DreINT0035439 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000020847 | atp6v0a1a
Description
ATPase, H+ transporting, lysosomal V0 subunit a1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-3027]
Coordinates
chr3:16798904-16806451:+
Coord C1 exon
chr3:16798904-16799116
Coord A exon
chr3:16799117-16806300
Coord C2 exon
chr3:16806301-16806451
Length
7184 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTGAGG
5' ss Score
9.2
3' ss Seq
AATCACTCCATTTCATGCAGGAG
3' ss Score
5.68
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGCTGAACCAGACAGAGGATCACAGGCAGCGTGTTTTGCAGGCAGCTGCCAAAACTGTCCGAGTGTGGTTCATCAAGGTCCGCAAGATGAAAGCCATTTATCACACACTCAACCTCTGCAACATTGATGTCACCCAGAAGTGTCTGATCGCTGAGATCTGGTGCCCTGTGTCCGATCTAGACTCCATTCAGTTTGCACTCCGTCGTGGCACG
Seq A exon
GTGAGGAGATACACATCTACTACACACACATACATTTAGTTTGATGTTTCTATAAAACTACTTATAATATGTAGCCAGTCTCATGTTCTACAGACTGCTCATCCTTATAGCAGTAGACTGATTCAAGAAATTCAAATCACCAGCGAAACTTTCTGTTAGTATAATTGCATATACTGTATAATGACCACATCATTGATAAATTAATTGAATTTCTATTGCAGTAGGAAGACATTAACTGTCATTAAAGTGTAGAATCTAATCTCACATCCATATCTTAAATATTTTGGTTATCCTGTAATCTTGTCATTTGAACTCTAGACTGTATGTGTATTTAAAGAAAATAAATTAAATAAGTATTAAGACTAATTAAAGTAATAATATAGATTTTTTTAATAAGTTGCCTTTAGTTTATGCTGCAGCTTTAAACCACTTTCCATTGCTAGATATTAGAGGAAAGGTCTTTTTCGCTAATTCTTTTTGACCTATTTGTCCTGTTGAAAGAGAAAGAACAGAGAGAGTACAAAGAGAGTACTTAAAGGAATAGTTCCCCCCTTAAGTTTTAACTTGTTTCAAACCGGTTTGAGTCTTTATGTTCTTTTAACCTCTTAAAGTGAAGTGTTGTTTTGGGGTTTCCGCATGGATTTTGCCTACCCAAATTCAAAGCATCCCAAATCCACATGCAGAGGTGGAACTGCAAAAGTTTGGTATCATTTTAAAGAAAAACCTTTCAATTTTGATGAAACACTACTGAAAGTGATTAAGGGTGTACTCACACTATGTATAGTTACCTTGAACCGGGCCGAAGCACGCTTGTTTCCCCTCCCATCTCCCCCAATGGCACGCACTCACATTGCATTCGCACCTGAGCAGTAAGAAGCGCTCTCGCTCAACACAGTGGAGATTTCTTTAGTTATATTGTTTAGTCGTTTAGGATGCATTGAAACGCAGTCAAAAATTTCGCCGAACAAATCAGCCACTTTTGACGCTCATAAACAGTCATCAAGTCCTCGTGCTGCAGGAATTAGGAGGTTTGCTGAAGGTGCAGCTGTTGTTAAGTGAGGGGTTTACGTCTTTAATAGTCTACGACGGTTTTCATTCATTGAACGGTAAGAATGCTTAATAAACACATAAAAAACAGTCCCTTATAATTTACGTCTCATCTTTAGTTTCGGACTCAGGCGCATTTTGCACTCACACTACAAGGGTAACGTGCCAAAGCCCAAGTGAACCATGCCCTGGCACACCTCTTCCAACTATTCATGAGCCGGCCAAGTGAACCATGCCTGAGCCCGATTCAGAGCACTCACACTTCTCAAACGATCTGAGAAATGGGCCTGGGCACGGTTCGGATAGCATAGTGTGAGTACGCCCTAAAATAATTGTATATGTTGTCGGTTATAATAAATTCCTCCAAAAAGAGGCACTTTTTTTGTAAACTTACATTTGAAAGTGTGCCTTTTAGGTTCTGTTTGGTCTAGGTTGCTGTAAATAATTTAGGTGGTTCCTGCACATGTCAGTAATCATAAGAAAAAATAAAAATGTCTCTACCATAATCTATGAGCGAACGAAACCACTTATAAGGGTATTGGGCCAGTTCGGGCCTTTAAAATGTAAAGAATTCAGAAGTAAATGACGTCACGGAATTGTGTAGGAGGTTAAACACAAAAGAAGATGGTCTAAAGAATAGTGTTGTCATAATACTGGAATTCAGCACCAGTTGATACTGAAATTTTAAAAACGTTAATTTCCCGCTAACATTTGAGCACTGTTGAGCACATTCTTAAACACAGCTGCTTTGCCATTGTTCACGTGCTCTGCGTAAACAGCAGTGAGTTCGGTGAACTAATGACCCTCATGGCCAATCACAGTCATTTCTGTTAAGCGCTCAAATGTTAGCGGGAAATGGACTTTTTAAAAACCTCAGTATCGATTGGTAGCGAATTCCAGTCTCATGACAACCCTACTGAAGAATGTTGGACACCTGTAACCATTGACAGCCATAGTAGAAAAAAAACAAATACTATGGTAATCAATGGTTATGAGCTTTCAGCTTTCTTCAGAATTCCCTTTTCTTTGTTCAACAAATGATCACTTTAGGGTGAGTAAATAGTAAGAAATGTTCATTTTTGAGTAAACTATTGCTTTAAATCCCCTATGCATACTCTGAACTAAGGTGTCTTGTTCTTGGGCTGCATTTATTCCAGTTCACATTTGATATGTTACACCACATATATTAGCACCACACACGTGTTGTCTCTAAGGAGCAGCCTATTTGTTCTTGTCATCACATACGATGACTCACACTTTGTAAACATGACTTTAGCTTTATTATCCCAGCACACACAGACACACATGCACACAGGGGAGCGAGTGTTAGGACGGAATGCCCAGATGCTTTTACATTGAGTCATGAGAGCCCTCAGATCAAAGTTTGAAATTTTCCTGTGGTCAAGAGCAGCTGAAACCCGATCCTGATCCACAGCACCACAAATGTGCTCTGTCCATTACTTCTGCGCTGATGGAGAACAATGGATGGAACAGTTGATCTAATATGTCCACTTGTTTAGTTTTTAATGTGCTGCACAGGCAAAAAGCTATTTCAGCTATTATGCACTGGATGCACCAAAATTAAAAATTTGGTCCAAAACCGGAAATTCTGGATGCATTTGGCCGAAAAACTAAAATTGTTTTATAGTAATTATTATTTTATTAAATTACATAATTTTTTGTAATGCATTTGAAAGTTATCTCAATAACTTTAACATCATACTGATTAAAAATTAAAATAAGCTCATTTCATTGACAGGTAATGAGTCAAGAAGCATGAGTTTACTAGCGTTGCCATGACAACACAGTAGCACTATTGCAAGCAGCAGGAACAAGATAGCATAGAAATGTCCCTTCAGCATGATATTTGAGTAGACTTTGCATTTCTTTTTGTAGAGTTTATGCATAGATTAGTATACATATTCATGAAAGGAATATCCACAGAACAGAATATTTAGCTATTTTGAGCTTGACTTCCACTGTTCTTTAGCTTTTGTTCGATTATGCAACAAACCAAACTTTGCATAGCACTTTAAAGTGATTGAGTTTAATAATGCAGCACTTTCTATGTCTGTTGTGCAGTGTTTGCAGCTGGAGGGAGCCTGAAACTTGCACACTGAACACTACAGATCTTGCATCGCAGCATAACCTTTCTTGGGCTCGTAATTTTCAGCTGAAAACCAAAAATGCCCTTTTTGATCATAAATTTTTGGCAGCCAATTCCTATTTGGACGAGATTAGTATTACTTAAGGACCTTTCGTTATTTGTGATAATTGCAGATGTTGTCTGTGAGCTTAATCCAGTTTGAATCTGCCTTTTCTGTAATTTGTACAGTAAAAAGTTCCCCATAAATGACCTACCATATTTTGCAGACCACCAAGTTTTTTTCACACTTTTTATTTTTAATTCACAATATTAGCAAACCATTAACAAAGACTTTTTGCTCGATAAACTACTAAATAGCTACTTATTAAAAGTTAGTAAGGTAGTAGTTGGGTTTAGGTATTGAGTAGGATTAGGGATGTACAATAAGATCATACTTTATATGTTCTAATATACAGTTAATGTCTTAACAGGCAGGTAATAAGCCAGTAGAAAATGGTGTCAGTTGTGACTTGGGGTGCTTTCACACCTACTATTTTGTTTCGGAAGCTGGTGTGTTTCCCCAGTTAGCGTGGTTTGTTTGGCATATGTGAATCCAGAAATAGCGCTCGAATTCGCGCCAAAACAATCAGTCCGAGATCACCTGAATGAGGTGGTCTCGGCTTGATTGAACAAACTCTGGAGCGGATCGATTGTAGTGAGAAAGCAATACGATCCAACGAACCAGCCTATGTCACATTGTATTATTGATATGCAATAGGCATGTATATACGGCTATATAAAGAGAGAATTATGAGTAGGGTGGGATGTCATCATTCCTACCAGTAAATGTGCGTTTTATGTCAAATACGAAAGTGAAAGCATGCTGAACTATTAACAAATGCTGTTTATCCTTTAGGAAGACTGATTAAACTGCAGTCTTGGTTTATCGGTCACAATTTACAATAAGGTTCATTAGTTAATGTTAATTAATGCATTTACTAACATGAACAAATAATGAACAATACATCTACTACTGTATTTGTTCATGTTAGTTGATGAAAATACAGTAGTTCATTGTTAGTTCATGTTAACTCATGGTGCATTAACTAACGTTAACAAGCATGGACTTGGATATTTAACTATGCAGTAGTAAATGTTCAATTATGATTAATAAATGCTGTACATGTGTTGTTCATGATTAGTTCATGTTAGTAAATGCATTTACTAATGAACCTTATTGTAAAGTGTTACCGGTTTATCGGTTATTTCTCTCTATAATGTAAATCCTTTAGTGCATAATTATAGTCAAGGCTATGTATGAGAAAGTCTTACCTCTGATTTATTTTTGACGATGTCCCTGGGTGTCACCATTCAAAATGAAAGCTCAGCTTTTTGCTCATAATCTCTTATTCTTATATGGCTGATTGCCAAAACTTAAAAATAAGGATGCATGACAGCTGAGCGGGACCATAATAAATCATGGAACTCTGACCAATGTGATGAGAGTTGTTTGACTTGTTTTTAGCTACTTTGGTCCATTTAAAAACTTTGCCGTGTGAAAGCGAACAGCACCAAGAACAAAGTGCAACATTGTAACAATTTTAATCTCTGTTTTAGAACAAAACAATCGATCTACAGGTGTGAACGTACTCTTAAACTAAAGTGTTATTAACTTTTTGAATTCATCTAAGTTGAAAAAAAAAAAAAAACTGCCTAGACCATCTAAATCCAGGCAGATAAGTGAGAAAATTTGAGTAAAATCACAGGCTTCACAAATTTCATATGTCAGAGGGGGCATTTTCTAAATCACACATGGTCCACAGATAATGCTTATGCTGTGTTATTAGAGTTTAAGCCTTTATGACCC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Seq C2 exon
GAGAGAAGTGGATCCACCGTTCCCTCCATCCTGAACAGAATGCAGACCAAACAGACGCCCCCCACCTACAACAAAACCAACAAGTTCACCTCTGGCTTTCAGAGTATCGTTGATGCATACGGCATCAGCAACTACCGGGAGATGAACCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000020847:ENSDART00000017646:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.176
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0149614=V_ATPase_I=FE(8.8=100)
A:
NA
C2:
PF0149614=V_ATPase_I=FE(6.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]