DreINT0040923 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000035122 | camsap1b
Description
calmodulin regulated spectrin-associated protein 1b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070705-301]
Coordinates
chr5:64959867-64969154:-
Coord C1 exon
chr5:64968892-64969154
Coord A exon
chr5:64960029-64968891
Coord C2 exon
chr5:64959867-64960028
Length
8863 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTGAGT
5' ss Score
10.13
3' ss Seq
TCTTCCGTTTTGTGGCACAGAGT
3' ss Score
6.58
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCACATCCCAGAGGACCTGCGGGACCCTTTCTACAGAGACCAGTATGAGCAGGAGCACATTAAGCCTCCAGTGATCCGGTTACTGCTGTCCTGTGAGCTGTACTGTCGCGTATGTGCCCTCATTCTCAAAGGAGACCAGGTGGCCTCTCTGCAGTCCCACCAGTCCGTCATCCAGGCCCTGTCTCGCAAAGGCATCTATGTCATGGAGGATGATGACACGCCGGTGACAGACTCCGATCTAACCTGTCAGCCAATCAAAATG
Seq A exon
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Seq C2 exon
AGTTCCCACATCCCCATGATTGATGCTTTGATGATGGCCTACACCGTGGAGATGATCAGCATTGAGAAGGTCGTGTCCTGCGTGAAGCGTTTCTCCACATTCAGTGCCTCCAAGGAGCTTCCCTTTGACCTCGAGGATGCAATGATCTTCTGGATCAACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000035122:ENSDART00000147707:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.023 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0030726=CH=PU(5.7=16.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]