACATATAATAAATAAATAAATTCTATACAGCTTAAAGTGACATTTAAAGGTTTAACTAGGTTAATTAAGTTAACTAGGCAGGATAGGGTAATTAGGCAAGTTATTGTACACACAGTAGATTGTTCTGTAGATTATCAAGAAAACAAGTAGCTTAAAGGGGTTAATAATTTTGTTCTTAAAATGGCTTTTAAAAAATTAAAAACTGCTTTTATTCTAGCCGAAACACAACAAATAAGACTTTTTGTAGAAGAAAAAATATTATCAGACATACTGTGAAAATGTCCTTGCTCTGTTAAACATCATTTGCAAAATACTTAAAAAAGAAGAAAAAAATTTGAAGGGGGCTAATAATTCTGACTTCAACTGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGCTCAGTCCATATGGCAGGGCTCAATAAATGGTACTGATAAATGCTCACAGATTGCTGTTTTGCATTTGAAAATCTTTATCTTAAAAAATATGTGTGTGCCTAATATCAGATGGCCAAAAATAGATTAATCTTTTATCAAATTTAATTTTCTCAATTCAAACGAGTATAAATTTTTAGAATGGAGACAGTGTTTGGTTAGTCTGCAGTTCAGTAGTGCCTTTTTAATCTTGTGTTCTTTTATACAGCTCAGATATTCTGCTGTTTTGCTGTATTTTTTCAGGAGCAAATACAGTTACATCTTCTGTTGTATTGTAGTTCCATCTTTCAGATTTTGTTTGTTTTATATCTGTCTGATGTGTTAGTTTGAGCCTGAGTGTGCTTTGCTGGATTGGCTGTAGTTTAAGTAGCAGCCTTTAAAGGGTGCTCTTCTGCAAATACTGCTCCTGTCACTACAGAGTTTAGCCTGGTAAGAGCTTCTGCATTTCAGGTACTTGTGGATCTCTTTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATACAGTTAAAGTCAGAATTATTAGCCCCCCTGTATTATTATTACCCCTGTTTATTTTTTTCCCCAATTTCTGTTTAATGGAGGGAAGATTGTTTTTGCACATTTCTAATCATAATAGTTTTAAAAACTTATTTCTAATAAAAGGTTTATTTTATCTTTCCCATGATGACAGTAAATAATATTTTACTTGATATTTTTCAGGACACTTTTATACAGCTTAAATTGACATTTAAAGGCTTAACTAGGTTAATAGGTGAACTAGGCAGGTTAGGATAATTAGGCAAGTTATTGCATAATGATGGTTTGTTCTCTAGACTATTGAAAAAAAAATTAGCTTAAAGGGGCTAATAATTTTGTCCCAAAATGGTTTTTAAAAAATTAAAAACTGCTTTTATTCTAGCAAAAAAAAATAAAAATAAAAAAAAAACTTTCTCCAGAAGAAAAAATATTATCAGACATACTGTGAAAATTTCCTTGCTCTGTTAAAAACCATTTGGGAAATATTTAAAAAAAGAAGAAAAAATCGAAAGGGGGCTAATAATTCTGACTTCAACTGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTAGGGATGTAACGGTATTGTAAATACCGTCATACCGCAATATTATTTTTTTTTCCGATATTATCGTAGTCGCATGACTCGGTAAAACTACAGGTCTTCTGAGAAAATTTGCTCAGGCGAATGAAGCGAACGGGAGGTACCGGAAACTACAATTCCCATCAGCCCAGGCGTGGCCATAATCCCTTGCGGTCTGTTGTCGCTTGCAGATCCAGTAATGCGGAAATGGAGTGTGCTGCTAGAAGCGGGGATCAAAAAGAGCTGGAAAACCCTAAATCGGGTGTTGTCGCCGCGCACGTACTGAATAGTGGTGTTGTCGCGCGAGTTCTTATCAGCTGTGTTGTCTCGCGCGTTCTGAATAGCGGTGTTGTCGCGCGAGTTCTTATCAGCTGTGTTGTCGCGCGCGTACTGTAAAGCGGGGACGGAGGGTATGTCGCGTTGCGGGGGCACTTTTGATCATTTTGGAAGGGAACTTTCTATCCAAGACTAAAAAGGGCATGTGCACTGCACAGGTTGAGCACTGTGTGTGCACGTGCCTGCAAGTTGGGGAATACGACAAATCAGTCATGGGGACTGCAGAAACACAGCACACTGTTCAGATTGATGCAGACATGAGATCTCTATCTCACTCATGGTTTGTCCTCTCAAGTGGGGGAAAGGCAATGCACAACGTTACCCACTGCTAACAACCTGGGCCAAGTCATATCTCTCTTGTCCCAGAAACCTCAGTCCCAAATGAGAGGGTTTTTTTCTGTTGCAGGGGACATTGTAAATGCCCAGAGATACCAGCTTTTACCAGATTATATTTATATCATAATTTTCCTTTAAACCCATCTCTATCTAAGTGAGCGAGTGATTAAATGTTGAATGAGATGAGTTTTCAACACTACTAAATTGAAACTTAATTTTTTTTACATGGTTTAATAATTTTTTGTTATTAAAATTGAAGTTCCTGTTTCAAAGCTTACAGATAGATGACTAATTTGTATGTCATTGACACTTTTGGCACTTTTTTGGAGTATTTTCATAAGTTTTGTTTTTTCCTGTAAATGATTCAATAAATACCGTACCGTGACATTCATACCGAGGTATTACCGTACCGTGAAATTCTGATACCGTTACATCCCTAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAGTGGTAAATGTCATTCTCATTTGGGGTTCCTCTGTTTTTACAAATATTTGTTTTCATACTTTAAATTTCTTTTTTTCCCATTTAGAGAAATCTTGATTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATCCCTAAACATCACTGCCATTAGTTTGATTATTGTTTTTTGTGATTTTTTTTCCGGTCTTGCATTGCAATTTTATATTTAATAGTATTCTCTCCCTCTTTCTCTCACTGTAG
Seq C2 exon
ATAAAACTGGGTCTAAGCGACGTTCTTCTGACATCATCAGTCTGCTGGTCAGCATTTATGGCAGTAAAGAGATCTTCGTTAATGAATACAAGACTGTACTGGCTGACAGACTTCTGCATCAGCTCAACTACAACACAGCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000105035:ENSDART00000171159:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.508 A=NA C2=0.083
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0088817=Cullin=FE(10.7=100)
A:
NA
C2:
PF0088817=Cullin=FE(8.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]