MmuINT0015654 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000022237 | Ankrd33b
Description
ankyrin repeat domain 33B [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1917904]
Coordinates
chr15:31254841-31297514:-
Coord C1 exon
chr15:31296794-31297514
Coord A exon
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Coord C2 exon
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Length
41823 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTAAGT
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11.3
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ACTGGCCTTATTGTTGCGTGCTACCATGGCTTTGTGGATACCGTGGTGGCCTTAGCAGAGTGTCCCCACGTTGACGTCAACTGGCAGGACAGCGAAGGGAACACAGCCCTGATCACTGCTGCACAGGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000022237-Ankrd33b:NM_001164441:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.778 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127962=Ank_2=PU(36.7=28.0)
A:
NA
C2:
PF127962=Ank_2=FE(47.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs: