DreINT0030202 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000015589 | ankrd33bb
Description
ankyrin repeat domain 33Bb [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070912-531]
Coordinates
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Coord C1 exon
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Length
11914 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGAGTAAGT
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
ACAGGTCTGATAGTGGCGTGTTACCAGGGCTACGTGGATGTGGTCATTGCACTGTCCCAGTGCCCACATGTGGACGTGAATTGGCAGGATAATGAAGGGAATACAGCTCTCATTAATGCTGCACAAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000015589:ENSDART00000146518:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.128 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127962=Ank_2=PU(32.7=37.2)
A:
NA
C2:
PF127962=Ank_2=FE(43.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]