GgaINT0099691 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011995 | CLASP2
Description
cytoplasmic linker associated protein 2 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001170856]
Coordinates
chr2:45272219-45276858:-
Coord C1 exon
chr2:45276780-45276858
Coord A exon
chr2:45272363-45276779
Coord C2 exon
chr2:45272219-45272362
Length
4417 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
AACTGTATTTCTCTTTACAGGTA
3' ss Score
11.27
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAATCATTTCCAAATGATCTTCAGTTTAGCATTTTAATGAGATTTACTGTTGACCAGACCCAAACACCTAGTTTGAAG
Seq A exon
GTAAGAATTTTTAGGCTTACGTGATGAACAGAATCATAATTCATAGACATTTGATTGTGTTACTTACCTTTGGATTGTTATTTTTGTTTTCTTTTGTTTTACAAAAAAAAAAAAAAAAAAGATTTTCAATTAGTGGATTTTGTTTTTGTAAACTTTCAGACAGTCAAGCCAGCACTACAGGACCAGCTTCGCTCTTTTTGGAGCTCAAAGGTTTTTGTCTGAATTATTGTCTTTATTCTTAACCCTATGTCAAAACTCTTACAGTGTTTCCAATACTTCTTATTTGAATGCATTCATATGCTGCTACTAACCTTTGCGAGAAACTTTAAGCATGCAGATGTTTGACTTTAAACATTACACTACTATGAAAATGTTTGCTGCAAGTGAGAGCTAATAAAACCACAGTACAGTAAAAATGAGCAAGAAAAATGTGGCCGCCTAACATCAAGCTGGTTATGCAAACTCACTCTATTGAGTCTTCTAATTTTATGTTTGTGATTTCCCAATACTGTTTTCCTAGTCCATGTATAAGTTTTCCTGTGCTTAGCCTGTTAGTTCTTAAATTCATTTAAGACATTTTAATTTTTTGCATTAAAAACATGCTCCCTTTATAGTACCCTCACTTTTCTGAAAGCCGTGTGTAGCTTTATATGTACACACACTTTTCCATCTTAAAAAGCTCTACCTGAAAAAAAACCTGAATCCTGTAGTACGTTTACATTTATAAATGATTTTAGGATAAGTGCATCAAATCTGAAGATGTACGAGTGAGATAAATGGGGAAATAACAAGCATATAGCTGGCATTTTCTGCTCTATCCTGCACGAACTGTTATTACGCCATTTGATGCTGCACAAAAATATGTTTTTTCCAAATTGTGTTGAACCTAAAGTCACATGAATATGCCTTTTTTGTCTACAATACAGTAAAACTTACATTTTTAAGCTTTTGAGGACAGTTGATACGTTGACCACTGTTGCTTCGTAGAGCTGTGTTAAAAAGGGACTGCTGTCAATTATTGAAGACAGCAAATGAGGTAGTAAAAATCAGTTTGTTGTTTAAATAAATCCTTGGAACAAATTGGACTTGGTTTTATTTTACTTGGTTTTCCTCACCAGAAAGGTGAATTTGGTGATTGAGATATTCTTTTTGGGACAGCTAATTATCTAACTGTTACAGAGAAGGTGAGTTTTTTCAGAAGAAAATGTGCCTGTCCCCCCATCTTCTATCTTTGCTAGGTAATTACAACTTCAGATCAAAGCAGTGAAGTTACTGAACTTAAATTGCAAAATTATTTGTCTAATATCCACATTGAATGTTTTGCCAAAATTTCATCCTCAGTGCACCCAGGTATCTGAGATTAACTGAAAATCTTAAGGTACTACTCTATTTCTTGGGATCTTCAGCGTTTGTTTTTTCTCTGAAAAAGGAGATAGTTTTGGTTCAGGATGTGATCAAATCAGAAATTTGCTTCCATTGAAGGATTCCTTCCTGCATATGATGCTTCTTTCTTGTTTTCATGTGGAAGTTCTGCCAATCATGATCCTTCGGATTATACTGTCGTTGTCATTGTTTAACATTTACACACACCTAAGCCTTGGAAAATAAATTCAAGCTTTTAGAGTTACTACAAGAGGTGGATTAGGATAGCTGACCAAACAGAGAGATGTTATTCTACTGACATAATCCATGGAGGATGCAGCATGGTGTATTGTGTCCTGTCTTACTCAACCGCATTAAATAAACATGTAGCTGTGGTGAACTGCTGAAATACAGTTTATACATGTATGGTGCATGTATCTGTTTTGGTCAAATTTATGCATGGGCACAGTAGTCACATGTAATAGACAGGATATAATGTATTAAGCTTATTTTTGCAGGTACAGAACATGTTTTCTTATGGACAAGTGTTGTCCTGAAAAATACTTCTAAGCATCACTTGCATTTTTTCTCAGGCTGAATATGGGATGGCTCACATACAGAGAGGAACTGTTAATAAGCATTTTGGCCAAAACTTGTTAGAAATTTCTGAACCATTCTTTCCTTTGAAAATATGGATGTCTTGAAATGAAACATTTTTTGCTACAGTTGTTTTTTTCCCCTCTAAATTCATATTAAATTTTCTGGATTAAAAAAATAAAAAGACAAAAATAGAGCACATTCATGGAGATAAGAGAGCCCTTTAAAACTCAATCATTATGGTTATTGGAGTCATTTGGTTAAAGCAAGATAGAGGTGGTATCAAAGTAACCCAGGTATTAGGACCTATCGGGGTCCTATAGGTATCAGGGATGTGGCAAGCTGGAAAACACTGTGATTGCATTTGACCTGAGTAAGGGAGAGTTCAGTCTCTTGCATCCTAGAAGAGTGTTGCTTTGTTGTAGATGCCTACTTTGTTGTAGACACCTACTACAACAGAAGAGTGCTGTAAGAGGTGGACATTTGTCTATTTTAAGTAAAGTATTCTCTACATTCCTTTCTACTTTTTCCTACTAGGTGGAACATTTCTGTGACTTGTCTTTATGGAGAAAATGAGACTCAGTAAATCTAAACTGTTTCACAGGACAGGAAAACAGTTTGCCTTCTGACACTGACTGTGTAGCATCCTTACAGTATTTCCTCAATCTTTGTGGAGATGAGTTGCACAGAATATTTTTGTGCCCAAATTTATCTGTGAAAGATGTTTATGGAAACACTTCGGTTTCATTTATCCAGTTTTTGTGAATAATAGTGCTACCTGAAGCTTACTTTATATTTCAGCTCACTTACTGCAACTGTGCTATTAAAGTGTCCATCTGTGTTGTATACTGTATAGGAAAAATATTCGCTTTCTCAGTGCTCGTAGTCCGGATAGATGCAATAAATTCAGCCTGCAGCATACAAGTAAAGTCATGGCAATATTAAACAGCTTCAGAGACAGTGGTTTGAGATTAACAGCAAATAGTAATTTTAAGAATTCCTGCAGCTGCTTTCATTGCAGTTAAAAATCATTTCTCTCGGGTCTTGTAGAGATAAACTGGATTGTTAAAAGAGAACTATTGTAAACCTTTTATTTCTGATCTCAGCTGTACTCTCACTTGTTTGTAGTAGTGACTAAAATGCATCCTAGATAGATTTGCTGCTCTCTCAGAGTTTAATTTAGAGTGTTTGATATCAGTAATATGTGCGTCTCATTATAGGGATTTTTGTGATTTCCCTCTTTGAAAGAATCTTGCCAATAGTGTCTTCTTACCGAGTATGTTGGTATTGATTTGCCTAAGCTGAAAAGCTCTAGCTGTTGGTTGTCGTGTAACTTTGAAAATGTCCAACTTTTAACAGCTGCTGTGAAAATGAAGTGTTTATTATTAATGTGAATGTATCAGCTGTCAGTAATGTGTACATCATTTAGTGTTGTATCGTGTGTTTAACAGCTTGGAAGTTTTGATGACCGATGGAAGTTGCTAGATAGCTTTGTTCAGAACACTACAAGCTATATATAATTGAAATTATGCCAAGAGCTTGCTTTCTTTCTGCTTATGAGGGACATTTGTTTCTCCCTCCTGACAGCAGGTTTTATTTCCACTGAGCCAGAAGTACCTAAGTTGAAAAGGTTGCATAAATGAATGTTAACCACTTTCTTTGATGGGTTGAATGACAGTTATCTCTGGAGCAGCAGGAACTGAACAGAGAATGTTTAAGGGACTTACAGGCATAACAACCCTTCTACTACAGCTGTGCAGTGATGCAGTTTTGAAGAAACTAAAGAGAGGTTGCAGTTGGGACAATTAAAACTGTAATCCTGCATAAGGGGAGTCAGTAAATTCAGTGAAGGATGTCTGGGCAGTTGGAAGCCTAGAACAGCTTTTCTGTCCTTCTGGTAAACTCATGTCTATCTCCTTAATATCTTCAAAGGAAAACTGTTCATGTGTCTAGGTCTTTTGTAGAAATTCTGTTCCATACCTTTTAATTTTCAGTCAGAAGATTCCTAGAGCTTATCTCCAATGGTACTGACTGCTGAGCACTGGTTTTCATAAAAGGGTGCTTAGTATTAACTACATCATATTCTAACTCACCTGATTATTGGTTTATCAGATCATGTCCTTTTTTTGTTTTAGTATTTGAAAGAAGTTCTCAATAGTTTTGAATATGCGCAAATGTTTTGAGTACTTTCATTTTCTGTTTGTTAAATGAACCATTATCTTTTAGCCGCTACCAGTGAAATCTGAAATTTCTATTCATACAGTTTCTGTAGAATTTCCTTCTTGAAATAATGTACCTCTCTGTAAATTAATTCGCTGCTTGAAGTTTTATGCCAATGCTGAAAAGACATTTAGGATAATTAAGTAAATATTTTAGAGAATGTGCACTGTGTTCTGTAAGCACTCTTGTTCTTGTAGCACAGTTTTTATTGTCCACCTAACTGTATTTCTCTTTACAG
Seq C2 exon
GTAAAAGTTGCAATTCTTAAATACATAGAGACTCTTGCACAACAGATGGATCCAGGGGATTTTGTAAATTCAAGTGAAACTAGGTTAGCAGTGTCTCGAATCATCACCTGGACCACAGAACCTAAAAGCTCAGATGTTAGGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011995:ENSGALT00000019569:28
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.032 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF123483=CLASP_N=FE(11.5=100)
A:
NA
C2:
PF123483=CLASP_N=FE(20.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]