DreINT0037035 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000016981 | bcar3
Description
breast cancer anti-estrogen resistance 3 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-080513-4]
Coordinates
chr8:15062661-15071168:-
Coord C1 exon
chr8:15071040-15071168
Coord A exon
chr8:15063101-15071039
Coord C2 exon
chr8:15062661-15063100
Length
7939 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACAG
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
AGCAAATATCTGTGTTATAGGTG
3' ss Score
6.81
Exon sequences
Seq C1 exon
TTCTCAAGAGACAAGTACATCTTGGATGGACCGCCGGAGAAACTTCGGAGGGAGTTGGAGGAAGAACTGAAACTAAGCAGTGAGGAACCGAGGAGCCATGCCTGGTATCACGGAGCCATTCCTAGACAG
Seq A exon
GTACAGCTTTCAAAACAAAAGGGAGAGGGATGGGTGATTATTACAGGATCATGCTTATATAGAGGCTTTCTGTGCCAGGTGGCTGTTTCTAAGATTGGATATATATGCAAAAGCCTGTCATCTGAAATCTCTTTGATTTTTATTTTTATTGAATTTTTTTTTGTTAAGATCTTATGTTTATGTTTAGTTATATGACTTTAAATGCAACTAAAATAACCTATTTATCGCAATAAAAGTGAAATGACTGAACTTACACACTAGCCTTGGAAAAATGGTCATTTTGGAAAACAATTTCAGATGAACTCTTCATATATATTTATATTTATTTATTTATGATTCTGTAATGTTGTTGAGATGTTGATTCTGGCAGGCAGAAGTGATCTGTTTTTTTGCTGTTTAAGCGCTGCTGTTTACTGTCCTTGAGTGACACTGAAGTCATGCCTAAATCTGGCACTCAGACATTCACTTCTTATAAAAAGATAATGAAATGAAGACACGTGGCCATGTTTGCTCCAGAGTAAGACTTGATTAAGGGATGAAACACACAGTGGATATGACTTGCATTAGCTGTTGTGAATGCTAACTTGTAGAGCAAAAATTACTGTGGAATTGCAGCGATTGAGCAGATCCAGTATCACCTTTGCTAAAAATGTGATGCTGAAAGATTACTATATGCATTTACCATATTTTTATGATACTTTTAACAACATATTACATTTTTCTATTTTACAAACATTGAATCTACAGCTAGATGTTGTAAAAAATACATTGACAAATTTTGATGATTCAGTGATAAAAGTATTAATCCAGGAATCGAACTCGGGTCGTCGTGAGCACCTGGGTGCTATATGTCGACGCACTAACTACTAGGCTATTGGCGCTGACATTACATTAAACTGAAGAAGAATTAAGAAATTAATATTTGCTGGAATAACCCTGATTTTAATCACAACAAATTGCCCTTTTCTGAGAAAATGCGCTACAGTAAAAAAGCTAAAGTTACTTTACTTTAAAAAAATGACGTAAACCCTTCGCCTTAAAGATGACAAGTTAACTTTAATTTAAAAAAAAACCTGCTATAATTTGGAACTGCGAGGTTGACTAAACTTTATTTTTATAATTACACACAGCTCATTTACTTAATAATTCTACGGAGATGGGTTTACCAACTTTTTGAAGTCAACTAATTGCTGTTTACAGTGTAAATTACAACATTTATAAGAAATATTTTTCAGACCATTATAGAATAAAAATATTAACATTTTGCTCAAACCTAAACCTACAAAATCCATCAAATAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATACTTAAATACTAAAATAAATAAAGTACTAAAATAAATAAACTAAAATTCTGGATTGATTCAATTGCCTAAATATTCACACTCTTACAGCTTGACAGTCATTAGTATTCGTTGTTTTATCAATACTTGCTTTGAGCTGAACTGGTTTACAGGCACCAAACCTGCCTAAAACAGGAAAATCCACAATCACACCCAGATTACTCAATACAACAAAACAAAGCATTTCACTGAAACAAAAACACTAAATCTGGAATCTGGACTGTATGCTATGGTCTAGTCCCCACCTTAAGATCTTAAATCAGGGTATCCAGGAGACTTAAAATGTCTGAAAACTCAAAAGCTAAAATTGACTAGGGATACTAACCTGACCTATATTTTTATTATTATTAAATTATAATTATTGTAGACTAAAGTAATAGGATTTATGGATAAATATACTTAAAAATTAATTAAAAAAAATTCAAACAAAATTATTATTATTATGATGTTAAATTGTAATAATTTTTAATAGGGCAAGTGAAAATCTTTTCTAACTGGGATATTCAGAAATTTTTTTTTAGCCCTGTGTACGTCTAAAATTTTACTCATAATAGTCTTAAAGATGTCTAAAAAAGTCTTAAACTTGACTTAGTGAAACTTACAGAATCCCTGTAAATAATCTTGTCCAACAACAAAATAAAAAAAAATCTACTGTAGTCCATTTCACAGCTCTCAACCACTATAGTTTGTACTTTGGTTCATTAACACAATCTTTTATTCTTCTTTGGCTTAGTGTCTGACTTTTTTATCAGGGTTTGCCACAGCGGAGTAAACTGCCAACTATTCTGCCATTTGTTTTTAACGCAGCGGATGCCCTTCCAGCTGCAACCCATCACTGAGAAACATCCATACACAGCCATTCACACACAAGAACTAAGTCCAATTTAGTTCACTTCACCTGTAGCACATGTCTTTGGACTGTGGGGGAAACAGGAGCACCCGAAGAAAATCCATACGAACACGGGGAGAACATGCAAACTCCACACAGAAATGCCAACTGACCTAACTGAGACTAGAACCAGCGACCTTCTTGCTGTGAGGTGACAGTGCTAACCACTGAACCACCGTGCCACCACATTAACACAACACTTCACTGAAAAAAAACAGCCGTCAACAGTTTCTCATCAAGAGTGACGCCACAGTGCTGACAGCTTCAGATCCGCTCTTATGAAAACCATGTACACTGGCTCATCTTTCCCATGCTCCTTTGCAGCACATGTCCCTGAATCTGACAACTCATCCATCAACAACTGTAGCAGAGCAAGAGTGGTTAATACACAGATGAATCATGACTGCTATTTGACCCAAGGTGTATTTATCTAATGTCATCATATGATCAGAACTGTCAGTGTCCAGAGTCAGGCTACAGTTTACACCACAAACACAACGGTCCAAATAAAACAAACTCATTCATCATGGCTCAACACACCTTGGAAATGACCTCACAATATATTTCAAGCATGCGGTTCTGCCCTTAAAACAAGACGTGCAGGAGAATAGGATAAAACATTGTTATTATAAATCCCCAGTTCATTGATTACATTAGGAACTAGAAACATTTGTTGTTTAACAAAGATTGTATGTTTGAATATTCAGATGAGGCATTATTTTTTTTAATTATGCAGTAATTTGCAAACATTTCTAGCACAAAAATCTAAACTCAGGTCCAAATTTCTTGATTGATTTATCTTGCATGTTAGAGTCATATTATATGCTTATTACAGTTTTTTTTTTTTTTGTATGTCTCTATACCAGAGGTGCCCAAACTTGGTCCTGGAGGGTCGGTGTCCTGCATAGTTTAGCTTCAGCACACCTGCCTGGAAGTTTCTAGTATACCTAAAGAGCTTGATTAGCTGGTTCCGGTGTGTCTAATTGGGGTTGGAACTAAAATATGCAGGACACCGGCCCTCCAGGACCAAGTTTGGGTACATCTGCTCTATACCGGAAAAAAAAACAACTCTTTAGATTCCATTTAAAAATCCTCCTAACAATTTGCATGAACAATTTTCAATTAAATTTGACTCCTATCAGGTACAAATAACTTGTCAATATCATGTAAAATTGACTTAGTTTACCCTGACACTACTGAATTAATAAAGTAAAAGTTAATTGATTATCTTTCATTCTGAGACTCGATTTATTGAAATGAGCCAAGTGATGTTCTTTATAAGCAGTAAAGGAATATTGCTTTTATCAATTAAAATAAAAAATCTTATTAGTTACAAATGAGTACATTTGGTGTAACTTGGTTTAAGACGCACATTTCCACTCGTTTGAAAAGTGTTATTTCACTTTATTTTAACTTTTTAGCCAGCACTCACTTTTGGGGATTTACACCTACCTTTTTCTTGCACATTCAAACTACTTATTTAAAATGAGCTGAAACAACGCAATACTTTATTGGGACATGCTATTTTTTTATGCTCAATCCATATAAATTTCTTAAAAGTGTTAAGTTAACTTAATCAATTTGTGTTGGGACAACATGAATGAATTGTGTGGAACCCTGCATGTTTTTACAGTGCAGTTGACTCCAGTAAGCTATATAAACACAAATTAGGTATGGCTGGAAAGAAGACACTTTGGGCTTTACTGTGGTAAAAGGGGAAGTTTCATGCTCAAAAATATAAAAAGTTATATATTATGAAGTCATGAGAAAAAACTTGTACTGTGTTCAATATTTGTTTTTCCATATACAAACACAGGAAAACATTAATGTAATGTCCTAGAAAAAATATGCGTTCAAAGCCAAAAGTCAAACTGAACCCAAGAGTAAATTTACTTCAAATATACTTACTGATCTCAAAGCTTGTGTCAGTATAACCATGGTTCTCTGAGTGAAGCATCAAACATTAATGCTGACTATAAAAATGCCAAGACCTGCAACTGGAGTGCTACTCTGCAAGCCGGTAACCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTTTTTAAAAACTTTTCTTAATCTTCAAACGAATGAAGATTAAACTCTAACAACTGTCAAATTTAAACACCCAAGATAGCTTAAAAAAAAATCTCTTAATTTAATCCCGTGCAAAACATGCTGTGAACTACACCTCCATTATGACATATCGATTATTAAAAAGTACTTTATATTAGTGGGTTTGCAACGATTAGAAAATATTTTAAACTTACAATTATATAAATATTGTTTAACTCTTTCCACTCATTTATTGATCATTTATCATATTATACAAATATTAAATATTTACTTAAAATATTCTAGTTATATATATTTAAATTTAAAATTTATGAGAGTAAATTTATTAGATTTGACTACACCAAAAAAAAGTCATTTCTTTCAGTACTCTTTATCACTCCATAATTCCAAAAATACTGAAAACAGCCAGAAACAAATGCATTTTTTTTTTTTAAATGTAGGGTTCAAATCTTGTATATAATCAGGATGTAAATTAAGTATAAACAAATAACTCTATTAAAAAAACCTTCAGAATGTTAATATTAATAATTCTATGAAGTTTGATGCATGACAAGAGCTGCTGAAGTTGAGATTT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Seq C2 exon
GTGGCTGAAAACCTGGTCCAGCGAGATGGAGATTTTCTGATCCGGGACTCTCTGTCCAGCCCTGGCAACTACGTTCTGACCTGTCAGTGGAAGAACAGCCCTCAACACTTCAAAATCAACAAGCGGGTCGTAGCCATGAACGAGGCCTACTCACGGGTTCAGTACCTGTTTGAGAAGGAGGGATTCGATAGCATCCCCGCACTGGTGCGATATTACGTGGGCAACCGTGAGCCGGTCTCTGAGGTCATCGGAGCGATTATCTTCCAGCCGATCAACAGAGCTCTGCCTCTGAGGTGCCTGGAGGAGAAATATGGAGTGGGATCTATACGTGTAGAGGCAGGATATCTGGAGAGAAAGAGCCTGACGTCCAAACGGCTGAGTCTGAATATCATGAATGGACACGGTCAGGATCACACCCTCAGCCGTGGAAACCTCCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000016981:ENSDART00000138855:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.153 A=NA C2=0.115
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0001719=SH2=PU(9.9=18.6)
A:
NA
C2:
PF0001719=SH2=PD(87.7=48.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]