DreINT0045497 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000053583 | cers6
Description
ceramide synthase 6 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070522-1]
Coordinates
chr9:49217672-49224157:-
Coord C1 exon
chr9:49224052-49224157
Coord A exon
chr9:49217803-49224051
Coord C2 exon
chr9:49217672-49217802
Length
6249 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAA
5' ss Score
8.38
3' ss Seq
TGCGTGTTTTGGTCTTCCAGCAC
3' ss Score
8.82
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTATTGCGAGGCCGTGTGCGCTGGGTTTGAAAATCCAGGCCAATGGACCGCAGAAAGCTCAGCCCAATGCTATTCTGGAGAAGGTCTTCACTGCCATCACCAAG
Seq A exon
GTAAAAACCACGTGTCTTACGGTTAAACACGATTTATTGCTTTGAGAGGGTTAGGCAAACCGCTGTAACACTGTTCTGAGTGGTTTATGGCATTTATAATGACAGGAGAAAGAAATCTAAAGAAATAAATTCAGTAAGCCAGTTTCAAACAGACAGCAGCAACTACTCATGGGGGTAATCTAGCTGTAAAATTCTGTAGTTTTAAAGATCAAAGGGATGAAATTGATGAAAAATAATTGAAGTTATTGTCTTTTAAAAAAGACAATAGAATCTTTTATACTTGTATCATATTTATGGATATTTATGGTGTTTATGCTTATTGTTTATGAAGAGAGAATGTATGGTGCTATGTAGAGCTTAAATCAAACTTCACATACACTGTAGTTACAAAATTGTCACGATACCAAGGTTATAATAGTTTGTTTTATTATTAGTTTTAGTTTTTATTTCGTTTTGACTTCTGTTTTCAAATTCAGTTAGTTTTAATTAGTTTTTAGAGGGAGATTTACTAGATCTGCGTCCCAAATGGCACACTAAACATGTACTTATGCACTTACACACTCAACAGGATAGTATATGTATGTAGTGTTGTCCCAAATAGCACACTAATGTTTTTTTACTAAGCAGAAATTCAAACCGTTTCCTTTGCCAAATCAGTGAAATAAACGACCGAATAATCAAATAATACCTGCCGTGAGTATAACCACATTCACCATCGGGAGGCACTATTATTACTCTCATAGGAGAATTTTGCTTTCTCAATCCACAATAAATAAAGTTATCCAACATGTGCGCCCGATAGCTCCACCCCTTTCGCTACATAAGCAAACCTGCGGTCGTTGAGTGCGTGAAGTGTCCATCATTACACACTTCATTTTAGCGGCTGAATGAGTGCATCATCCGGGTAATTAAAGTGCACTTAATATTTCTAAAGTTTTCATTGTGAACGCACTACTTACACTATTCATACTACAAAATGGCGTAGAATAGCGCACAAGTATGCGATTTGGGACGCAGCTTAGCTTTTATTAGTTTTTATATTTTGAAATGACTCAGATTTAGTTTAGTTTATATTAGTTTCAGTATTAGTTTTAGGTTTTTTTTCTAAATGAGGATATATGTTGGGTGATTCAAAATGAACAGAATAAATATTATATAATAAATATTTAGAGGATACATGAATACTATCATCTACCAATACCAAACCCATCCTCAAATTCAGATACAACAGCCCACAAGATAGCAGCCTTACGTACAATATGTATGCACGGCTGCCTCTGAGGTTAGATACACAGTAGTGATGGGAAGTTCAGATATTTAACGCGGATGTTAGGACTCAACATTATGTAGTCAGCAATAGTAATTTCAGTCAGTTAAAACATCAGCATGATCTAAAAAATGTCTTTCTACCTAACTAAAGCATGATTCACTTATTTAATTTCCATTACGACTTTCTGTTATGAAATAAACTCACGTTTTTCACCAGATCCTCTCATTTAAGCCCTCGGTTTACCCGCGCTGCACTTGTTCAAGTTTAGTTTAGTCACAGCAGGCTGTCATGTACTGTTTGTGTTTGGTTCACTGAATCACGCATGCGCAGTATTATCAATTCACCGCTTCTCAAATTTGATCTCAGTGTAACGTTACTGTTCTAATAACTGAATAAGAGTATATATTGGATTATTTAGAGTCAGAGGGGGGTATTAGGCTTGTTAAAGGGTCACGAAACACCAAAACACATTTTTTGAGCTGTTGACAGTCGTATATGTGTCCCACACTGCTAAAAACACTATTAGGACACCTATATTTCACTAAAAAGTGTAAATTGGTTGTTTTTGCGTTATTTCAAGCAAATTCGTACTTCCTGTTTGAAACGAATTTTTGAAGCTGCGTCACGGTCATGACATAATAGCGTTGTATTCCAGCGTGCAGACTGGGCGTCTGTGCCAGAGTGTGCCTTATTACGTCTTACAGTGTGATGCATTAATGCATGAGTAAGGCTTGGTTCAAACCAATCAGCGCGCTCTATTGTGCAACTTCATTAATATTCATTAGTGTCACCGTCTTTACACCACAGAGACGCCACGTTGTGTTGGCAAAACAAGCGTGAAGTGTTGCTTTTACAGTTTGCTGCCATTAAGTTTCGTTTTCATTTTCTCTCTGTGAGAGCTTATCTGGATCACGTGTGGATTACAGTGTACGCGACGCTCGACAACAATAATTTACGTGTCTAAGGGGGATTATTGTTTACCTGAGAGCTATTCTCATCTGCAAACGCTGAAATCCGGATTCCGGATGTAGTCTTCTCTTCATAAAGACGCGGCTCTAGTTGCTGGTGATTGTCCTGTCTCTACAGATTTGGTAAGTGAGCGACCAGTGCTCTTTGTATATTCAGTTTGTTCGTATCAAATAAGTTAACTATTGCATTGAGTGCAAACATGTTAGCACCGCATTTTGTGACCGGAATAACACACGCGGCTTTCTGACGCTACCTGCTGTGTGCATCTAAGTTTCCGGGAAATGCGGAGTTTTTTTTCTGTCATTCGCCGTGCGGTATCAAACATTGCATGAAAAATACACGCTTAGAGCAGTTCCTCGAATCAAATATCTCATTTGTCGCGAGGGGCATGAATGAATTCCCTGAATGAAAGAGCCGAACTGCAGTTAAAGTCCGACATTTAATAATTTGGCAAATAATTCGACTACAGATGTCCATGTAGGTTAAACACCATCCCTTTCTCCTGTGTATTTTGACTGAAACTCGCGCGTGCCCAAATAGACACTCCCACACCCTCCCACTTTAGTTTCTCCGACACTCCCCCCTAAACAGAGCTGGACACCCCCACTTTTCTGACTTTTTCCAAAGAAGAGGTGTGAAAACACCCTGCTGAAACGAGGGGGTTTCATGGCCCTTTAAAAAGTAAGTAGTTAGTGGATAAGTGCTTACTGGAGACGCGAATCGTTTCAAATGATTCAGTTTGTTGGGGTGAACTCATTCAACCGTTTTACTTAGAAGATCCTGTTGAAAAGATTAGTTTGTGATCGTGATACAGAAATAAAACCCATCCCTGCTGAAAAATCCAGCTTAAACCAGCTTAGGCTGGTTGGCTGGTTTTAGCTGGTTGACCAGCCTGGTTTTAGAGGGGTTTTGGCCATTTCCAGGCTGGTTTCCAGCCATTTCCAGCCTGGTCTTAGCTGGTCAGGCTGGTAAATGACCAGCTAAATCCAGCTAAAACCAGCTTGACCAGCCTGGTTTAAGCTGGACATAGCTGGTTTTGGCTGGGCTCCCAGCCTGGCAAGGCTAGTCAAGCTGGTTTTAGCTGTTCATCTCCCAGCCTGACCAGCTAAGACCAGACTGGAAATGGCTGGAAACCAGCCTGGAAATGGCCAAAATCCCTCTAAAACCAGCCTGGTCGACCAGCTAAAACCAGCCAACCAGCCTAGGCTGGTTTAAGCTGGATTTTTCAGTAGGGATTATTGGGCACAAATGTGTTAAAGTAATCGTTTTAAGCGCCTGTAATGCTGCCACCGTGCTACTGTCTACTATTTCTGTTTTTGTCACGGGAGCAATAGTGAGGATTGACTGGAGGAGAAATGGCTCGATGGCAGCATGATTACAGACTCTGAGGTGCCATACGAGTCAAACACCTGCAGCGCAAATTAGATTTACTAAACGGCTTACAGTAAGATTATGTATTAAATACATTTACAAAGATGAAAACGAAGGAGGTTTTTGCTATAATTGTAGTTAGTTTCAGTTGGTTTTGTATGTACACTATACAGCTTCAGTTAGTTCTAGTTTTTTAAAAACTAGAATTTAACGACAATTTTAACGACAATTACTTTACATTTTAGTTTTCGTTAGGTTTCGTTAACTAACCTTGCATAAATACTTATGGAGTACTAATGGATAGTGACATTTTAAAAACGTCAATTTTCTGCTAACATTTAAGCGTGTTCTTAAACAGCGCTGATTTGCCCTTGTGTTCACATGCTCAACAGAAATGACTCTGATTGGCTGTGAAGATCATAAGTTCACCAAACTCATTGCTGTTTACTGAGTGTAACTAATAATACTGACACTGGAGCATTTCAAAGTCACATTGATCAGCTGTTGAATCACGGCTTTAAAACGATCCAGTGTCCCTGTATCTGTGTTTACACTCAGTAAACAGTGGTGAGATCGGTGAACTCATGACCTTCACGGCCAATCACAGTCGTTTCTGTTGAGCACATGAACACAATGGCAAATCAGCGCTGTTTTTTTATTTATTATATACATAGTTGATGGAATTCACTTCCTTTGAATGTTCGAAGTTCTCCCATGTTGTTATTATATTTTATTATTTATGTATCATATGTTTATTGTCTGGGGACGCAGTGGCACAGGGGGTAGCACGTCGCCTCACAGCAAGAAGGTCGCTGGTTCGAGCCTTGGCTGGGTCAGTTGGCAGTTTTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCCGTGTTGCGTGGGTTTCCTCCGGGTGCTCCAGTCCAAATAGTTGGTGAATTAAGTATGCTAAATTGTCCGTAGTGTATGTGTGTGATTGAGTGTGTATTGATGTTTCCCAGTGATGGGTTGCATCTGGAAGGGCATCCACTGTGTAAAACATATGCTGGATAAGTTGGTGGTTCATTCCACTGTGGCGACCCTGGATTAATAAAGGGACTACGCCAAAGGAAAATGAATGATATCTTTTAATCTTTAATAAATAATCTAATTACACACACTGAGATATATATATATATATGCGATATTATCGATATATTGTACAGCCCTAGATACTGATTCTGAGGTTGACACAGAGTTTAACTTCTAAACTAAAGCAGCTCATATGGAAGAAAGAAGAGTGATGTTTAATTTTTTGAGCTCTTGTATTTCAAAGAAAGCAAATGCTCTAAATGAACAGGTAATGACAGTCTCTGAGCTGTAAAAGGAGAGTGATAGCGGCTCTTTGACGTGCGGGGCTTTATCAGAGC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Seq C2 exon
CACCCTGATGAGAAGCGGTTAGAGGGTTTGTCTAAGCAGCTGGACTGGGACGTGAGGACAATCCAACGCTGGTTCAGACAGAGACGCAACCAGGAGAAACCCAGCACACTGGCACGCTTCTGCGAGAGCAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000053583:ENSDART00000075627:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0004624=Homeobox=PU(32.7=47.2)
A:
NA
C2:
PF0004624=Homeobox=PD(63.5=75.0),PF0379811=TRAM_LAG1_CLN8=PU(2.6=11.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]