HsaINT0008886 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000164236 | ANKRD33B
Description
ankyrin repeat domain 33B [Source:HGNC Symbol;Acc:35240]
Coordinates
chr5:10564435-10618574:+
Coord C1 exon
chr5:10564435-10564945
Coord A exon
chr5:10564946-10618444
Coord C2 exon
chr5:10618445-10618574
Length
53499 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGC
5' ss Score
9.04
3' ss Seq
CTTCCCCTCTTCATTTCTAGACC
3' ss Score
11.99
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ACCGGCCTTATTGTCGCCTGCTACCACGGCTTTGTGGATACCGTGGTGGCCTTAGCAGAGTGCCCCCACGTTGACGTCAACTGGCAGGACAGCGAGGGGAACACAGCCCTAATCACAGCTGCACAGGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000164236-ANKRD33B:NM_001164440:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.732 A=NA C2=0.057
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127962=Ank_2=PU(33.3=27.0)
A:
NA
C2:
PF127962=Ank_2=FE(43.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)