MmuINT0015655 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000022237 | Ankrd33b
Description
ankyrin repeat domain 33B [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1917904]
Coordinates
chr15:31325086-31367726:-
Coord C1 exon
chr15:31367039-31367726
Coord A exon
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Coord C2 exon
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Length
41823 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTAAGT
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11.3
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ACTGGCCTTATTGTTGCGTGCTACCATGGCTTTGTGGATACCGTGGTGGCCTTAGCAGAGTGTCCCCACGTTGACGTCAACTGGCAGGACAGCGAAGGGAACACAGCCCTGATCACTGCTGCACAGGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000022237:ENSMUST00000123325:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.844 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127962=Ank_2=PU(33.3=28.0)
A:
NA
C2:
PF127962=Ank_2=FE(47.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types