GgaINT0008621 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000006695 | BCR
Description
NA
Coordinates
chr15:8872265-8882717:-
Coord C1 exon
chr15:8882533-8882717
Coord A exon
chr15:8872370-8882532
Coord C2 exon
chr15:8872265-8872369
Length
10163 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCAGTGAGT
5' ss Score
7.68
3' ss Seq
ACTTAACAACTCCTTTCTAGAGT
3' ss Score
4.93
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGCCTCATTCAGTGGCACACCACCTAGCTATGCGTATGATGCAGACCGTGCTGAAGAACAGAGGCGACATCATGATATGATGCCCTATATCGATGACTCGCCATCATCTTCCCCCCATCTCAGTTCCAAGAGTCGAGGCAGCAGAGACACCCTATCTTCAGGGTCTCTGGAATCTACAAAATCA
Seq A exon
GTGAGTCCTTTCCTGCCTTTTTGGGGTCAATAAAGCCTTGTAAAGTTGGAAGGGGTAGACTGCTTTAAGGGGGAGGGGGACTACTGCTTTAAAAGGGGGTCTGCAAGCGTGGTAAGACAGATTAGTTGGTACAGTATCAGTCATGTAGTACTATATTGTATATTTAATGTTAAATTGAGACTTCTGACTGATGTTCAACGTAAACTTCAGAAATAAGTGTTCTGTGTATGATGTTTTTAACTCATTTTTTTTACACTTCAAATTTTGTTGAAGTAAAGTGGTGCTTAAATGCTACTAAGAGGTTTCTAAATACCAGATATTTTGGAAGAGGGGATCCTGGACCAAAACATCCTAAAGTATAGGTGTATTTAGGGAGTTGTGTTCAGTGTGTGCATCTGTTTATGTGGGTTGTCATTGCCTTACACAAGGAAAATTAATCATTTTCAGGTACCTTAAAGGCTTTGATCAACTGTCTGGAATATACAGTCCATTTCTTTTGCACTATGAAAGTGGAATAAGAGGAATTAACTTTGTCAGCTCTGAACTGTAGTGACTTGTGTGTGAGATGGATGTTTATCATAAAAAGTTTTACTATTTACTAAATGCATATCCATATGATCCCTTCTGAGCTTTTTATCTATCAGAATTGACTGAGTAACTTGATTTGTGGTTTTTGTGTGGCCATTCAGGCTGTCTGGCATTATTTTTGCTTCAGGAGCATGGCTATAGTTTAGAACACGATGAATTTATTTTTTTGTTTATTGCGTTTTTAATCTTGATAGAGAATCTACCATTTGCTGTGGGAAATAACTATCAGCTGCTCTCTTCAGTCAGAAGTCTCCTACATTTAACTCGATCTGTTTGCCTTTCGACTGTAGTTTGCCATTTTTATCCTTTTGCTTTCAAAATTGCAGAGCACTTCCATACCACATTGGTGTTTCTTTGAAAATCTTTGTCATCTGCAGACTTCTGGTTTCCCCAATTCATTCATAAAAATACTTAATGGCACAAAAACAACTCTTAGTTTCTTCCTACTGCATTTCTAAGACAGCACAGCCAACCAGCCTTGAATTCTCAATTTGCACATGACACTTTGAAATCTGACATTTAAGTTGTTTAATTTGTGTTGACTTTGTATTGTTCTGTCCTATTAATCAAAGTGTCATGGGAGAAGATGATGGATATTTTACAGATATCAGTATACATGTAAATCAGCACCTTCATCAGACAGTTTTATTTATTTTATATCAAAATGATTTCAAGAGTCTGACAAGTTCCACAAACCATTGCTATTTAGCCTTCATTTTATCCATCCTATCATTCTTTATTGGTTAGTGTCACATCATATGTTTCCTTACTTCTTCCAGGATGAATGTTAGATTATAAAGACTACTTGAAATTGTTCTTGTTCTTCTCCTAAAGGTCTCTTAAAGCATTCCCAAGTTCATATATTGTTGATTTGCTTTATTTTATTTGAATATAGTGTATGGAATCCAGCTAGCTGTTTCTGCTTTAGCTATTAACTCTGAGATGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATTGCTCGGGATGAGAACTCCTGTGATATGCAGGAGCCTTTTAAATGAAGAGATAATCATTAATAATTTCAAAAGCTCCAAGAATATTTTGATATTGGCTTGAGAATTTCAGGTTATGTTTCCTAGGCTGAAAGGAAAATGCAATTTGGCGTCATATGGCTGAGTCAGAGAACCCATTGTCACATTGTTTGTAGCTGGAGGCCTGGAAGGGAAACTGCCAAATGTTCCATCTTGTTCTTGATTTATTTGAATATCTCCTCATAAGCATTTAAGAGTAGATAATTTAGTGCTGTCTTAACAGTGCTTTTAAAAAGAATATTACTTATAAACAGCTGCTTTCTTCTCTCTGACTATAAAAAGATTCTTAATTGTTTCCAAAAAATGGAGAGATACTGAGACAGATTAGACTTAAAATAATGAACCTCAACTCCTTCAGCTGATCGTGGCTGGAATTAGTCCACAACTGACAATGCTACTTATGAAGGCAGGTCCACAACAAGAAGGAAGAGATTAGTTTATAAATGGTGATGCTATTTCCTAAACAAGTTAAACTTTGACACAAGTAGTTAGATTAGTTTTACTGTAATTATGTTTTCAGCTGTAGTGGAGAAGACATCAGTAACAAAATTAAGTGTCATATGCTTTGCTTGTTGCAGTGTATTTAAACTGTGTTGGATCAGAACCTTGAAATACCAGGATTCAATTCTTTTTTTTTTTTCCCCCCTCACTACACCTCATTAGCAGAACAACAGTTACTGTATATAACAACATGACAGTTGTGGTATATATACCATTTCGTCAAAATATGAAAACTGTAAGATTGTTTAAAGTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTACTGACTATGCAGTCCTGCCTTGTGCAGACAGCCTTGAGTCTTTATAATTAATTTCAGTTACACAGTTATCCTATTTTTTGTATAGTCTTTCTACATCATTTAGTGTGTGGAGTAAATAATACTCACTGGATTCAGTATTTTATTGCTGTGTGTATGCGGGACACTTTAACCTCAGTTCTGAGTACACAAGTACTCATTTCCTTTGACATGACCATTAATTCCAAATACTATTGGAATGCTATGCAGGCCTTAATTATCCTTGCAGTGTTCCTGTGAGATAAGAAGATAGCATGTCCACTTATCACAGGTAATGAAGGCAGAGAGATTATAGGAAGTGCATCTCCTAATTTTGAGTCCTTAATGTGAGATGCCTGATCTTACTCAAAACCAGGTTTTAACTTTTAATGCGTTCTTTATGTTCAAAGAGAAATTCCTTTAATTTCACTTGCAACCAAGGGCTAACAGCACTCCAGTCAGATACCCAGATGAAAAGCATGCAAACAATGATGTATTTTTTTTAATGTGATTATGACTGATTCATGTAGCATCACAGACTCGGCAACATACTGATGTTGTTCGTTGGCCTTATTTGTCAGAACAGTCTGTCTTTTGGAGATTGGATCATTGATATTTGAACATTGAGGGCATTGTTCCTTGACATTTTTATGTCAAAGGGATTTATATGTATATATACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATATGTATATTCTTAACCAGCTGACTAAATCCTTCTGTCTTCTGACAGCGGCTGCAGTGTTTGGTTGTCAGGTTGTCAGTGTTTGCATGTCAGGCTGACCTCCATTTGGTTACCTAGCCAACATAGAGGAGATGCAGAGTGACAAAGCAGTGTCTTGTTCCAACAGAAACCAAGAGGATACCTCCTGGACTAAGTGTGGAGGGGCTGTATGTTTCTTAGCCTGTGAGGTGACAGATTCCCAGCACCTCATGTCCTTTGTTCCAGGAAGTGAGGGCCACAAGCTGACTTCCAGAAGGTTGCTGTTCTTCTCAATCTTTGTCACCTAGGATCTGTTTTCCAATTCCCTGTTCTGCTTGCATCATCTAAATAGCCTGAAAGAAGCTGACTGCTCTGCGTTCAAATTGTACAAATTCAACTGCATTTTATGTATTTCTATTTCACCTGCTTTGTGTCCATCACTCAAACATCTGCTCCTATGCAAGGAAGGTGATGAGGGACACCACCCTTAGTTTTGTCTTTCATTGAAAGAGGGTGTAAACAATGAGGGCGTTTTTGATGTACATCTCAACATCCCAACTCATCATTTTTGTAGTAAGGAGGCCTTAAAAGATGTTTGCATTGAGCAATCCAGGTTGGCTCTTCCTGAATCTCACACTGAGATGTGGAAGCATGTCTTGGCATAAAGCCAGCGCTTCTGCCAAAGTTTGTTGCTCTGAAGGAGGCCTACAAAGGAAAGATGAAAAGGAAAGAAAAGGGAAAAATAAATGTAAGTTGTTTATTTAACTTGAAAGTTATATAATTTTCCCAAACAGTTAAACAGTTATTATTGAACTTTCCAAAAATTCTGGAAACTTTTGGAAAACGTCAAACTGAATGTTTGCCAAATGAGATGGAATTGGTAAGTCCAGAAGGTGTCAGAGGGTGTAATGGGTAATATTAATTCAGACCCTTAGAGCAGAAAGAGCAGGAATGTTTCTGTTCTACACATACAGTCATGGTAGAAGGTGGAGTGGATGGCTACGTTGGGGGGGACACAGGAAGATGATGGCACCCTTCTCTAGGGGAGAGTTTATTGCCAAGAGCTGGGGGTAGGTAGCTTGTTTGAGGCTAAAGGCACTGAGAGAGTATGGGAAGCTTCAGTCATGGGGATCCCATTGCTACTACTCATGTGGGAAGAGATAAGAGCAATAGAAAGGGTAAAGGTGAGAAGGCCTTTCAGAGATCTGCTTGCCAACAAAGGCTCTAAGACGTGATTGGGTTTAAGGGTGTTGGGCTGTGGAGATGGGAGCAGGACAACCTCCCACCTGAAAATGATAGCAGTCACTGTTCTGAAGCTTAAGAGATTTTTTTTAATTATTATTGAATATATTTTTTACCAGAATGGATTTCCAGTTCTTGTATGCATCACTCCCTGAGAGGCAGGAGTGCTGAAGCTGAGCAGCTAGTTCCTAGTAAGAACATGCTTAGCACCTTGATTACTTACCGACGTTTAAAGTGCTTCAACAAAATTAAAATGCTGCTCCTCTGAATACTGTGAGATGTTAAATTTTCTTTTATGAGAAGATAATAATACAAATATGTAGAGTCTATCTTTAGTTGTTTGCTCTGTTGTTCTCCAGTTGAGTCTAGCAGAGTGAAAAGGCTCTGGCTCCCCAGACCATGGGGGGAATGATAACTGGCATGTCTACGTAAGCTTCCTGTCAGGACCTGTCTGGAGCAGAACAGTCAAATTTTGCTCCATCTGACTTTTTTTTTTATTTGCATAGTAGGAGGGATGTGTATTGTTTATCCCACTAAAGTTGAGTCCTGGCAAACTGGGAAAGCACAGGAGGACGAGGGGCAGAAAACTGACCTCTGAATCTACATTAATAAATGAGATCACTTGTCTTACAGCTCTGCTTAGTACTTCTGTTGCTGGCTTTTCCTGTCCTCTCCAGCATTTCCAAATCCTTCTCCTTTCTCCCCCTTGACATTTGTTATTTGTTTATTTATTTTAGTTTAATGCCGCTTTTCTCTCACCACCCCCAGCAGATGCAACTCTTTCTTCTCCAGTTCTGTGCTGCTGAAGGGCTCTGCCTGGATGTACAGCCCTTCCTGAGGAGAGCTGGCACATCAATACTGATGTTATAAAGAATGTTGGCTCCTGTCCCTGCTCCTTCCCCTGCAAGGAGCATGATTGAATTGATTGCAGAATTTGCCCTGCCTAATATCACCTAGACAATGGGACACCTCCAGGCTGCTTGGCAGATGCTTTCAAAGATATTTAAACTTTTGAAATGAATGTGTTGTTTTTTTTTTTTTCATAGGGTGTTAGCTTGTCTGTGAGATCCTGAGCTGTCCTTACGGGAAACCTCTCCTTTGAACACGTTCATTGCACAACATATGAACACACTGTACCAAAGGAAGGTCTGAAAGTTAAAGTGCCTTTCATACGCCCACTTTGAAGCACTGGTTTTCTTTACAGAGCTGTTCCGGCAGCAGCCACTTGGCCGAATCTTACACATAGTGGTTTCTAGATTCTTAATCTCTATTCTTTTAACATTTGCAATAAAACAATTATTGCTGTTAATTTAAATAACAACCACAAGCCTCTGAGCTCTTTAAAAAGAGTTGGGAAGAGCTGAAGTTGTCTAATCCTTGGAGATGGTGAATCTCAGGTTTGCTGTAATTGAATACAACAAGCAGTGCCAACCTGCTTAGTAAACTAGAGTACTTAGGCTGACAAGCTGTAAACACATTCAAAACAGCCATGGCTTCAGGCCAGTGTATGCACACTCTGATATCTTTAATGCTACTATCCACTCTGACTGGCCTTGATTCAGGTTGCAAAATTTTATTTATGATTGTGACTCAGTCTTTTGGTTTTTAAACCATTGGAATAGCAAGGTGCACCACCCAGTTGAGAATAAAACAGCAAAACATTATAGGTGTGAAGTACCCATGAAACCTCCTTTATGTTGTCTTCCATCTTCCCTCCCTTTATATTTATATGTACGCATATAAGTAGTTCATTAAGGGTGGGAATAAAGCGCTGATTTCTGGCTTGCTTTGTTGAGAGCTCGCTGCTTCTTGGATGCTCACAGCTCCCACAGCACACACACAGGAATGCTGTGGCTGCTCCCCTAGTGGAGTTCTGTAAAACAGATCTATTCCTAAACCTGTGGGTAGAGAGACAATCAAAAGGTGGAAGGGCAAGGGGGAAAGGCTAGAAATGGATGCTTGCATCAAAAAGGTAGGGACAAAATCAGAACATGAAATACTAGTTAGACTTGTACTAGTTAAGAACAGGCTAACCAAGCAGGTAGGAAGCCTGGGATGGACTGCTGACCACCTGAAATTCTCTGCTTGGTGGTCGGAGTTTGCCAGTATGGGCTGCTCCCACATCCTGCTGGGATCATCTCATCTACACATAGGCTAATAGGAGTATTTTGCCCCGGCTAATGTGATCTTCTGGATGTAGTATCAGCTCTTCCCCTTGCCACAGACAGCTTGGAGATTTCAGACTGCTTCCTGTCAAGGTAAGGGAAGTGAGTACCCAGCCTTGGCAGATCTCCCTGAACCTGTGTATGTCTGGGTGATGCCTCCTAGGCCCAGGATGTTCCCTCTCTTAGCTGCTGTTCTGCCTGGAGCACAGGAATAGAGCGGTCAGTCAGGCTTTGTGGTTACAAGGCTGCTCTTTGTTCCCCTTCCTTCAGATACGGCCAAAGCAGAAATTGCCCTTGGTGCTGGGTGCATCACGTTGTTATGCACTCTAAGCGGAGAGCAGAAGGAGGGCATTGCACTATCTTTGCTTTCTGATTGCTCTGGCTTGTTTTGAGTGTGCAGATGAGCCTGTTTCCAATTCTGTAAGCAAGAAATACCGTGATACCAAATAATAAACTTGTTTCTCCCTGATTTGACACTAGTTCCTAGTGAATTTCTCAGTCATTGTACAAGTTTCATGACAAGAATAACTTAAAAGCACCCTGGGGCTGCTTTCCAGAAGTTCTAGCAGCAAGAGCAGCTGCTTGGTGCATCGGATGACATTGTCAGAAGAGGCCATACCCAGCAGGAGGCTCATGTTGGGCACTGCTTCTCAGGGAGAAATACAGAATGGCAGCACAATGGAGACAGCAGCATGGTGTCCTATTGATCCCTGACAGCAGCAGGAGGTCATTTTTTCCACATTGGAGGAATCTGTGTGTAAATTGAAGGTATTGCATTGGAAACCTTGCAGTGTGTTCTGCGATTGTTGGATAAAATCCCCTGAGGGTTTCCTCACAACTGCTGCACCGTAGCTTAAAGCAGCCAGGCCCTGTTCAGGCTGGCTGGCTCTGAGGCTGTCGTTTTGTAAGCATCATACTTGGAAAATGCTCCTATAAAGAGAGTTAGGACAATACTGTGGGCTTCTCAATGTGACCTTGTGGTAATGGCCAGGAAAGAGAGCCTGTAGTGCGTCCTGGGAGATGTTTGTCTCCCTGAAAGCAAATCTCTTTGAGAGGAAATTAACATTCAGGCAGAAAGTGCTGTCTCTGTCAGCTGATGGTGCCCGGCAAGAACTGGCTTATAAATTCAAGCTTTTCTTCGTGAAGAGGAAAGCTGTTTTCAGTGCTATAATGAAAACTGTTGTGTCACAGTTGCGATGGGGAAGTTTGAATCATTTAAGCTACTTGTCATCGTGTGGTGCTCTTCACAGATGTCACAAACATACCCAGCTGGTTTTTAAGCCCCCACCTCCTCCAAGAGAACCTGCTAGACATAATTACAGTGCTGTGTCAACATTGACCAGTTACTTCATCCTCAGCAGTGGGGACTTTGGAGCGCTGTCAGTTGTTTTTTCGATGCTTCTCTATGAAGCTGCATTTTTCTTTTGTAAATGTGGTAAGAAATCTTTGGAAACCCAGAGATCAGTGTTTGTCTTGCATCAGGGCTCCCAGGAGCTTCACGCAGGCAGCTCGATGCCTCTTTAAATGAAAGAAATCTTTGTTAAACATCTTGGTGCTGTCTTTCTGGGTTACATGCATGTACCATGCCTAACAGTGGTGCCTGAGTGGATATCCAGATGCAATCACACAATGGTCCGTGTTGGAAGGGACCTCAAGGATCATGAATCTCCAACCCCACAGGCAGGGCCGCCAACCTCCACATTTAATACCAGACCAGGCTGCCCAGGGCCCCATCCACGCTGGCCTTGAACACCTCCAGGGATGGGGCATCCACAGCCTCTCTGGGCAGCTAATAAAAACCATAAGGAACAGTCGTAATGTTAGAGATTTCTGTTTGAGCTGTAAGAAATGCTGCATAGGTGCACAGAAATGTGTTGCAGTGTTCCTTTGTTCCTGTCACCATGTAGTTAGTTTGTCACTGGTGTTTTTCTTAAATCTTCTAAATCTTCTGCACCTGACTGCTGAACTACGAGTTCCTGGTTTCTCTGAGATGCCCTTTCAAGATTTTAAAAGGCACTGTGGTTCTTACTGAACCTCGCTGAAAGGTGGGATGCAAAGACAAATGTTTTCCATGTCGTACATGATGTGCACGTACATTTTACTCCTATCCTTAGAACAGCTTCTGTCTGTCACTTTCCTTAAAGAGGTGTTAGTGGTATTTGACACCTCACAAAATTTTTATTAAGTAGTTGCTGCAAAGTCTTTTAGCCTAGAAAACAGCTTATGAAATGTAATGAAAGCATTCAAAAATCAGGGTTGTTATTGATGACACTGAATCCAAAAATATCTGGGAGCGTGAGGATCCATTTCTTTCTTAGCATGGTGCGTGGGCTCCAAGTTGCACTCAGTGTGATAGCTGCTGTGAGCTTACCTGTAACCAAGGTACCATCTCTCATAATGAACCTCATATATACATTTGCAGGGTTCAGAGCGTAGGACTCAAAACAGAGCTATTTAAAATCAGCTGTAGACGGGCTTTATGTTCAGTCAATAGAGTGGAACATACTGTTAATGTTTCCTAATCCTCTGCCTGCTGAAATCAATAGCCAAAGATTCCTATAGGTATTAACAGGAGGAGGATGGAGTTCCTAACAGCCTACCCAAAGCCCTTGGAAGTATTTACTTATTTACTTTTTCAGATCTAACAATTGTCTCTGCTCTTGGAGTCTTTCAACAACACAACAAGGGTGCAAAAATAGTTTTTTGGTTTTTTTTTTAGATAGTCATTCATAGAAATAAAAAGTTGAAAATGAGATTCTGTTAAAAGTGGTGATGGTGGTGTGTCATTATTTATAACCTCCATTGTTTGGCTTCCCTTTTTTTTTTTTTCCTTCAGAATTCATGGGAATGCTCCATTTTGTCAGGTTAGATGTTTTTCAGTTTTGAGAAGAATGATAATTGAAATGCAGAAAAGACATTATCGTTGATATTAATATTACCTTGGTGTTTGTCCATGAATGTATTTATTCTTCTCTTTTTTCCCAGTTGTTTTGGTTAAGAACTGCTTTATGGAATTCCAATAAGAAAACCAGCATGTGCAATCCAAGCAGCGCTGATTATTCAGTCTTCTAACTAAAAATAGACCTTGTGCAAGCTGGCAGTGAAAATAACTTGGTGAATAGTAAAGAGTGGGAGAAAGAACAGCCATCTTAACAGCAATGTCAGGCTGTAACTGCTCTATATTCATGTGCATCTGTGTAGAAAGAGGGAAAGTGATCCTGTCTGTGTAGAGAAACACGTGGCTTTGGAACAAAACCATAGAGGATTCTCATGGGAGGAGAGAGGGGATTGCACATCACCAAAGGTCCCTACAACTTGTTTAGAATAATAGATTTTTGAATTTAAAAGTTTTCAGTTTTGATTTATGCGAAGAACCCCAGGCACCAAAGATAGATGACTGAGGCTGACATCTATAAATAAGTGCCATCGGTTTCTGGTAAATAAAATTTAGTGTTTCTATGTCTGCTTCTAGAAACTTGACTCTAAGCACAAGTTGTTTTGTATCTGCCTATAAGTAAACAAAATCTTTCTCCTTACCCCCTCCATCCTCATTCTCTCTTTTTTTTTCCCTCTCCTCACTTAACAACTCCTTTCTAG
Seq C2 exon
AGTGAGCCAGATCTGGAGAAAGGCCTGGAGATGAGAAAATGGGTCCTGTCAGGAATCCTGGCCAGTGAGGAAACCTACCTGAGCCATCTGGAGGCTCTGCTGCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000006695:ENSGALT00000010819:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.107
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0062115=RhoGEF=PU(10.6=58.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]