DreINT0040079 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000026855 | cacna2d4a
Description
calcium channel, voltage-dependent, alpha 2/delta subunit 4a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-041210-213]
Coordinates
chr4:20559359-20568789:-
Coord C1 exon
chr4:20568729-20568789
Coord A exon
chr4:20559510-20568728
Coord C2 exon
chr4:20559359-20559509
Length
9219 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGT
5' ss Score
10.65
3' ss Seq
TTTTTTTTTTTCATGCTCAGGTA
3' ss Score
10.19
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATTAAGTGGACACCTGATGAAAATGGAGTTGTCACTTTTGATGGAAGGAATCGCAACTG
Seq A exon
GTAAGTCTTTGTCACTTTACTATTCAAAACCTCTTTCAAAATTTATGGGTAAGAGTTAATACTTTTTCAGCTAGAATATTTTAAAATGAACAAAAGTGACTGAAAATACATTTACATTGTTGCATTTATTTCAAATATATCCTATTGCAATCCCACAACAGTCTTGCCAGATTAGGGGGTTTTTCACCCTATTGAGCGGTTTTGAATTTGATTGTGCAGGTAAAAAAATGACATTGGCGAGTTGACAAAATTTGGGTGGTTTTGAAACAACTTTTTTATGCAACTTATTCAACAAAACATAACTGTGTGCTTCTATTCCATTCAGTAAGTAGTGACCAGTGCATTGCGCAAACCACGTGGGCCCACCAGCAAGAGGAGGTGAAGGAAAGTTATATCAAAATCAGACTCCCCTTCACGTACACATACATCACGCATCACCTGCAATTAAACTCACAGCGGTTTATCATGACACGTTTAACGATCATTTTATCCAATAGAACAAGACAGCAAGAACAAACATAGAAGCGTTGTCTGATGCGCCTAATTATGTTTAAAATAATTTAAATTGCCAAACAGGATGAAATTATACCCCATTTTGAAAGTAAAATATACTCTAACAGGTACTGGGGAGGGGGGGGGGGGGGGGGGGCAGTATTTTGATGTTATCCGGTTATGTTGTGGTTCTGTGACTGCTGGTGTTGGTTGCTGTATGGTTAAAAGTTCTGTTAAAGTGACTAGGTTAATTTCAATTTAAATAAATTAAAATTAAATAAAATATTTATCTAATATTTTTTGAACTACTGGCTAGAAAAGGTCAGCTTTATCTGGCAACACTATCTGGCAACACTGTCCTACAAAATGTTAAGCTTTCCTCAAAGATAGTCATGTTTCCATCACTGACAACAAAGAAATGTTTTCTGGAGACCAAATTAGCACTTTTGCTTTAGCAAGACTGGGACCATTTTACATTGATGTCATTGCAGGAATAGGTTATGTTAAAAAAGCTTTAAGTTATAATAATATTATCACAGCTTGTGGACTGTTCCTGATCCTATCCCTCTCTCTCCCGTTTCACTTCTTGTCATTCTACTGTCCTGTCAAATAATGCCAAAATGCCCCCAAAAATCTTTAAAATAATAATATTTTGCCATATTTCTATTTATAAGAACCTTATATTTACATACAAATAAAAAGAAAACTTTTGAAGGGTAGTGTACACACTTAAACATTAATATCGGGATGTGATTGGCAGCATTTAAATTTACGGTAACCATTACTAAAATAGTTTTTTTTTTTTAGCACTGAAGGTTCCAAAATAATTATTGTAACTTATTATCGTAAAAGTAATAACTTTGCTGAGTAAATAATCTGAACACTTCTACAACAAAAGGTAGTTAAATAAACAAGTAATCGAATTCCCCTTTTTTGGAACTACTGCAAAAAGACCTTTCTGGAACCCTTATTTTTAAGAGCTGAGTTGTCATGAACAGTTAGAACTGTTGGATGCCTCAATCTTTTTGCCTCTCAAAGATTCTTGAGAGCATTCAGATTAGTGTTTTGGCTGTAGTCAAAGACCAGCAGGTCTGATCTAAATGAACAATTTTAATCTTGATTCCTTTCCGTGACTGACTGTTACATCTGTCCAGTCTCTCAAACGCCTTCTGCCAGGACTAATGCTATTACAGCTAATGCACGCAATCTCTTTAGCAGTAACGAACGCAACGAACGACCCGTTGTCTCGTGCTACATTCTTTTATCTGAACAACTACAGTAATCACATTGCTGAGTATATATAGTCTGATTAGTTCTGCAACACAAGTTAGTTAAATAAACACAAGTCAGCTAATAAAACTGTGCGTATTTGACTATTGCTTTAATGTTTAGTCTCAAATTTCAGTCTCTCTCTCACCTTCTTGTTGTGATCTCATTACTTGCTTCTCTCAGAACATTACGCAGATGAGATTTCACACACTGTTATCCGGTTGACCAATTATTGCTGTGAAAGGGCCTGACTGTTTGTCAGTGGTCATTTGACCTGGGGTTATTTTAGTTATGTATAATTTTATTCTTCAATTTTAGCTTGACAACGAATAATACCAGTCAATAATCTTTACTGATCTCCCATAAACACCATCTACTACAGTGTTTCTCAACCACATTACTGGAGGACCACCAACACTACATCTTTTGGATCTCTCCTTTGTCTGTCACACCCATTACAGGTCTTTCAGTCTCTGCGAATGAGTTGATGATCTCAATCCTGTGTGTTTGGTTAAAGAGAAAATGTGCAGAACTGGTGGTCCTCCAAAAACGTGGTTGAGTAATATTGATTTACTACAACCTCCCCCTTAATATCTTTTACCAGTAGTTATAACTAAAAGGTTAATTCACTCAAACATGAAAATAGTATAAAATTATGTTATTAATTAAGACATTTTTTATTACATTCAGACTAACTCAAAGTGAACACAAAAAAGTCTATCTGTCTTCAGTGTTTTAATCAGGAATTTTATAAAGCTAGGGGAATACTTTGTGTGCACATAAAACAAAAATAACGACTTTATTAAGCAGTTTTTCTCCTTAGTGTCAGTATAGGGCACTTCCCACATATAGACTTTAATTGATTGGACCGCCCAGGTATAATAACGGCCGCCAAAGTATTTTTAGTGACACATTTTTTTTTACTATTTTTAACATGCTTTTAAACTTTTTTGTATCCACCCAATATAACCAATAACAGCATCCTCCATCATTTAAGTAGTGGAAAATCTTCTCTCGTTTACCTGTTTCATTCTGTGTGCACAAGACCACACTCCCACAGGTGACCCACAGATCCACAGAGACATGCCTTTTTTGGAAAATTTATCCGGCCGGTTTTCTAAATCTCCTAAAAAGTCCGGGTCAACTTTTGTTTCTGCTTTTCAAAGCTTGTATGCTTTTTTTCATTACCTTTTTTTAAGCCAATGTTTGCTTGGCTTCACAGCTGAAACTACTCTAAGCTACTCAGAAAAACTTTACTATAAACTCAAAGAGGACAAATGACTGATCTAAACTGGCTGTAAAATATATGTACACCATTAGTAATGGTTAAACACATTTGCCGTATTTAAATGATAAACACGTTTTAACATGTAACTATGGTCACTTTTAGAGATATTGTCTGTTTTTATCCCTTTTAATAAATAGTAATTTATTCCTCATTTGCTGATTATTTGTTTAATTTGATGACGTTAATATATTACATATAGGCTATTCTATATACATATGTAAAATGCTTTGGCATTCAAGTTTGCTTTGAACTTGAAAGAGAGAGAAGCCCATTTCACCTGTCAGTGGGTGCTCATGGCTCCTGAATAGCAAAAAAGTATAAGAGATATAGTGAATGTATTTTTTATTTCAACATTTTTTTTTACATTAACCCACTGTGTGTGTGTATAACAGTGTCATAATATATAAAATTATTGTTAAATATTAAATTATGTTTTGTTTTTCGCATATAACAAACGTTATAACTCATGTGGGTAAATGGTGTGTTTCAATCCGGCTACCACCGCAAGTATATTTCAAACCCGTGGAAAGCACTGAGGGCACGCATTCACAATTTAATCTACACTGTAAAACTCAAGTTCACCAGCTGCCTTGAAAATGTGAGTCAACTCAACTTAAAAAGATTCTTTGTTTCAACTTATTATTGTCAGGATCCAGCCCTTACAGCCCTGTCACTCCTGTCTGTGTTTAATGTCTCTTTGTTTGTTTTGTGTATTAGCACATGGTTGTCTCTTTTGTTGTGTTGGCCATGTGCTCCTCTTGTCCTGCCTCCTTGTTTTCCTATGCCTCGCCCCCTTGTTTAGTCCTTGTTTGTCTAATTATGTTCACCTGTTCCTTGTGCTATCTACTCCCTTTATATTGAGTTCATTTTCCACTTGTCTTTGCCGGTTCGTCATGCTATCTTTCGTGTGCTTGTCTAGCTTATATCGTTTAGTGCATGATAGAGGTTTTTTCCATATAGTCTAGTTTTGTTTCCTTTGTCTAGTCTAGTACAAGTCTTTTTGATCTTTATCTTGAATTAATTTATCCTTTTGATTCGGTTAATTTATTTATAATTTTTTTTTCTTTCAATAAGGTTGCTGTCATTTTCAAATTTATTTCTGTTTCTGCTCAAGACTAATTTCAAGTTTTCATTTTGCTATTTTTGTGATCCTTAGCCTCAGTCTAGCCCTAGTCTTTAGTTAATTCTTTATTTTTTTAAATTCCTGTTCCTGTGTTTTGCTTTCTGTTTTATTTCTAGTTATAGCTTATTTCTTTAAGCCTTTTGTTTAAGTTTCAGTAGTTTCATTTTGTTTTTCGAGCTCTTATTTCCCCTCTTAATTATTTTTCATATTTACTTAGTTCTAGTTAGTTTTTTCCTTGCTCTTCTTTTTAATTTTCTTGTTTCCCCAGCCGTCTAGTCCTGTTGTGTTGCTTGTCTCACTTCCCTCCTGAGTCATCGCTGGTTGTGGATCCCCTTCCCTTGATGATCGATCTGTTTGCCACCCCTGTCCCTAACCAGAGGTTCGGCTAGCTACCTTTTGACTGCTTGGCCTGAAATTTGGAATTCCCCTTTCCTGACCAGCCTGTGTTACCCTCTTAAGACACTTCCCTATGTATCATCCTGAAGTCCTGAGTCTCCTCCCCTCACCAGCCTGTTCTCCTGAAATCGTCCTGCACTATTGACTGTCCTCCTGCATAGCCTTGTTTACCTCCTGAAAATAAACCTTGTGTTCTCTTGTCAATTCTGCATTTGGGTCCTCCTTGCCACCCGTGACAGTACGAACCGGCCAAACAAGAACCCAGCAGAATGAGCATCACTATTGTCCGTCCCACCACTAAGGAAGGGAGATTGGCCCTCAAGCGGGGACTGGCTCAGCTTCGCCAGCAGGGTCTGGAACCTCGGGCATTTGCCCAATTTTTCTGGACCATGGCCAGGGGCCTCGACTATGATGACTGTGCTCTCAAGAAGG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Seq C2 exon
GTACATTCAAGCAGCCACATCTCCTAAAGACATCATTATCGCTGTGGACATCAGCGGGAGTATGAAGGGTTTGAGACTCACCATCGCAAAACACACCATCAACACCATTCTAGACACACTAGGCGAAAACGACTTTGTCAACGTCATTGCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000026855:ENSDART00000136069:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF083996=VWA_N=PD(3.4=19.0)
A:
NA
C2:
PF137681=VWA_3=PU(24.7=80.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]