DreINT0033252 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000035719 | arl5c
Description
ADP-ribosylation factor-like 5C [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-1866]
Coordinates
chr3:15989325-15992257:-
Coord C1 exon
chr3:15991837-15992257
Coord A exon
chr3:15989386-15991836
Coord C2 exon
chr3:15989325-15989385
Length
2451 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGA
5' ss Score
10.06
3' ss Seq
GTTTGGGCTCCTCTTTTCAGAAC
3' ss Score
9.34
Exon sequences
Seq C1 exon
AGGAATTGTTCGAAATCTCGCGTCATCGTCGTGGGTGGCCAATGAGGGATGCCGTTTTGTGAAGCGACCCCTGCGTCACTACTCATCGTTTAAACATACAAACGCCCACGGAAAACACGACGACATTTCGTATTCCGACGCGATATTTTATGTATCAGACACCGATTTAACAGCAGACAGACACTCAGGGAACGAGTGCAGTGAAGAGGACTTGACACACCAGAACAGCGGAGTACTGTCGCTCGTGGATCATTGTTTTTAACCGGACTGTGAAAGTGTCTACAGCTCACTGTAATTAAAGAATCAACGGATCCAGGAGACTATTAAAAGCTGCTGTGGTCGATTGACTATATTTTAAATTCACAGCGTTCAGAAATGGGACTCCTGTTCGCCAAACTGATGACTCTGTTCGGAGACAGAG
Seq A exon
GTAAGAGATAAACAATATCACAACATGTTACTTTAAGAGTCTTTTGATATTACAGGCAACATTTATTATGATGTTTAAGGTAAAGTGTTATAACTTTAGTTAAGATGTAGCTGTTATCTTTTTTAGTCACAACAAAATAATATTAGCTAACATTCTGTCCTGCTTACTGAGAAACTAAACTAATGTTTCTCCTCAGGACTTTGTGTCCTACTATTGTTAATGTATTCATTATTAATAGGTTAGGACTAGAAACATGTATTATTATGTTAAAGTTAAAGTGTTTTAACTTTTAGTTAAGATGTAGCTATTACCTTTTTTACTGTCACAAATACAACATTAGTTAACATTCTGTCCTGCTTATTGAGAAGCTAAACAGGTTGTAATGTTACTCTTCTGAAATTTGTGTCCTACTATTTTTAACGTATTAATTTATAAATATATTAGGAATTGGAACTTTTATTATGATGTGGAAGTGCCTCTTTTTACATCTTTATCTAAGATATATTACTTATTTCACAAACAAAAAAAAAACAACATTATGTCCTGCTTATTAAAAAACTAAACTGTTTGTTTTGTTTTTCCTCTGCACTTTGTGTCCTACTATTGTTATTCATTATTAATACGTTAAGAATCAAAACATTTATTATTATGTAAAGTCCCTCTTGTTATAACTTTAGCTAAGATGTATTACTTGTTTTTAGCCACAAAGAAGAGAAATTGAGGTAAAGTTGTTTTATATCCACATGTTCAGATTTTCCCTTCAATAATATAATTTCACAGGTATTCTTTGCAAATTTTAAATAGTGAAATTATATTAGCAGCCAATGACTATTAATGCATATAACATTGTTCACAGACAAATAAATAGTGTTGTTTTCAAGTCATACTTGAATATGATTCAAGACTGATTATTCAAAGTACCATGGTAAACAATATAGGGAGTGAGTCACAAGTTGTCACTGAACCAATGTGCGAATACAAAACAAACTTTACCTCAATACAAGAGAACAATAACATTGAGTCCTGATGACTGAGAAATGAAACAGTTTGTAACATTACTCCAGGGGACTTTGTGTCCTACTATGTGTTAATAGTTACAAAGTTTTGTGATAAAAGTCCATTTTAACTCTGATTTATTCAATATTTCGCATTTGTAATTTTGATGAAGGTCTAAATGCCCCCTCCAACCCCCCGATCTGTATCTGAATACAAATATTACTAATTAAAATAATAGATAATATAAATATACATTTGACCACTATTATAACAGATTATACCATTGTGAATTCATAATTTCGTCAATCAGTCTATGCAATTAGACATGGTAGACGTTTACAAGACACTTTTCTTGTTAAATAGGTGTTTGTTTCTATATAAAGTTTGTTTATACATTCACTTCTACGTAATAATTCTGACTTCAGATGTAAAAGTAAATCTAGATACACAGTTAGTAGTTTGACCTACAGTAACCTCTATAATAGCAAATTAGTGGGTATTGTAGGTCAGAATACACCAAAATATCCCACAAAACACTGAAAACGTAAATGTTTTATTTAAAAAAAGATGTTATTTAAATAAATACATACATTTTACTCACTGAAGGATGTATTACACAAAATAACATTATCGAAAAAGTCGACCCCTCAGATCGTCAATGTATAATTCGCACTCTGCCTGTAGTCACTTAACCAGTATGAAATATGAAGTCAACGCTTAATTATAATGAACTTGTCTATGCTATTTATACTAGTATATTAACTTATAACAAGCAAGGATTGAAGTTCCCAATGTCTACCAACACTTTATTTTAACCTTCCCTCAACAAATGAACTAAACATCACCTAAAGTTACTCTCATCTGTTATGGCTATTAGTTAAGATGTAGTACACTCAGATAAATGACTATTGCTGCTTGTTCAATTTTAAATGAGTTGAAACAACTCAATTCTTAGCTTAATTAACTAAATTGTTTCATGTTTAATCCACTTAAATTTATAAAAAACTAACTTAATCAAATTGTGTTGGGATAACATGAAGGAGTTGTGTAGAACCGAATGTACTAGTCAAATTACAGAGTAACCACAAAGTGATAGTGTGGAACTGCGAACGATTACGCAAGCTTTACATGTGATAAGTGCCTTTAAATCACATCAGGAGCGTGTCACTGAGAAATGCATGTTGATGCAGGATGTTCTGTTCAGTCTGCACACACACACAGACACACACGTCAGATAAGATTGTACGCGTTCAAAGATCACAAGTTCTGCTTGCCTGTCGTTATTCTACACCAATCTCCCCAAGTTTTTCTAAACTTTGCTTAACCCAGACTGATACAGATCGCTGAACACTGAGTTCTCAGAAGTGTGTTTCATAGATTTCATGTTCAGAACATTCTTATATGTCTGATCACACACAGTCAGATTAAACTGTGTGTTTGGGCTCCTCTTTTCAG
Seq C2 exon
AACACAAAGTGATTATTGTGGGTTTGGACAACGCTGGAAAGACCACCATCCTCTACCAATT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000035719:ENSDART00000016616:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF128032=G-7-MTase=PU(8.0=75.0),PF0002516=Arf=PU(6.9=75.0)
A:
NA
C2:
PF128032=G-7-MTase=FE(13.3=100),PF0002516=Arf=FE(11.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]