GgaINT1006229 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000027521 | ANKRD33B
Description
ankyrin repeat domain 33B [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:35240]
Coordinates
chr2:78184930-78211788:-
Coord C1 exon
chr2:78211360-78211788
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr2:78184930-78185059
Length
26300 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTGAGC
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7.75
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AATGGTCTCATCGTCGCCTGTTACCAAGGGTATGTGGATATTGTCATAGCCTTATCACAGTGCCCTCACCTCGATGTGAACTGGCAGGACAATGAAGGGAACACGGCCCTGATCACAGCTGCGCAGGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000027521:ENSGALT00000044518:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.818 A=NA C2=0.011
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127962=Ank_2=PU(40.2=23.1)
A:
NA
C2:
PF127962=Ank_2=PU(42.7=93.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]