DreINT0047220 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000020345 | clasp2
Description
cytoplasmic linker associated protein 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-2343]
Coordinates
chr19:43215546-43221140:+
Coord C1 exon
chr19:43215546-43215624
Coord A exon
chr19:43215625-43220996
Coord C2 exon
chr19:43220997-43221140
Length
5372 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAT
5' ss Score
8.88
3' ss Seq
ACATAAGGATGATGTTTCAGGTG
3' ss Score
3.64
Exon sequences
Seq C1 exon
AGAATCCTTCCCCAATGATCTGCAGTTCACTATCCTCATGAGATTCACAGTTGACCAAACACAGACGCCAAACTTAAAG
Seq A exon
GTAAATGTTTTTACTATCACTGTATCTTCTGTCAGTGTGTGGATGAGCGAAGAGGACGGACAGTATCATGCATTATGCTGGTGCCAGGGAATGTGAAGTATGGTGGATCATGGCTGTCAGCTCTAGATAAAGTGCTCACTTTGAAGTTTCTGCAGGCTGTGTCGCTCTGTGTCAGAGTAACTCCGGGTGTTTTTTCACCCCCTCCATAAAGTCTCATGTGAAAAAACAAGGCTATTGCTTTTCATTAGAGTCTCCAACCTTTGGTTTAGGGTTTAGTGTTCGGCTTAATGCATCGGTAAATTTGCCAGTCACTGCTAATTGCTACCGTTATTATTAATGAGTCCGTCATATCAATCAATCATTCATTCATTCGTTTTCCTTGGGCTTAGTCCCATATTTATCTGGGTTCACCACAGCTGAATGAATGCCAACTATTCTGGCATTTGTTTTATGCAGTGGATGCAACCCAGTACTGGGAAACACCCACACATTCACATTCACACGTGCACTCATACATTACGGCCAATTAAGTTAATCCAATTCACCTGTAGACCATGTGTTTGAACTGTCGGGGAAACCAGAGCACCCCGCAGAAACCCACACCAACACATGCAACCATGCACCAGACCATGCAAACTCCACACAGAAATGCCAACAGGCCCAGCCAGGATTCAAGCCAGTGACCTTGCTGTTAGGTGACAGTGCTAACCACTGAGCCACCGTGCTGCCTTGAAGTTGAACAGTTGAGTTTGCTTTGAATGTTTTCAAAACTATCTCCGTTCACACAGATCAAACGAATCCAACAAAAGCACTGTGCTCTGCATGCTAGGCCTGTAGTCGCAATAGCATTTTGTACAGAAACAGTTGTATTGTTTAGGTCAGGGGTCACCAAACTTGTTCCTGGAGGGCCGGTGTCCTGCTGATTTTAGCTCCAACCCTAATCAAACACACCTGAACAAGCTAATCAAGGTATTACTAGGTATACTTGAAACACATCGAGGCGTACAAGTTGGAGCTAAACCCTGCAGGGACACCGGCCCTCCAGGGCGGAGATTGGTGATCGCTGGTTTAGGTGGTCAAGCACTTGTGGATGCACATTGACAATATGCATGTGCGTGACATCACCATTTGATCACTAAATTACTTTTTCTTTTTTTTAACTTTTTTTTTTTTTTTACCCCTTTTTCATGTTGAAATACTAATCTTATCTCTTTTTTCACTTTGAAATGTTAATGGTACAATAATTTAAATTATTTCTCCTTACTATTTATTAAGTTTTGATTTAAGTCATTTTAGAGGTTCATCTTCAACTTATTTTAGTTGAATATTTCTCATTGCCAATATTATTTCTGTATTTTTATTTTTAGTATTATTGTTATACTTTTTTATTATTAATTCTACTTAATATTTTTGTCTTAATTTTAGGCAGTTTAGAGGTTCATCTTCAACATATTTTAGTTAAACATTCGTATTGTCAATATTATTTCTGCATGTTATTTATTATTATTTTGTTTATCTTATTTTATTTGTTTTTGCTTATATTATTTTGTGATTTATTATTATTATTGTTATTTTTCCTTAATATTTTTGAAGTCTTGATTTTAATAATTGTAGAGGTTCTTCTTAAACTTATTTTAGTTGACAATTTCTTATTGGCAATATTATTCTCTTTATTTTATCATTATTATACAATAATTTTTATTATTTCTTTATAGTTGATATTTTTTTAAGTCTTGATTTTAGTAGTTTTAAAGCTTAATTTTACACTTATTCTAATTAGTTCCACCACACAATTTGGTTTTAATTATTTAAATTAAGTAATTTAATTGAACACAAATTTATTTATGAATTTTTTAAAATATATTTATTTATTCAAATTTATTTATTTTCCAATTTGTTTTATTATTTTTTACTTTTGAGTAGTTTTTTTTCCCCAAAAACAGAACTGCATGCTGCTAAACCTTGCACATAATGTAATGATAGCGTAAATATGAACAGGTAAATTCCCAATACTGGCCATTATTGACAAAAATAACTGTAAATAAAAAGCTGAATTTGAGAGTTTAAATAAACCTAAATGTACAAAAATGATTACAAACAAATCATCTTTGCCTCAAAATCCTCCACCAGTCCCATATCCACACACAAAACCAACTCTTCTTTTACCAGATTGTCTCCCTCTTTCATCATCCTCCTCACATCGGCATCTTTTTCTCAGCAGTGTGTGCTGCTCTTCCTCTTTCTTCTCTGTGTGCATGTGTGTGTGTGTGTGCGTGCATGCGTGCGTGTGAGGCGTTTCTTATTGACCTGCTCTCCCTCTTTCTCTCTGAAGCCGGGGAAAAGGCGATGTTGCCGCTACGGTGGCGGGGCTATAGAATTGCTTCCCCTCAGAAAGCGACGGCATGTTTGCACACTGGAGGAAAATATCCAAGTGTGGAACCAAGCAGTACAGGTCAGTGAGACACAGGGGAAGCAATTCTATACCGCGCAGCTCCCACAGATCAAACCCCTCAGCAAAGCCAAATCCAAATTACCTAGAAATTAAAAGATACCTCCAAACCTGGATTAGTTTCTTCCCTTCTGTTAAGGCAAAAGGTCATTACTGTGTCCCAAATGGCTCACCTAATTATGCACTGTGTAATTATGCGCTTACACACTCAACAGCATAGTATATGAATGTAGTGTTTATTTTTTATAACCGTTTATTACTAATCGCAAATTTAAACTGTTTCCCAGATTTCTCAGATGTTCGACGGGTACAAAATTAGTGAAATAAATGACCAAACTACCAATTAAACCTGCCATGAGTATAACTGTATAACCAATAGGAGGTGCTATAATCACTCTCGTAAGAGAATTTTGATTCACAATCTAAAATAAACTAATGTAACTTCAGTGCCCGATAGCTCCGCCCCTTCTGCTACGTGGCAAAGCTGCCACCGTTGAGTGCGTAAATTGTCCAACATTCCACACTTCATTTTAATGCTTAAATAAGTGCATCATCCAGTATTTAAGCTGCACTCATTTTTTTTATAAAACAAATTTCAGTGTGAATGCACATCATATTGTAGTGCATAATAGACTGTTTATGGAACAAAGTAGAGCATTTTTTTAAGTATCTTCTTTTGTGTTTAACAGATGAATGCAACTCATAAAGGTTTGTAAGTACTTAAGGGAGTTTAAATCACCCAGAAATAATTTAATAATAATAGTTCTAAACCTGTATGAGTGTCTTCCTTCTGTTGAGTGCAAAAGAAGATGTTTTGAAGAATGTCTGGGGGGAAAACTACATAGTCAAAAATAACATTTATCAAAGAAAGTAGAGCGTTTTTTTTAAAGAACCTTTTTTTGTGTTTAACAGACGAATGCAACTCATAAAGGTTTTGTAAGTACTTAAGGGAGTTCAGATCACCCAGAAATGAAATAATAATAATAATAATCATAGTTCTAAACCTGTATGAGTTTCTTCCTTCTGTTGAGTGCAAAAGAAGATGTTTTGAAGAATGTCTGGGGGTTTAAACTACATAGTACAAGTAGAGCATTTTTTTTAAAGTATCTTTTTTTGTGTTTAACAGTTGAATGAAGCAGGTTTGGAAGTACTTAAATCGAATTTAAATAGTGACAGAATTATTATTTTGGTGTGAACTGTCACTTTAAATACTTCTGAAACTAGATTTGGAAGATTTACAGTGAGAGAAGTTACTTGGAGAACAGTTTCACTGATAGATCTGCAAATTTCTAGTCATTATTGATAACTTTTACACGCCGTCTGCCTCTAGCATGTATTTTAATTGAACATTTTGACTATTTTTAATATTTTAAGTGGCCATTTATGGTTTGATATTCACAACAGTGCATGCAAAACTGTTTCTGGTACAAAGTATAATATAAAGGAAATTTATTTTTGAACAAAGCACTAATTCGTCAGCGCCAATAGCCAAGTGGTTGTAGACGCCTTAGTGCGTCGACATATAGCACCAAGGTGCTCGCGGCGGCCCGAGTTCAATTCCCTGCTTGATGTCCTTTGCTGATCCTCATACTTTCCTGTCTGTAAATCTCCACTGTCCTATCAATAAAGGTGAAAACTCTTATAAACATAATTTTATAAAAGTAAATAATTCAACAATAGTTCAGGTTGTGGGGCACATTCAGCGTGTCAGGCATCATAGATGTATACTGTATATAAATAGATCAGTTTTCACACAAATATCGTATCAAGCCCCACAATTGGGTTTCAACATTTATAATAATCACAAATGTTTCTTGACCTTCAAATCATCTTATTATGATGATTTCTGAATCATAATGTGGCTGGAATTTCAGCCTTGCATCCCAGAGATAAATTACAATTGAAAATGTTAAATCAGAAAACCTCTGTTTAAGTTGTATTAATGTTTCCCAATTTTTTAATGATTTTTTAGCAAACAAAAGAAGCGCGCATAAGAAATAAAATCAGAAAAAAAGAATAACAAATGCTGACCCTAAACTTTTGAATGGTGCTGCAGAAAATATGGAGGATAAAAGTGATTTATGAAGCCTAATTATCGCCATGACCAGTCAGTCTTGATGAATTGTGTTATTAAACGCTTGATGTTTTTTGAGAGAGTGAAGCATCCGCAAATGAGAGCAGGACACACAACCCCTGGCTAAAAAAAAATGTACAAAAGTTTAATCACACGCAGCGCGCTCACACCGCCTTCCCCCTGCTGTCTTGCTTCCTTTCATGGATTTGTGAATCTCTGTGAACGTGTGGCTCTTTTGTGTGCTTGGACTGCAGCCTTGATGGATGCTGATGATTTTTAATGGGGTATATGCACAGCAGCTGTTTTTCAGCCAATCATAAACTTCCGGTGAAAGGTTTATGTGACTTTTTGTTTGTTTGTTTCATTAGGTTCCTTTCACAGCAACGATGTTGCAATGTCATTAAAATGCAATCAGTTAAATAGACTTCAGCATTCAATTAGTTGTTCAAGTGTAAAACAAGATGAAAGACTGTGAAA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Seq C2 exon
GTGAAGGTGGCCATTTTGAAGTACATTGAAACACTGACACTACAAATGGAGCCGCAGGATTTCGTCAACACGGGTGAAACCAGACTGGCAGTGTCGCGTATCATTACGTGGACCACCGAACCCAAGAGCTCAGATGTCAGAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000020345:ENSDART00000144557:26
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.028 A=NA C2=0.007
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF123483=CLASP_N=FE(11.4=100)
A:
NA
C2:
PF123483=CLASP_N=FE(20.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]