DreINT0038566 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000099321 | btbd17a
Description
BTB (POZ) domain containing 17a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-130531-68]
Coordinates
chr12:36398527-36403223:+
Coord C1 exon
chr12:36398527-36398617
Coord A exon
chr12:36398618-36402940
Coord C2 exon
chr12:36402941-36403223
Length
4323 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGA
5' ss Score
10.06
3' ss Seq
GTTTTCACCTTGTTTTACAGGAT
3' ss Score
10.4
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGGCTCGTGTTAGGAGGAATGAGCTTGTCTTCGTTTACCTGTTCTTCTCGATGTTGGTCGCCGGGTCTCTTTTGCGACCTGTTCGAGGAG
Seq A exon
GTAAGATGACTCTTTTTGTACTCTTTTTTTTTCTCCAGGCGATAAAATAAATCTTTAAAGAAGTCTATAATTTCAAAATGTGCATGTTAAGAGACTGGTTTTAAAGATATAATTCACCCAGAAAGAAAAATTCTGTCACAGTTTTATTGACTGTCCACTTTTTCCAAGCCAGCTTGAGTTTTTGAACACAAAAGGTGATATTTTGAAGAATGCTAAAAATTTGTAGCTATTGACTTCCATTCTAGTTTTAGATGTAAATGCCTATAGTCTCCAACATTTTTCAAAATACCTTCTTTTGTGTTCAAAACAACAACAGAAAACATATAACATTCAGTTACAATTTACTCACTGTCCACTTTTTTCAAGCCAGTTTGAGTTTTTAAACACAGCAGGAGATATTTTGAAGAATGCTGAAAATTTGTAGCTATTGACTTCCATTCTAGTTTTTCTACAATGGATGTCAACGCCTACTAGTCTCCAACATTCTTTAAAATATCCTTTTTTGTGTTAAAAACAACAACAGAAAATGTATATGGAAAATTCAGTCACAGTTTTATTGACTCTCCACTTTTTCCAAGCCAGTTTAAGTTTTTGAACACAAAAGGAGATACTCTGAAGAATGCTGAAATTTTGTAGCTATTGACTTCCATTCTATTTTTTTCTAGATTGGATGTCAATGCCTATAGTTTCAAACATTCTTCAACATATCGTCTTTTGTGAATATTATATTTTTATTTTGACTTTAAAGCAATACAAATAAAAGACAGAAAAGAAAAGGAAAAAAAAAAAGATTCTAAAACCATTGTTACATCAGTTCCTCCAGTTTTATACATAGGTTAACAATGTTACACATATCTCTGCGTCAGTGTGCAAAGGCATACCTGTCAACATTAGTAAAAAAAATAATAATAATTTCTCAAATAGCTCAATCTGTTTGAGTGTAAATAATGTTTTTATTATTATTCTTTACAAATGATAGAATAAATAGCATGCTTTAGAAAAAGCTGCAAATAAATTAAAGTTTAGCCTATTAAAATGACTAGCTATCATAAAGAAAATGAACAAGTTATTAAATCTTATTAAGCTTTTCTTCACAGTATAATTTATACATTCTGATTAAAGAGCAGCGAATGAACCTCTCCTTTAGATTTAAGCTTGATCACATTCAATAACAGAGGTGTCACTTGATCACTTAAAACCTGCACAGATCCACAATGAAAGCATTCGATTGCTTTTCTAACTGTTTATGCTCATTTTAGAAAAAATGTGTTGTGGATTATATAAAAAAGATTGACATGTTTTTATATAATTATTATTATTATTAATAATATATATTTTTTGTGTGTATATGTCTGTTCAAACACGCATCCAAAACCCAGTGTGTCCACTTTTGTTCTGCTTCAAATGGCGTGTAAAGAAACCGTTTGGGAAACAGAGTCTATTTATCACTAAGGAGCACGTCTGATAGTCACGCACTGCTACATAAACGGACTGTTTTAAGGGTTGTATAGGAGGGGTGATGGTCCCTGTAATAGAAAGGAAGGGAATCCCGTCGTTTTTATATTTATTTCAAAGTGTTTTCATGCCTAAATAAAATAAAAGCCACCCTTCAGAGAAACATTAAAAATACGGGAGAAATACGGGAAAATACCTTTATGGGATAGAATTGTAAAATAGGGGAGAATTCTGGGAAAAAATGGGAGGGTTGACGGGTATGTGCATAGGCAATATGGTAATCTTGCAAACTGTTTTGAACTGTGCATTTTTATATGAAGATGGACTTCCTTAATACTTAAAACCCAACAGCGTGTTCTAGCATGAAAAATAATGTCCACTATTATGTTTTCTATCAAAGTCAATGATTGACTTAATTGTGTAAAAGACAATTATATTGTTTAAATCTGATGAACATATTAATCATCATTATGCTTTTCCTTTGATTTCTGTCATTATGTTGTATTTCGCTATGGACCTGTTTTATGAATCATAATGGCCATGCTTTAAGTGGTAACTAGTAATAGGAAACCAGGGCACTATAAACGGTTGGTTCACACGCACACACAACACCAAAGCAAACGAATGCAAGCACAATGATGGCATTTCCTGGAACTATGCAACGACACCCAGTCCAGTTTTCAAGAAAAGGCTCAACGGAAGTTGGATGATCATGACAGTGCAGATTGACTTGACAGACACATTCAGTTTTAATACACTTGTTCCCTTCTGGGCAAGCAAACAATCTGTTTACTGTATGTACTGTACTTTTTAGCTTGACAATTTAGCTTACCCAATTCACCTGTACCGCATGTCTTTGGACTGTTGGGGAAACCGGAGCACCCGGAGGAAACCCACACAGAAACGCCAACTGACCCAGCCAAGGTTCAAACCAGCGACCTTCTTGCTGTGAGGCGACAGCACTACCTACTGCACCACTGCGTCACCTAAACTGCCAATATCTTAATTATTAATATTCAATTAAATTCATTTCATGTTTATTTATATAGCGCTTTTCACAATATAGATTGTGTCAAAGCAGCTTAACATATTGCTAGTAAAGTCCAGATTTCAGAGTTCAGTTTAGTTCAGTTCAAAGTGGTTTAAATTTCACTGCTGAAAGTTCAAAAACTGTAGAGCAAATCCAATGATGCGCAGCTCCACAAGTCCCGATCCAAGCAAGCCAGGGCAAGGAAAAAAACTTAACCAATTGACGAAGTGAAGGGAAAAAAACACCTCGAGAGAAACCAGGCTCTGTTGAGAACGACCATTATTCTTCTGGCCAAACTTCCTGTGTGAAGATGCAGTCTAGGTGCTGGAGGCTGGAGGTGCTGGACGTCTATCGTGGAGAAGCTGCAGGTTTGAAGAGGGCACTGGCAGGAGGTCAGGCTGGCCAACAGGATCAATGCGGAGACTCGTCTGTCACAGTGGTCTTTTTGGAAACAATCTCTAATCTCCATTCCTCAACAAGCTTGGGATACGGACCTGGTCCAGGATTATGGATACTTCTGGGTCATCTCTTCGCAGGTCTTGGATCACATCAATGATGTTGCACAGTCTGTAGGGACCTCAGAATAAGTAACCCCATAGTGTATTTAAACGAGATGCACTCGAGTTGTCTGTCTGTGTAACAAAGAGGTGTAGATATTAGTACTTCAAAACACTTGTGTATATTACTATTAATTAATGTTGTAGTTTACCGTTAAATTGTCAAAGTTTCTACTGTATTTTACTGTATATAAACACAGCTTGCATTTTTTTAACCCTAAGTTTTACGGAATTGTTTTTTGTACAGTAGAATATCTTACTCAAGTCCATTGAATTATCACACAGTAATTACAAATAATTCAACAGCCTGCCATTAATTATTCTGTCCACATTTTCTCTTAAGGAAATTTTTTCGATTTCAATAAACCATAAACTAGGACTTTGCCTCAATAAACTCCTAATTTGCTGGAAAGTAGGTAGGAATAGATGTGGAATAAAATCATGCAGATTATAATAAGTACTAATAACTGCCAATATCTTAATAATAGGCAGGTAATAAGCTTGTTAATATTAATAATTGACACTTACACTAAAGTGTTACCATTATTCCTTATTTAAATAATGCTGGGTTCCACAATAATGCATTCATTCATGCAACATTGAGTGTGTTGAACATAAAACATAATTTGTTCCCTCAAAAACGTAATAATTTTGTCCATTCATTCATTCATTCATTTTCCTTCAGCTTAGTCTCTGATTTATTAGGGATGACCACAGCGGAATGAACCACCAACTATTCCAGCATATGTTTTATGCAGTGGATACCCTTCCAGCTGCAACCCAGTACTGGGAAACACCCATGCACTCTCACATTTACACACATTCATTCATACTGCGCATGTCTGTAGACTGTGGGGGAAAACTGAGCACTCGGAGCAAACCCACACGAACACAGGGAGAACATGCAAACTCCACACAGAAATGCCAACTGGCCCAGCTTGGACTTAAACCAGCAAACTTCTTGCTGTGAGGCGACAGTGCTAAGCACTGAGCCACCGTGCCGCCCTGTGTTGTGCATTTTTGGACTCTATATTATGATGCTGTTGAATGCTTGATTCAGATTGGCTGATGGACAAACCTAAAGCGTGCAATAATTTTCATATAAATACAAAGCTAAAATAGTTCCAGGCAGGTCTTGGCCGCATTACAGTTCCATGTAACTACGCTGAATGATTTCTTCAGTATTTTCTAGTAGTTCAGCAACCTGTCATCAGTTATTCCTGACATATTGTATTACTCAATATCAGCAAATTTAAAGCATGTTTTCACCTTGTTTTACAG
Seq C2 exon
GATTAAGAGCAGAAGGACTGGTTGAAGGCTCCGCAGAAGTGATCAGTCACTCTCAGGGTCTGGTGGCTCGGCTAGAGGGTCTCCTCTTGCTGGGGAATAACAGTGATATTTCCCTACGTGTGGAGACAGTGGATGCAGATGAGGTTAAGGTGATCCAAGCCCACACGCTGGTGCTTTCAATGCAGAGCCGAGTGTTTGAGGAGATGCTGAGAAAGCGCAACAGCAGCACACTTGTGTTGCAGGAAACAGCTGAATGCACTGCTGTGTTTGACAAGTTCATCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000099321:ENSDART00000171151:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0065126=BTB=PU(62.5=73.7)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]