DreINT0034749 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000004270 | atl3
Description
atlastin 3 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-041010-109]
Coordinates
chr14:30440473-30444490:+
Coord C1 exon
chr14:30440473-30440523
Coord A exon
chr14:30440524-30444433
Coord C2 exon
chr14:30444434-30444490
Length
3910 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTAGT
5' ss Score
8.02
3' ss Seq
TGTGACATTTGTGTGTGCAGCTG
3' ss Score
8.42
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTTATAACCTGTCACAGAATATTCAGGAAGATGATCTACAGCAACTTCAG
Seq A exon
GTTAGTCAGTTCAAATCTACTCAGGAATACACCTATCTTGAAGCCCATATATAATTATTTATTTATTTATTTTTCTACATTTAAAATACCAGAGCAGCATTATATTTTTAGCCAACATCCTGTGATCTTTAAATGAATATTTGCTGCAGGTTTCGCTTTTTGATAACAATAAAAAAATGTAAATGACAGCATTTAAGATGTCATCTGAAATAGCAATGTAGATGTTTTACATAAGCTCTAAGATTCAGCACTGCAGTAAAGTAGTTATGCCAGGTTTATTTTCGAATGACATTAAAAATCATACCTGTCAACATTGTGATGTGAAAATAAGGGTTCCCCCCCTCCCCCGTCAGAAAAAAAAAACTTAAGACATTCCCTAAATTACTAAAGATGTTGAAGCTGTTTCATTGTAAATAAACAGTTGAAACGGTCAGTAATGTGTTTTTTATTATTATTATTACTTACAAAGGATAGAATAAATAGTATACATTAGAAAAGCTGCAAATAAATTAGCAAACAGTTTAGCCTGTTAAAATTAATAACTATTATAAAGAAATTGAATCAAGTTATCAAATCTCATTAACCTTTTCTTCACTGTATAATTTAAACATTTTGATTAAAGAGTAGCGAATTAATCTCTCATTTAGATTTTCATTAGATTAAACTAAATAGCACCTACGTTACCAATTTTTCACATTTAATATAAGTATTTTGTGTCTCCAGAATGTGTTTGTAAAGTTTCAGCTTAAAACACAAATCAGATCTTTTATTATACCTTTTATAAGTTTCTCTTTTATACATTTTAACATTGGGTGGCGGTTTTGCTGTACTGTGCCTTTAAGGCTAGTCCTCCCCGCCCACCGTTTCTACGTGCCTTTATCTCCTAACACGGCTGCGTCAGACAACAAACAGACATAAAGGAAGCAGATCTCACGCAACGTTTTGGGAGATATACTACAGTAAGAACTTTACCAATGAGTATTTGATGCATTTGCTGTGTTAAGTTACAACGATGAGTCACACACAATGTCGTTACAAAGTTCACACACACACAGACACACACACACACACACACACACATACCCAGCACGAACCTGATACGCACATACATACAGACAGCGCGCGTTTAGCTTTGCACTCTTTTTGCATGCAAATGTGACAGGATTCAGGTTAATCTACACTGCTGGATGGATATCTGTTATGATAATGTGCAAAATAATCCTGATTTAACGTCTACAAACCGGGTTTGAAGCGCCTTCCTTTATAATTGTTCTGACACGCAGCTGTGCTGAAGTAAAGCTGAAGTAAATTGCTGTAATTCATTATACATGCACTGTTTTAAAACATTTTAAACTTGTGAAACTCCCTCTTCTTGATTACATTTGATGATGATTGATGATCCTAGCGAACTGAACAGACCTCTTATTCCCGGTTGCTTTGCGTTTATCTTCTCTTGTTAATATGATTTTACAAGTGACTACCGGAACATGTTAATACACGAAGCTGTCAATCAATTCGGTGGGCGGGGGGATCGCACTCCTACATCAAGTTGCGGTCGGTCTGAAAACCAATCCAATTGGTCCACTGTTTTTATGTTGTTAAATTGAAAAAAAAAAAAGGACTCTGGGCCCTATTATACACCCAGCGCAGTGTGGCGCAAGGCGCGGCGTAATAGTCTTTTGGTAGTTTCAGCTTGGCGCAAGAGTCGTTTTGAGGCGTTGTGCTATGCAGTTTAAATAGCAAATGCATTAGCGCTCATTTATTTTCTGGTCTAAAAAGGAGGCGTTCTGAGGCTGGTGCGTTGCTATTTTGAGAAACTAAAATAGATTTTTCATTAGACCAAAACTAACCCGGTCTAAAGTCGCTTACACACTGCTTAATACGCACGAGAGCAAATATCTTTACATATGGAAAAATTTAAATATTAAGGATATATATATATACAGGATATAATAAGAATAGATATAGAATATAAATATAAAGGATTAAAATATTACAAAACATATTATTTTCTAGCCTACATAAATATGAAAAATCACTGCTTTTATGTCTTCATCTCTGGAGGCTTTTTCAGTTCATTCATAACAATTTGCTTTTGTATAATGTTGTTATTATTATTATTAGCAGTATTATTTATTATATCCATATTTATATTTGTTTTATTAAAAACAAGCTTAGATTTGCCCACCTGTCAGGTTTTAGACCATATGGGGCACAGCATTTTTTTGGTTTTTGAGCTCATTTTGTTATTATTATTTTTTTATTTGTTTGCTGGAAATTAGAACTGAATTTAGAAATAGTTTTGAAACGAATATTTGCGCTTAACAAACAAAATTATTTATTTATAGACTAATTAATGTCTGTGCGTAAAGGTTTCCCTATCCAAGAGCGAATGTGAAAGTAGTTCCATTATCTCTCATTCTCACGCAGTAAATGCTCTGTTTAACAGTTTTCTGTTAAAAAAACTGTTAACTGTTTGCTAGTGAAATGCTAATTTTTTCCACTTAGACTTACTTTGCATCCTGTAAATAGCGAATGTGCTCTTGGTGCGACTCAGCTGGCTCTTAAAGGGAATGGGAGATGAGACTCTAATTGGTTTATTCTCAAAACACACCTATAACTCATTAAGAAAATAAACTTAACCCTTTTAGACCATGCGCCACGGCGCAAAGCAGGTTTTCCCGTCCTTAAATTAGCAAAAACGTGTTCTGACAAGCCCTGAAAGCGTTTGCCCCCTGTGTTTTGCGCTATGCGCATGGACTGTAAAAATAGAGCCCTCTGTGTTTATATCACCCCAGTATGACGATCTATACACTATACCTACACATATTTCTGTCTAAAACAGCTTGAAAAGTAGATTTTTCACCATAGGTGACCTTTAAATAACAGACGTGTCACTTTAAAAATGCACAGATCTAAAAGGAAAGCATTCGATTGCTTTACTAACTTTTTATGCTCATTTTATACAAAACTTGTTGTGCTTAAAAGAAAACCCACCAAGATCTATATATTTAAAGCGTGTTTTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTACTTCTACTACTATTTATCACTATAGAGCGTGTCTGACAGTCACGCTACATAAGCTGACTGTTTTCAGGATTGCATAGGAGGGGCAATGGCGCCTATAATGGAAAGAAAGGGAATCCCGCTGTTTTTATTTTAATTTCAAAGTGTTTTCATGCCTAAATAAAGTGAAAGCACAGAACATATTTACTTTTAGGAGCAAGGGGCGTCCCCTAGTGGTTTGGCGGTTTGGGTCGTGTATAGGGAGAATAGGCTGTTTAATGTTTATTGCCACCCTTCATAGAAAGACTAAAGATATGAAAAATATCTTTACAGGATGATAGCTAGAAAGAATTGTGAAATATGGGAGAATCCCAGGAAAAACATTATTATTAATAAAAGCATTATTGCAATATAGCTGTATTATTGCTTTAAAGCAAATCTCTGTATAGTAATTGACAAAAAACACTGTCATTGTTGTTTTTAATTCAAATTTCCAAGTTAAAGAGGGCAATGTTCCAGAGTCAGCTCTATCTATTATTACGCAATCACCACAAACTAAAGGTAGTTTAGAAGCATTTCCTTTTCCTGAAGGTTTGCTTCTGCAAGCAGTTTCAGACACTGAAAACAGACTTTGTATTGGCCTAATTTTGTGCTAAATTATCTTTTTGATTTCATTTGAAGGATATCAGCATTGACCTAACTTGATCTTGAGATTGTTCTTCAATTTTTTTTCTCACAGAAATTATTGGCTTAAAGGTCATATTTATTGTCTAGTATTTATTAATCAACTTTGACTTTGATGCTGCTAATTTTAAAGCATTTTCTTTGTTTATGTTTTGATGTTTTTTGTAATTTGTTTGTGTGACATTTGTGTGTGCAG
Seq C2 exon
CTGTTTACAGAGTATGGCCGACTTGCAATGGATGAATTCTTTCTAAAGCCTTTTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000004270:ENSDART00000023054:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0226314=GBP=FE(10.7=100)
A:
NA
C2:
PF0226314=GBP=FE(6.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]