DreINT0037258 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000079286 | bcr
Description
breakpoint cluster region [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040724-43]
Coordinates
chr21:17135556-17141226:+
Coord C1 exon
chr21:17135556-17135740
Coord A exon
chr21:17135741-17141121
Coord C2 exon
chr21:17141122-17141226
Length
5381 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCTGTAAGT
5' ss Score
7.96
3' ss Seq
CTCTTTCACTGTTCACACAGGCG
3' ss Score
7.75
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGGTCCGTTTACAGGCACTCCTCCCACCTACGGTTATGACGCAGATCGAGCTGAGGAGCAGCGCAGGCACCATGACATCTTGCCCTACATCGATGACTCCCCCTCCTCTTCCCCTCACCTCAGCTCTAAGAGCCGCAGCAGTCGAGACACCCTCTCTTCTGGCTCAATCGAATCCTCCAAGTCT
Seq A exon
GTAAGTGTTCCCTGTATTCTCCAGACATTGACAACTCTTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTATTTTATTTTATTTTATTTATTTTATTTTATTTTATTCATTAATTTTTTTTTTAGGCTTAGTCCCTTTATTAATCTGGGGTCGCCACAGCGGAATGAACTGTCAATTTATCTAGCATATGTTTTACGCAGCAGATGCCCTTCCATTATTTTATTTTATTTTATTTTAATTTGTTTTTTGTTTTGATTTGTTTTGTTTTGTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGCTTTGCTTTGTCTTGTTTTATGTCTTGTTTTATATTTTATTTTATAATAAATCTATTTAATTTTTATTTTATTTTTATTTTATAAATTAATTATTTTATTTTACAATTAATTTAATTATTTTAATAGTATTTTATTTTTTTAAATTTATTTATTTTTTTAATATGTGAAAAAAATAAAGACCGTAGTTATATATATATAATATATTTTAATGTAAGAAGAAATTGACAAAATTATCTATTTAGTGTAGTCAAATTTGAAATTGTTTGCCATATGCAAACAATAAAATAATGACACTGGTGTAATAATAATACAGTAGCTAATTATTTTGTTGAAAGCGGAGAGATGAATATCTTCATGTTGGAATATTTAGGTAAAGAGTATGCATTAGAAATGAATTCATGCTTGAATGAATACAGGATCCACCCCATATATGCCATCTGTGAAGCAGTCCTTTATAAATTATTGTACCAGTAACCCACATTGCCTCAATGGTAATGGTACACAACAAAATCATTGAGCTGTAAAATTTGGCAGTTCTCAAAGCTTGCAGATTTTAAAGTGCTGAGTCTGCATTGTACAATTCTAATTGAACGTTTATTGCTTATTATTGCAGTTTGAATTATATTGCTCTGCACTGTGCAGGAAAAAAATTACTCCTTGAATGCAGTCATGCATGATCGGAAGTAGTTTTTAGATACTATTGTTCTCAGCCATGATTTTAAATGATCATATATTTCATATCAGATCCTCAGGTCTTCATCTTGCATAGTGGCTATGCCATTAAATTAAATGACTGACTGTAAAAAGGAGCTTTCTTGGTTCACTGACACAGCTATTGGCTGTCAGACTGATTGATATTTCTCCCTGCCAATATAATGCTCAGAGGCAAGCAGGTTATTCAGGCCCTAGTTTAACTCCCACATGGGTTTGAGTCAATATGTAGTGGATGCTCACCTGCACACAGTTGTACACCCCTTCCCCAGCTACATGTGTTTACCCAACATACACACAGCCAGGGATTTGAAATACCCTCAGATTCAAAGAGGGATTTGCTATGTAAACAAATTAAATTGAGCTGCAAATAAACCTGCAGTTGACACCACAAAGAGATGGTCACCGTTTTACAGCTACATTTTCCTCTTGTTTAGCCTCAAACAAGAAATCAAATAAGATTTTAATGAGTGTGATTTTTGTGTCTGCTCATTTAAGAAAAGTTGCATCAGTTGCTGTAGTTTGATCCTCAGACGTCATACCCACATAGCGCTGGATGAATGGCTAATGCATATAGCACACAAAAAAATTGGAAACACTTGGATTGAAATTTTGGTACGGAATTTCTGAGATGTGTCATGACTGCAAACCCCCTTAGAGTGCATGGAAGAAGAAATCCATTGTGTTTGCAACTATGATGATTAGCATGTATCTTGAACAACTAAATGCTGGGTTTTCAAAGAATTTTAGACATCTGTTTGTTGTGGAGATATTGGAGTTGCATTTGATTGATTTGATCGGATGCTTCACATGGCCACTTTATTCAAAGATAGTGATTTGATAATAACTAAAAAGTGCTGTGTGCTTTATTGAAGCAAAAAGACAATTGCTCATGAAATTACTAAAGTTTTTTAAATGAAAATGTGACATATTTGTACACTGTTCAAAATTTTAAGTCAATAAAACAACAACAAAAAAACTTATTTTCTTTCACTTTTTTTCTTGTTCTCTTAAATTTGGAAAACATTAGCTGCACTTACCTAAAATTATTTGTCAGTGATAAAAAAAAAAAATTAAGTGGGGTTAACAAAAGATTATTTATTAGTTTTCTGGAGAGGTGAACTACTCTGTAACAAAACGTTTTATGTTGTGTCGACGGAACACATTTGTGTGAACAACAAAAAAAACATAATCCTTATTTCTTTTCATTTTTGTGTTCATCTTTAATTGATAGGACAGTAGAGAAAATAGACAGGAAAGCAGGGGGAGAGGGGAAGGAACAGACCTCATGGCGGGAATTTAATTTAGCCTGATGTGAACACCGGAGTGCCATATATACATTTACATTTACATTTTACATTTAGTCATTTAGCAGACGCTTTTATCCAAAGCGACTTACAAATGAGGACAAGGAAGCAATTTACACAACTAAGAGCAACAATGAATAAGTACTAAAGGCAAGTTTCAGGTCTGTAAAGTCTAAGAAGGGAAGTGTTAGTAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTCAGTTAGTGTGATATTGAAATAGGCAATTGCAGATTAGGAAGTGAAGTGGAGACTAAATAGTTGAGTTTTTAGTCGTTTCTTGAAAATAGAGAGTGACTCTGCTGTTCTGATGCAGTTAGGGAGTTCATTCCACCAACTGGGCAGATTGAGCGTGAGCGTGAGCGAAAGTGATTTTTTTCCTCTTTGGGATGGAACCACGAGGCGACGTTCATTCACAGAACGCAAGTTTCTGGAGGGCACATAGATCTGCAGAAGTGAGTGCAGATAAGAAGGTGCTAGGCCAGAAGTCACTTTGTAGGCAAACATCAGAGTTTTGAATTTGATGCGAGCAGCAACTGGCAGCCAGTGCAAACGGACTAGCAGCGGAGTGACATGTGCTCGTTTAGGTTCATTGAAGACAACTCGTGCTGCTGCATTCTGGAGCAGTTGAAGAGGCTTGATAGAGTTAGCTGGAAGCCCAGCTAGTAGAGAGTTGCAGTAATCCAGTTTGGAGAGAACAAGAGCTTGAACAAGGAGTTGAGCTGCATGTTCAGATAAGAAGGGTCGGATCTTTCTGATGTTATATCGACTCACTAACCACTTCACCATTGGCACCGATGTGTACTTAACTTTTGAAAACACAAGTTGCATTGACCTAAAATTTCTGAAGTTGAGTGAAAAAAAATCTTGAGGAAATTGGTACTAAGAAATATTACATTATCAGATCAAACATCGTTCAATTGAAAAAAAACAGAAAGGCATGCTTTACATCTGAAGCATCACAAAGAATTTTTCCCTGTTTGTCCAGCCATGTTTTTATCATTTTTTCTTGCTCACCGTTATTGTCGTTTCACCGTCTTGTTTCTAATTGTGTCTAATAAATATTTTGTTAACATTTGTTTCTGTTTTAGTTATCTTTTTTCAATTGAACTGTGTTTGTTCTGATAATGTATTATTTCTTAGTACCAGTTTCCACGAGAGACACTTTAGACATTTTAAGTCAGTACAACTTATGTTTTCAAAAGTTGAGTACATGTTGGCACCTGTGGTGCAGTGGTTAGTGCTTTGACACATGGCACTTCAGTTTTCATGGTGACCTGAATTTGATTCCTGCTTTGAGGTCCTCTGCAGATCCTTCACCTCTCTCCTCTCCTCACGCTTTCCTGTCTATACTCTGTACTGTCCCGTCAATTAAAAGTGAAAACAATAATTTGAGTGTTGAGTTACAGGATGAATGCAAGATGAATGTTGAGTGCACGAGAAAAAACCCCAAAGGAAATAAGGAAATAAGAATTTTTTTGTTCACTCAACTTCAGGCATTCCAGTTCTGCAGACAAAAAATGTTCAGTTGGCACAACTTAAAAAGTTTTGTTAGGGAGTGGTTCCCCTTTCCAGAAAACGAACAATCTTATGTTAACCAAACTAAATGTTTTTTTGTATTACTGACAAATAATTTTAGGTTTTCCCAGAGATGGGTTGCGGATAAGTTGCTGGATAACTTGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATTACGCTGTGGTGACCCCGGATTAATAAAGGAACTAAGCCGATAAGAAAATGAATGAATGAATGAATAATTTTAGGTCAGTGCAGCTGATGTTTTTAAAAGCTGAACAAGAAAAAGCTAAAGTATATAAGGATTATTATGTTTGACTTAAAAATTTTTACAGTGTAGGTTTCTTCTTCTTTGTTGTTTGTTTCATAAAATAACAGTTCAGCTTTTGATTTGTTACATTTTGAATTACAGTTTAAGACACATGAACATCCAAATGTGGACTGCTTTCCTTTTTAATAGATAAAACATATATACATTAAGATTAAATTGTCATCATTATTGTAAAATTGTTAAACTGTTTTGTACTGTTTTGATCCTCTGCAATCTTAAATTTCTTGTTAGATTTCTAGTTAAAAATCATGTTAGATATTTCCATTTGGAATTAGTTTTTCATCCTTACATTTTCAGTATGTCACAATTATAGTTTAAGGAGCAGAGATGAGCTCTACTCATTCTGATGGGCTGCTACGTTGACATCCTATGATTAATAAATATGTGGATGAATAAAAGATGGTGGTCCATAGATACAGGGTTGCCCCCTGGGGTGAAACGTCTAGCGCCCAAGAGTTCATGAATAAAACCTTGATGTCCACCTTCCCCCTGCTGCAGGTTTCCATGATGGGATTACTGCATCACCAGGCAGGGTTCTACATTTATTATCATTGAATGCACTGAAGCTATTTTACCATTAGTTCAGCTTTAAACCTCAATACAGGCCAGTACAGTCCACAATGATTACAGTCATAAAGCAGACGGATGTTTTATCCTGAAATCTGGACTATGGAAGTCTCACGAGGCTATCACGAAC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Seq C2 exon
GCGGAGTTGGACCTGGAGAAGGGATTGGAGATGAGGAAAAGGGTGTTGTCTGGAATTCTGGCCAGTGAAGAGACCTACCTCAGCCATTTGGAGGCGCTGTTACTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000079286:ENSDART00000101282:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.968 A=NA C2=0.086
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0062115=RhoGEF=PU(10.6=57.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]