DreINT0045494 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000002365 | cers5
Description
ceramide synthase 5 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-1740]
Coordinates
chr22:5728244-5732257:-
Coord C1 exon
chr22:5732101-5732257
Coord A exon
chr22:5728901-5732100
Coord C2 exon
chr22:5728244-5728900
Length
3200 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGCGC
5' ss Score
9.05
3' ss Seq
ATTGTTAACTGTTGTTTTAGGTG
3' ss Score
8.45
Exon sequences
Seq C1 exon
GATCCTGAACACGACTCTGTTTGAGAGCTGGCAGATCATCGGGCCGTACCCGTCCTGGTGGCTCTTCAACTTCTTGCTGCTGGTTCTGCAGGTGCTACACATCTTCTGGTCGTATCTGATCGCTCGCATCGCCTTCAAAGCCATCGTCAGGGGAAAG
Seq A exon
GTGCGCAAAAAACAACTTCATTTTGTATTTGTTCAGTCGTGACGAATGAAATACTGTTCCCGGGTCCAAGCCTCTACTCATTTGAGAACTCGATAACAGTCTCCATTTATGGCCAATGGTTATTCATATCACATTCAAGGGCTGATTGACTTACGATATAAAAATAATTGTGATGTATTATGATGTTGTGATGTGTGAGAGATCTGCAGAGATCAACAGCCTGAGATATCAAGACATTTGTGCTGCCCATTACATTACAAACCACAGGAGAGGGCAAATTCTCCAGCAGGATAGCGCTCCTTCTCATACTTCAGCCTCCATATCAAAGCTCCTGAAAGCAAATAAGGTCAAGGTGCTCCAGGAATGGCCTGCCCAGTCACCAGACTTAAACATTATTGAGCATGTCTGGCGTAAGATAAAGGAGGAGGCATTGAAGATGAATCCAAATAATCTTTGAACTCTGGGAGTCCTGCAAGAACGCTTTCTTTGCCATTCCAGATGACTTTATTAATACGCTGAATTAATATGTAAAATCAGAAGAGTTGTTGAATAGTATAAAGATCAACACAGTAATTTTAACCTTCCTAAAATAAATCCGTCAAACTTGAAATCATTGCGATCGTGATTTTAATATTGAAATGACACATTATCAGTGTATATTGGCACCATTTTGTTATTCACATTTGACGTCTGATGTAGAGTTTGGACCCAGAAACCGTGTCATGACGTCAGACTGAAGCAGATCAGCCTGTTTTTTTAGCTCTCAGTGAGGAGATTCTCCAGAAGTTGGTGTAGTTACGTGCGTTTCTTCTCTTTTATCTCTTTCTCTTCTGCAGAACTGGTTTGTCTTTTCCCTCTTTCGCTGGCTAGAAGATGGTTCCTGTCTTTCAGCTTCTCTCCCAATAGAAATCTGTCGCTCTTTCTGCTAGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTCTCTTCAGCTGTAAGTCTGCTTTCTTTACTCCTTTCCCATGATCCCTTTTAAAGTAGTTTGCCGTCCCGGATCGTGGGTTTAACCTCCTGCTCTTTTGAGGGCAAGTTGAAGATTTATGTGCGAGAATTGCATATAAAATTTAGGTTACAGAGTTTTTACTTTTTCTTTTTTTCCAGCAAGTTTAACTAATTGGGCAAGTGTAGGCCTAAATTCCTGATATATTATTTATAAATTTAAGACTTTCTTTTTGGAATTACATATAAACTCTCTGTCCAATTTGGATCATAGTATAGTATATTTAGCGTGAACTCAAACTTAACTGTTTACATTTGGATACCATTGGACATTGGATTAATAATTAACTAATACACTAAATGCGATGCAAATTTGTCGAACATACTAAAATGAAAAAAGGTTTGAGGCAGGTTTTTGCAGTATTATGCTAAATGCTATATGCTAATATATTAAAATGTGTTTTAAATGTGCAATAAAGAGGTTATATTTATCATAAGAATTCCAATTAATATCATTTTAATGCATTTAAACTAATTATATTAATTTAGTTAGTATTTTAAGTCATGTTCAAACATTTTTAATGAATCAGATTTTAAGTCATTGATGCTTGTTTTAAGCATTTTTAGTACATGCATTTTGAATATGATTTTAATAAAATAAACGAATACTATTTTTTTATTTGAGAACTAAAATTTTTCTCTTAATTGACATATCTGACAAACATGAACACATTATGTATATTAGTTTGTTAGCGTTTTAATCAAAAACTAAATTTATTTGCAACATTTTTGACTTTATGATGTAACTTACTGTCTTTTATGGCTATTTATAAACACTGTATAAATTAAAATAAAATAAAAAACACCCCCTTGTGATTTTCAAACTGAAAAGTAAATGGGATTTCAAAAATATAGAGAGATTATTTAGCATACAAACTATGAACCATCGAAAATATGCATAAATTAATGTAGTATTGTCATATTTTCATGTTTAAAAAAGAAGCAAAGCACAAAAAACATACTAAAATGTAAAAAGGTTTTAAGCAGATTTTTGCAATATTATGTTAAATGCTAATATATTAAAATGTGCTTTAAATATGCAATAAACAGGTTATTTTTATCATAAGAATTCCAATAAATATTATTCTAATGCATTTGAACTAATTATATTAATTTAGTTTGTATTTTGTCATGTTCAAAAATATTTGAATGAATCAGGTTTTAAGACAGTTCTGCTTATTTTGAGCAAATTGAATAAATTTATTTTGAAATAGTTTAAATAAAATAAACTATTATAAACTATTTTTTTATTTGAGAAGAATTTTTCTCTTAATTGGCTTTTGACAAATATGAACACATTATGTATATTAGTTTGTTAGCGTTTTAATTTAAAAAATATTTACATTTTTGACTTTATGATGGTATGAAACTTGCTGACTTTTATGGCACTTTATAAACACAGTATAAATTAAGAATAAATTATCATCATTTACAAAAAAAAGTCTCACTTCTGATTTCCAAACAGTAAATTAACTGGAAATTCAAAAATAGAGAGCAGTTATCTATTTCTTAATATATTTAGTTATTTAATATTTTCATGTTTAAAAAAGCAAAATACATATTCTGACCTGTACTTGTAAAATAATCTCAAATACTAAGCAATCTAACTACATAATTGTCTATTGTTTTCTATTGTTCAAAAATAGGTATAACCATGTGGCTGGAAGGATATTATCATTAATCTGAAACACATCATAGACTAAAAACATAAAAATAAAACAATTAATTGGCCTTACCTATAGTCTAAAAGAAAAACTAGGAAGATTTGAGTGCAAATGCTGAAGAATTATGCTTTTAAAGCACATTAGCGCCACCTAGCGGACATCCACCGACATTATTCAAAAGCTTGTTGATTTCCCTGCTGAATAAACGGCTTTAACCAGCCTATATTTGCTGGTTGTAGATTTTAGATGGGTTTGGGCCATTTCAGGCTGAGAAATGACCAGCCTAGCCAGTTTACACTAGGCTTACACAAACTGGTTTTAACTGGTCATTTTTCAGCCTGATCAGCTAAGAAACAAGCCTGAAAATGGCTAAACCCCCCCCTAAAATCAGACTGGTCGACTGGCTAAAACCAGCCAACCAGCCTATGCTGGTTTAAGCAGTTTTTGTCGGCAGGGTTGTACACAAAAAAATACACAATAAAATGATTGTTAACTGTTGTTTTAG
Seq C2 exon
GTGTCCAAAGATGACCGCAGCGATATTGAAAGCAGCTCTGAGGAAGAAACTGAAACGTCAGGCAAAGAGCGACTCAAATCTGCCTCGCCGCGAGGAGAAAACGGCACTAACGGTCATTTTGGCTCCAAAACTTGGAGCCAAAACCATAGTGAATGGTGACAATTCGTCCTCGTGGCCTTCGCACAAAGAACTCCAGTCCCAGAAATATGGCGTCGGGACTAATTCCTCATCCCCATACCTCACTCCAACAACCAAAAACACCAACTACAACATCCTGCTGCGGGATTCCTGACACTCCATGGTGGCTTTTGAGGAGTTTTGTTTTGTTTTTTTCCATAAAGACTGTACGGCCACTATGAGAAGCTTGTGAAAGAGAGAAACGATTAAATTAGTGATGTTTGCATTCCCTCGTTTCCTGGTTTTGGGAGACGGTTTTTCCTGCTGGAGACTTTCCTCTTCAGATTTTAATGGTTGGATGTACTTGAGTTTCCACATGCAGTTGCTTTATTTTGTTTTTTATTGGTTGTTTTTTGGTTACTGATGTGTTTGTAATTTGTTTTCCTGTGCTGGTTCTTTTTTTTCGCCGTTTTTTTGTTTTTTATTTTGGAAAACCAAATAAGTTTATTAAAATTGAAAGCTGGGCCTTTTTTCCTGTAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000002365:ENSDART00000011076:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.596
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0379811=TRAM_LAG1_CLN8=PD(21.6=79.2)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]