DreINT0043797 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000019383 | cdc42bpb
Description
CDC42 binding protein kinase beta (DMPK-like) [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-3647]
Coordinates
chr20:18525700-18532007:-
Coord C1 exon
chr20:18531928-18532007
Coord A exon
chr20:18525784-18531927
Coord C2 exon
chr20:18525700-18525783
Length
6144 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGAGTGAGT
5' ss Score
7.36
3' ss Seq
ACTCTGGTGTTTCCCCTCAGACC
3' ss Score
9.99
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCTGAAACTGCCAGACTTCCAGGACTCCATCTTTGACTACTTCAATACCTCTCCTCTTGCCCATGAGCTGACATTCAGA
Seq A exon
GTGAGTGTTTCAGATTAAATCCCTGCAACTGCTTCCGCATTACATGCCTTAACAAGCCCTCCTCTGTTCATTTCATCATCCTAATGACATCCTACTTCTTCAGAACATCAGAGACCTGTTATATTGTTTATCAAAATGATGAGGTGACGCCTGCAGTAGCCAGATACAAATACTGCTGCATTTATAAATATCTTGCAGCTAAATACTGGTTGTAGTGTTGCCTGATCCCCTCAGTCGCCTCTGGGTTCTGCTGTCTTAAATAGTCTTTTTTTTTTGGTTGTATTTTTAAGGTATATAAATGTCAAGAACAGTGCATTTCAGATTAGGAATGGGGCGATAACCGTGTTTAAGGTTTACCGTGGTTTGGAAAATTCAAGGTTTTAAAACTGCCAAAATTTTCTGTTTTGAATTTTTTTTACATATACTGTAGGAATACCATTCCTACAGTATATGTAAACTTTATTTTATTAAAAAAAATTTTATTCATATTTAGTTTTTTAGGACTACAGTATCTCCAGCTAAAAAGATATCCAAATATGCCATTTTAAATTGTAGAGAAATCAGTGTTTTTAAGACTAATAAAGACAGCAAAAGTCAAAATGTTTTAGAGCAGTAATCACAAAATCGTGAAACCGTCAAAATCTGATACTGGCCCATGCCTATTTCAGATACTTCTGCTACTTTTTGGGATTTTTTGGTCATGTTTACCATATTCAAATGCCATTCAAATGAATCTGTTATGCTTATTTAGTTAGGTAAAAAGATAAAGAAATCTCAGAAGAGAATTGACAACCCTTAGAGCAGTCCTGGAGGGTCGGTCCTGGAGGGCCGGTGTCTTGCATTAAGTTTCAACTTCCTTTAACACACCTGCCTTGAAGTTTCCAGTATACATAGAAAGAGCTTGATTAGTTGGTTCAGGTGTGTTTAATTGGGACTTTAATTTGGAACCAAAATATTGAGGACACAGGCCCTCCAGGACTGAGTTTGGACACCTCTGCTTTAGAGAATGCTAAAAATCGCATTTGTTTTATCCTAGATCTGTGTAATATGTAAAAATGTTATTTTCTTTTTTTTTCTTTTTTTTAAGCAGAGCACTACTTGTATGAAGGGTTAACCAGGGAACCCTCTGTATTTCCAGCCTGATCTCATGGGGAATTTAACTATTTTACATTTTGTCAGTTTAGTGGCTAATTTGTTCTACGAAAATATACAATTTTAAAAAGGAGATGTGGCACCAAACCCCACCGTCATTTGGGGATAAGCAAATTTACTACAAAATTGTACAAGTGAGATTGTACAAATCCATACCAATTAGCCCTCAAACAAAAAGTTACGAATTGCCGTGAGACTGTGTTGGTGTTTCTGCTTTTCAGTAAGCCCTACCCGCTGTCAGAGAGTCAAATACAGCCTGACAGCTGTTTCTGTTCATACCAAAAGAAAGAAATAAGAAAATATTAAATGCTGTCAACAGTTTAAGATATTACTTTTAAGAATTATTTTTTTTATTTTTTTTTTTACCTAAACATGTCAATTTTTCCTTTAAAACGGTTTCCATTTGTTTTTGTTTAAATAATTGATACTAATATGGCCATGATTAGCAGATTTCAATTTGTGTTTTATATTAAATGCAACAATTTTCCCACTATTAATTAAAACATGCAAGAAATGATTCAGTATTTTTATAATGTTTCCAATCATTCTCCCTGTTAGAATTTTCATTTCTTTTGACCCATTTGTAGTTTGCAGGTATCATTTCAGATGTTGAATTAAGTCCAATAACATAAAAACACACTAGTTAAGACATCTGAGGTCAGTTCCTGCTCTTTTGGTCCTAACATTAAATCCTGTGTTGAACTGGCCCCACTTTACCCTGCTGATAGATGTGTGATATGAGGCTTCCTGCTCAGCCTCATCCTGGAATCATTGACTCCCATCAGTTATTATGTAGCTCTCAGTCACAGTTTACATTGGTACAGTAGTTGATGATGACTAAGACTTGAGTGATAGAGCTAATATAATCACAGAGTCACTTCAGGTCATGACCAAATGACCTAATCAGAAACCAAAGCAACTTTTGGACAACCTTCTGTTTATTTAAAGTACTCTTATATTGTGGCATTTTAAGACACTACAGGGGAGAAAATTACTTTTGTAAAATGTTATTTCAGTCTAATGGAAGGAAGCATTTTTTTCTACTTCCTTCTACTTTCCTTCAAAATTGACTTGGTTCAATGTGTATAGCATGGTTGATATGAAACAAAAATAAAAAATACAAATTATATATGTACACACAAACACGCATACATACATACATATACATATATATATATGTGTGTGTGTGTATACACAAGGGTAACCTGGCCAAGAGCTCCACAACACACGACTTATGAAAAAATAATATTAATAATAAATAGAAAATTAAGATAATATAAAAATACAGTTTAGTTGTTCAGCTATACCACATTAAAAGTAATAAAAACACATACATTGAGAAATGGACTGTTGTTGTTTATTAAAAAGAATAGAGCGATGTAATTGGCATGAGCTCAGACATTTTGTGTTTAGACTGAAGAGTATTTCAGGATGAGGGGGCAGCATGACTAAAGGCTCACTTCCCTATTTTAGTTTGAACCCGGGGTTTTGATTGTTTTCTTTGCAGCTGTTAATCCTGAGAAAAAGTTTGTTTTTGATTTAAAGTCAGAGTTACTGAAGAATCGTCATTCAATAGGAAAAGGCAAGGTTCAGGATTAATGATTTTTTCCAATATTTGCGACAAGATGGTGGAGACGTTAACCCAAATACTTAAGCAATTTTTAAGTCACACTTGATTCATTTCCTCCTTTAGATTTAAATTACAATACATATTTTTAGAGACCGTTCTCTCCAAATTGTTTTTTTTTTAATCTCCACTTCAGTAGCATTTACATGCATACTTTACCTGATGAAACAGAACATTTTTATTCTACAAAAAAATAAGCATAACTATCTTCTGAGTTATAAAAAGGTTTCTAAAATTACTTCTTACGTGTCAAAAAATAAATAAGAATATTGAACCTGATTTAATCTTAAGTTTCTGTGCACAGTAGCACATACATTTTAGAAAACTTGTACTACAGAAAATGCTTGCAAATGGTGATAACATTTTTTTCATCCTATTCACCCATAGTGTCTTGCCTTAAATGAAAGAACTAGTGATATGAGTGCAAGTAGGGTTTTTAAGACTGTAAACAAAGACCTTATCTAATCAAAAAAGTTGAACTGAAAAACAAAGGCCAAAGCTGTGTTATATTTCATCTAATTTTTGTCCCCCTCAACAAAAAAGGACTCTGTCTCCTCCTCATCTGCATCTTCTCTGCTTGCATTTTGGGACGAAGTAAGTTTGCTAAACAAAGCTGCTCCCTCTGTGATCTTTAACCTCTGCTCGAGTGATCGGTCAGCAGACAAAAGGGTCTCAAAAGTTTGCATGATGGTCAAGTATTGCATACTGGAGCTCTCGATAAAGTAACACACACATTTATTATTATTTGTTTATTTATTATTATTTATTTTTATTTGTTGCTAAGCATTTTTACTCACCATTCACATTCCCTATATGCCTAACCAGCATGGTTTTGCTGCATCTATTTTGTCTGCTGACCATGTTCCTCTGCCGTATCGCAACCGGACCCTAGATCCAATTCAGGCTAATTGTACAGTAGGTGTTAAAGGTTAGCGACTCACGATTAGCATCCTGCTGAATTATTAACAAAGTCCCCTCTGCCCTCTAACCTCTTAACCGGCTAACGTGAATAACGTCACTCTTTATTTGTCAAGTCTGCAAATGCACTAAGCTGCTAGTTAACTCCTAGATCCCGCTAGGACCATAAACATCCATGATTTAGATCGAATCAGCCATATAATGAATCCAATTAAAGAAAATGAATGAGAAATGATTAAATTGTCGGCGGGTGTTTCACGGGTATTTATAACCCAGCAGAAAATATGATGGTGGTGAGTATGTGAGCTAATTGAACATGACAGTAATTCTCTGGGGAGAAAAGTGTGATGTCACTAAATTTCATGATTATTTTAATTACCTGCCAATCTTTGTGTTTTCTTAAAAGGCTGTGCTGCACTTAATTGATGTGATATTGTGCACATAATTGTTGTATACATCTATGCACTATTAGAATCCTTTTGCAGGGTTGTGTTGTGTTTGGTAAGTATTTTTTTGGGTGTAATTTTGGGTTTTATTGCAGAGGATCATATGCATCAACGATAGTGCTTTAGTGCACGGTTTTTTTGAACAAAGGGCTGCACTGAGTTTGTTTTAAAAAGTAAAAAGAAATATGTGTATTAGTAGTAGTAGTATTAATAAAAACAAAATGAAACATTTTAATTTGACAAACACACATTAGTGTAAAATAAAGAAATAAAAGATTAGATTGTTAAATTTGTTAGAACTATTAGAATAATTTAACAAATTAATATTCAAATAAATGAAACATTTTAATTCAATTAGATAATTACAAACATAAAAGTGACTTACAATTGAGAATAAAAGAAGGATATGTATAGTTCTAAAAGTTATTATAGCAAAAAATATTAAGTCACTGGAAAACTAAAATAAGACTAATAGCGAGTCCACACTGCATGATTTACTCTCGATTTTGGCTCACAGTAGATTTTGAGAAATCGCTGACAAATGTCTGAAATCACAGGCAAATCGGTGCTCGTTTATCTAAGTAACAATCACACAGTGCGAAATATCCAAGACACAATCTGAGAGAACCGCAGATGAGTCGCAGAAACCCTTCAGATATTTGGCATGGTAAATATCTGGAGCTGTCGGCTCTTCAAAATCATGTCGTGTAAAATGTGTTCTGATTGAAAATAAGATTGGCGATCAATGTGAGAGCAGCACCTACTAATGTGGGTATCTGAAGGCAAGCGGGAGCTTGGGGGAAGAAGATAAAAATCCTTTTTTCAGTCTATTTTTACCCCAGAAATGTAAGAAAAAC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Seq C2 exon
ACCAGCTCTGTCGGAGATGTGGACGTCGCACCTCAGAAGACTGACATTCCCCCTTCCTCCCCATCAGCAGCTACAGAACAGGAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000019383:ENSDART00000049437:20
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.123 A=NA C2=0.869
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]