DreINT0035663 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000063001 | atp8a1
Description
ATPase, aminophospholipid transporter (APLT), class I, type 8A, member 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060929-36]
Coordinates
chr14:45988653-45995541:+
Coord C1 exon
chr14:45988653-45988751
Coord A exon
chr14:45988752-45995495
Coord C2 exon
chr14:45995496-45995541
Length
6744 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTGAGA
5' ss Score
7.54
3' ss Seq
TTTTTTTTTTCTTTTTCCAGAAA
3' ss Score
11.52
Exon sequences
Seq C1 exon
CAAATCCCTGATGTGTCGCCAACGGGACGATGGACAACGCTGGTGCCATTACTTTTCATCCTGGTGGTTGCGGCAGTGAAGGAGATTATTGAAGATCTG
Seq A exon
GTGAGAGAAATCTAAGATTTGTGATGTTACTGTACACTAACTTGCTGGGAATAAAGAAATGCACGTGAGCTCTGTTGATAAGATGGTTAGATGTTCATTTCATTGAAGTACATGATGGATGATCTCAAATCAGGGTGGGGAACTTGATCATCAGATTGAACAAATTTTGGCATTTGGGCTGCTTGTGAGCTGCTGACAATTAAGCACAAGAGGGGTTGAAATATAATGTATTAAAATATATTTATTTAAACTTTTAATATTTTACTTAAGTTGATAATAATATAATATAAAAATATAATATAAATATAGTAAGCTCCTGATTGGTTAACGCAGCACAAAAGTCTGCTGAGGTTCAGATTTTTCAATTCGAGCAATATTTCGCAATATGATCAACTCGTGCTGCTTCATTTGCACGAATCGCACCATTTATACCCTCTCATTTGCACGTATCGCACCGCAGTCTTTGCATTGACTTAACATGTAAATCCCTCGCGCTTGACGCTTTATCCCGCTCTTGTGTGAACGCAGCATAAGCAGCAGCTAAATATATCTGGAAAAGGATTTAAAGCGTTTATTTTGTATTTATTTATTTTTTATAATAATTTTTTTTGGGTCTTCACCTTTATTTTTGATAGGACAGTAGAGAGAATTGACAGGAAAGCATGGGGAACAGAGAGAGGGGAAGGATTGGCATAGGACCACGAGGCGAAATCGAACCCGGGTTGGAGTGCATGTGTCGACGCACTAACTACTACACCACTAGCGCCGACTAAAGCGTTTATTTTAATAAAAAGCGCTGATGCGAATGCATTTGATTGGTCAGAGTAGACGTCCATGTCATTGCGTTCTAAATGTGACAATTTTCCTTCTGTGTTCTCACAGAGCAGCATTTCGGCAAATTACTGGTAATGTTACAACTTCTCTTTCCAGAAAAAATTTACTGGTATTTTCAAAAAGGGACTGTTCACGGAAATTTCCTGTAATTTTCCAGAAAAGTCTGTGTGTATGAAAGGGGCTAATGAAAACTAATTAATTATTAATTAATATTTGCAGTTAATATTCAATGAGTAATTAATGAAGAATTCTACTCTGTGTGCTGGATGTGCAGTCGTGCCTGCTGAGGGTTTCTTTGTCCTTTGTCCTTCACCGATGTTATATCATCTGAGTCAGTTTTTAGGCTGCGTTCGGCTTTACCTCCTTTTCTCTTCCTGATAATTCAATCTCACTCTACAGGATGCATCTCACTCCCATTAGCCAAACGCTTTCTAGTCAATAACCTTTTCTGCCTGCTTTTTTTCTTCTTTTCTGACCTGAACAACTTCTCGTTTGGCATGCAGATGAATTCCAAGATCTATTTTCCAGTGAAATTTGCATAGAGCAGTAAACACTTAGTGGATCCGCTGTAGTGCTGCGAGCCTGAAATCAGAGCCTGCTTTCTGGACGGCCATTCGATCACATCACGCTGGAGCCTGTGGTCAGAATCACCACTTCAGCACTTTGTACCTGTCTCTGATGTGTTGTTCAGGTCTGAGGTGTTGAAACTAGCCGTGGAGTGAAGGTCCTTTGGTACATTTTAGAAGTTGGATCATAGTTGGACTTTTTCATGAACTGTTGATAGTGAAAACAAACTCCAAATTTTAGACATCCGTGCAATTCCACGCGAAGGTCAACCTTGCCATGAAATAGCCAAAATAGAGAATCCCTTTCTAGGCTTGTTTTTTTTTAAGGTACTGTAAAATGCTCAAACATTTCTCTGTCAATGTTTCCAAACATTTATACTTGATTTACCAAAGTCAAACTTTCACAATTTTACATCTGTCACATCCCTAACGGAGAGATGTCACATTCAGAACATAAATATAATCAAATGAATGATTTTTGTTCTATAAAGAGCCAACTCTTATCCTTTTGATTAGCATTGTTTAGCATTGGGTTGTGCAGTTTAATTCACAGAATTTCCACAAAGTATGTTGCATACTGTTAAACTCGCTAACTGTTTAGGTCACATCCATAGCACATGTTTATTTTCTTCATTTATAATCTAAAGAAATGTTTGCAAATTGATATTTTCTGATTCCAAAATTCTGATTATAAATATAAATAATTATTAGTCCGGGGTCGCCACAGCGGAATGAACCATCAACTTATCCAGCACGCGTTTTACGTAGCGGATGCCCTTTCAGCTGCAACCCATCTCTGGGAAACATCCATACACACTCATTAACACTCAACACAATGGACAATTTAGCCAACCCAGTTCACCTGTACCGCATGTCTTTGGACTGTGGGGGAAACCGGAGCACCTGGAGAAAACCCGCGCAAACAGAAACGCCAACTGACCCAGCCGAGGCTCGAACCAGCGACCTTCTTTCTGTGAGGCGACAGCACTACCTACTGCGCCACTGCGTCACCCACAGATGTTTTGATAAAATCCTAAATAATTCTCTCCATGTGAATTTATGTTTTAAGATTTTACTGCAAAAGTCAAATCCATAACAGTGGAAATGCTTATCTCATAAAATTTGACGTTCTTATTAACAGTTAAGAGTTGCTTTTGATCCCTCGAAATTGAAAACTATGGTTATATTACGGTGACTTAAATTTCTTTAATATGCTTTAGGGCAGGGCTATTCAATTAGTTTGTCATGGGGGACAGTTCATGAAAGGCATCCCAAATGAGGGGCCGGAGAGACATGACTTGCAATATGAGTGATTACACAACTGCATATAAGAACCCATATGGTATATTTTTGCTCCCTAAAATGCCCACATTGGCTTTTTCTACATTAAAATGTTAATATATTGTATTTTGAAACTACATAATATCAGTGCATTATTCAATAGGCTTTTTTTTTACAGACATTCATATGTTTTTCAAAGCACAACAAAAGCAGTGCATTGCCTAAGTAGGCTTTTTCTTCATTCAGACACATTCATATGTTATGATTTGAACAGCATAACAATTATGAATGCAACAATTATAGATTGTAGTTGTACGATTATATAGTCTATAAGAATAATCATGGTTTCACGATTATCACGTCTAATGTAAATTTAAGCTTTATATTAGGAATTTTAATGAACTCTTGTTATCATCTGCGTTCATACATTCATAATAATTGTAATAATTTGTAATAATTCTACTAACGTATCTTTTGTTTACATTGCACTGAAAGCCTTGCATAACTCTCACCGCTACGGCATCAGATGTTTTCTACTCAGTGAACGTGTAAGGCGCGAGCGCGTTGTTTCGCTTGCACACGCATGTTGTGTATATATTATTACATTGGAAATAGCGAAATTGCATGTGGAAAAGATGCGATATGTAAATGGCCTGCTGCTATTGTTTATCCAGTGTGCATGTTTATTAGCCTTGGTGTATAAGCTCGTAACATTAAAGCGCACAGGTAGCATGACTTTGTTTTGTTGCAGCAGTTTTATTCTGTGCAACTGAAATGCGACGTTGAGAAGCCGTTACGATTAAGTATCCAAATATTTTCGGCTGCTTGCACCACTCACTCGCTTAATGGCAAGTAAATCACGCTCTGTGCATCCTTCAACTGCTGCTCGTGCTGTATTGAACAGGCATATGTCACTTGATAGCTGCCGTTTTTCGACTGAACTAAATTTATTTTTGATGTCTTGTAGTGATAGGTCGTTCATGAACGATTCGTTCTTTTTTAACGAATCTTCAATATGACTCGGGAACTATGAGTCCTCTCAGGAAGTGATTCGTTCATCCACATTTGTGCAGGTAGTATCGTTTATTTCAAGTCTTCATCACATTGGCTGAAGCCAATCATATGCGTTTAGAGCCGGAAAAACAATTGATCCGCTCACCTCTCGAGTCCTCTATCGGGTCTGAGACATTCGTTCATCACGAGCCAATCATATGCGTTTAGAGCCGGAAAAAGTTTTGATGCGTTCATCTCTCGAGTCCTCTATTGGGTCTGAGTCACTCGTTCCTATTCTACTTATGACTTATTTGTAGTGCAATCAACCTTTTGGGCTAGTTGTAGATGTGTTTGGAAAAAATTCATAACATTTTAATAATATTTTGGCAAATTGGACCAAATGAACGAAATTACTCGAAAAAAGATTCGTTCATCTTGATGAACGAAACTCAAAGATCCGAGTCAGTAAAATGATCCGAACTTCCCATCACTAATGTCTTGGTGACACAAATTGGCGGGCCGTCAATTGAATAGCCCTGATTTAGGGTTTTGGCTAATCAGAGCACACCTATTTTAGTACATGCATTAAAAAATGCCATCAAATAGTTTTGTTAAAACAAATGGTTTATCAGAGAAATTTGACATTTACTCTCATTCCAAATCTGAATGATTGGCTTTAGTGCAGGGGTGTCCAAACGGCCGGTGTCCTGAAGGTTTTTGCTCCAACTTGCCTCAACACACCTGCAAGGATGTTTCTAGAAAGCCTATTAAGACCTTGATTAGCTAGATCAGATGTGTCTGATTGGGGTTGGAACTACACTTTGCAGGAAACCGGCCCTCCAGGAACGAGTTTGGACATGCCCGCTTTAGTGGAAAAGTGTTCGCTCTTTTATAATAACTATAACAATTTACCTAATTTAATGTCCATTTTATTCCACATTAATTCATTCTGATCCACTTTGAATTTATTGTTTGTTTGTTTGTTTTTAACATACGCTAACATATAGATTTTGGATGCACTGTTATATAGTCTGAAAAATAATCATGGTTTCACGGTTATCATGTCTAGTGTAAATTTAGGCTTTATATTTGGTAAGTATTTAGATGAACTTTTGTTTTCATCTGCCTTTATACATTCATAATAATTTATTATCATCAGTACAACCCTCCCTACTATCCAAGAACAGTACTTATCCAGAGCAAGCAGAAGGGCTGCCAAAATCACGCTGGACCTCTCACACCCAGCACACTGCCTCTTTGAACTGTTGCCTTCTGGTCGACGCTACAGAGCACTGCGCACCAGAACAGCCCGACACAGAAACAGTT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Seq C2 exon
AAACGTCACAATGCTGATAATGTTGTCAACAAGAAAGAGACACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000063001:ENSDART00000091620:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0012215=E1-E2_ATPase=PU(23.0=51.5),PF121483=DUF3590=PU(14.3=24.2)
A:
NA
C2:
PF0012215=E1-E2_ATPase=FE(20.3=100),PF121483=DUF3590=FE(26.8=100),PF132751=S4_2=PU(17.1=37.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]