DreINT0047551 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000070584 | clic5b
Description
chloride intracellular channel 5b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-2542]
Coordinates
chr20:44066890-44071781:+
Coord C1 exon
chr20:44066890-44067071
Coord A exon
chr20:44067072-44070688
Coord C2 exon
chr20:44070689-44071781
Length
3617 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
CATCCATTTTTTTCCTGAAGGTC
3' ss Score
9.11
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCTGGAGAAGGGTTTGACAAAGGCACTCAAGAAGCTGGATGAGTACCTGAACAGTCCTTTGCCTGATGAGGTTGATGCCGACAGCATGGAGGAGGAAAAGGCCTCCAACCGCAGGTTCCTGGACGGGAACGATCTGACTCTGGCAGACTGTAACCTGCTGCCAAAACTCCACATTGTGAAG
Seq A exon
GTGAGCTGAAGCACTGAGGGGGAACCTGTCATTAGTTTTGGCCAGTGTAGTGGCTCGAGGGTTACCATAAAGATCTGCAATACCTGGAGAGAGAGAGAGAGATCTGTTAGCATTCCCATTTATCTCAATGGCAGGTTTAATTCTGCTCTAATGTTAGACAGTCAATGGTGGAAGATGCTTTTGCTGCCAGCCGGTTTAGTTTAGACATTAATTAGATTAGATTAGATTCAACTTTATTGTCGTTACACATGTACAAGTACAATGCAACGAAATGCAGTTTAGGTCTAACCAGCAGTGCAATAGCAGCAAGTGCAGGATACAGGAATAAGTTATAAAGTGCAGTTATAGAAAAACTATGGTGATATTTACAGATGGATGTACTATGAACATTATATACAGGTTGAATAAGCTATGAACAGATTTACAACATATAAATATATGTGCAGGTTGCTATTAATAATCAGTAGTGTGCAGATAGATAAACATGATTACAAGTGTATATGTTACAATATATGAATATATGTACAGGTTGCTATTAATAATCAGTAGTATGCAGATAAATAAGCATGATTACAAGTGTATATTTATAGTGGGTGTGTACATAATTACAAATGTCCATATGCAGTGGTTATGTACAGTTCAATAAGTAAACAGTTCAATGTGGTGCAGTAAATGTGCAAATTTTTAAATGTGCAAATGTTAAACAGTGCAGTTATTGCGAGGAGTTTAAGTTAGAGGAGAGTGGGGGGTGTATTGGGGGGCAAAAGAGTCAGTGGGGGGCAAAAGAGTCAGTGTGGGGCAGAGTTCAGGAGGGAGACAGCTTAGAGAAATGGTGTTAAACCCAATATACAAATTAAAAATGTTTAGTTAAATAAATAGTTCACCCTAATATGAACATTTCCTCACCCTCCAAGTAGATTTCTGTATTTTGTTGAACCCAAAAGAAGATATTATGAAAAATGTTGGGGGAAAAAAACGTCATTTATAGCATGAATACAAAGTCAATAGCTGTTTTTTCCAACGTTCTTATGAATATCTTATTTTGCGTTCAGCATAAGGGAGAAACTCATGTTTGGAACAAGTGGAGGATGAGTAAATGAATGCAGAATTTTCTTTTTTTGGTGAACTAAGCCTTTAAAAGCTTTCAAGGCTTTGCTTAATGAAGCTTCAAAACCTTAAAAGGCTGCAAGAACCTGAAGTTGCTAAAACATTTTTTTCAGTATGTTGATGTACTTCCAACTAGTGCTAATGATAATAATGATATATATATTTCGATATCAGCTAATGCTTCCAGATTTAAAAGAGTATCCCAACAATGACTGAAGCCACAAATGAGAGGGTGAATTAAACAGCTTATCCTATTTTTGTTGGTCGATAATGTTTGACGGCTGAAAATTTGATGCATCTCTAATATCAACACACTTCTAGATTCTCATTGTTGTACATTCCTGCTGTAGGAATGGCTCTTAGATCAAAATAGAGTAAAAAGTCTAGAACTTATCATTGTTATTGATATCAATTTTATTGCAATTCGATATAATATGGTTTAGTGGCCCCGCACTACTTCCAACTGAAATAGAATATTGAGTAAGGGCCTTGGCTTTCTTTTTGCACATTATTATCTCATAGCAAACTAATAGAAAGCGTGGTTAAGAATATTGTGGTTGAAGCGTCAAACTGACGTCAACAAAAGACCATGTGGAAGCAAGTGGTCAGATTTTGATTGAAGATTACCAAAACATTTTTTTTTTCAGAGGATTAACATGCATGGACTAATTGTTCACCTTAATCTCAAAAAAACAAACAAAAAAAAAAAACACTGTGAATTTTGGTTTCATGTACACTTTGAAGACATTCAATGATCTATTAAAAGCAACAGCATTGCATTTAATTCAATGCTTTTTTTAAACTAATACAGTTCGAATGTACAGTATTAGTTTCTAGAATGAGTGCTCAGAAATCGTTATAACATGCTTAATTAGCCTCATTATATCTTAATCGTGCTGATTAATACAGTACATTTAAAAAACATCTTTGATAAACAGACTTAGATGAACAGAAAAATTTATTCATTTCAAATACAACTATGTTTTAAAATTATTATTGTTTTTACCAGGCATAGAACAGTATAAGATTTTGACTGTATGATAATCTTGATTAAAAATATCATGGTTTGAGGGTATTGTGATTACTGCTCTAAAATATATTCTTTGTAAATGTCTGGGTAAAAAAACTACAACTTTTTCCCTTTGAACACAATATATTTTATTTTAAGAAACATTTAAGATATTTTGGAGCAGTAAACATGTCAGGCTAAATAATGAAAATAAATCATTGCCTTCTGCTGTCTTCATTAGTTTTAAAAACACAGATTTTTTTTACAATTTAAAGCAGCATTTTTGGAGATCTTTTCTGCTGGAGAAACTGTTGTCCTAAAAAAAAAAAAAAACGTAAATAGAAAAATCTTACTCAGAATGTACTGTAGTAGGGCTGAGCGATATGGCAAAAATGCACTCTCGATAATTATTTTCCATATTGATTGATAATGATATATATTTCGATATAAGTTGTTAATACTGTAAGATTTAAAAAGAGTACCCCAACAATGACTGAAGACACAAAAATTAGAGGGTTCATTAATTGGCGAAAATTTAATGTGGTGGTCGAAAAGACATACATTTTATCGCTATTCAATATAATATTGTTTATTGGCCCAGCCCTATACCATAGAAATGGTATAGGAGAAGATTTTGGTGGTTTTAAAATCTTGACTTGATGCTTCCTTGATGGATAATGCACTAAAAAAGCAACTAAATCTTACTTATCTTAATTTATTATTTGAAGCACATTTAGCTTGCATTTCATTTTAAGTTTATTTACAAACTAACTTTCGGATCACGTGCTCATGATTGACCACGGCTGGTCCCACCTTAACTATTATTTGATTTACCAATCAGACAAATCCAAATGCACATAAATAACCACATTTTCCTATCTTATCCTACCCATTCACCCCTACTCCTACCCCTCGTTCCTAGATTAATGCAGGACAGAGCAGCACGGTGGCTCAGTGGTTAGCACTGTCACGTCACAGCAAGAAGGTCACTGGTTCGAGTCCTGGCTGGGCCAGATGGCATTTCTGTATGGGGTTTACACGTTTACCCTGTGCTCGTGTGGGTTTCCCCTGGCTGTTCCGGTTTCCTCCCATAGTCTAAAGACATGCACTATAAGTAAAATGAATAAACTAAATTGGCCACAGTATATGAGTGTTTTAGTACTGGGCGTTCACCGCATAGCCATATGCTGGTGTAGTTGTCAGTTCATTCCACTGTGGCAATCCCTAATAATCAAGAAATATGCCGAGCGAACAAATTCAGGGGAGCTCTTGAGACCTACCTGAGCTCAGACTCCTCTCTCTCCTGATGAAACGAGAGGGAACCCCGGGCTCTAGGATCTCTTGAGCTCAGAGCTCTCTACCGGTACAGCATGCCAAACACGCATTATTATCAACCATCAGCTAAGTGTGAACTCTTGAAAGAGAATTAATCTCAGTCTTTTATAATTATTTAATTATATTTATAGTCATTAATCAATTGTCATCCATTTTTTTCCTGAAG
Seq C2 exon
GTCGTTGCCAAGAAATACCGGAACTTTGACATTCCCAGTGACCTGACCGGCGTGTGGCGCTATCTGAACAGTGCGTATGCACAAGAAGAGTTCACCAACACCTGTGCTGCAGACAACGAGATTGAATCTGCATATCTGGATGTGGCCAAGAGGCTAACCAAGTAAACAGATCAACAAATCTGACATTTGGGGGGCTGGGGAGATGATGTTTTCCATGTAATTCAAAATTATTAATCTAAAACTACAAGCAATATGTATTTTCATTCATCAAGAGCCCTTACAATATCACGTAAGGACTGGTGCTTTGATATAATTCCGAATACTTCATTTGTGGACTCAAATGGGAATGCAAAATATCACCCAACACATATTTATCTGTTGCTCATATAAAAGCGATTGTTGTGTCTCCATTTAAAGAGACTTCTCTTAACACTTTTCTGACTCTCTCTCAACATAACAACTAGTTGTCCATGTTTTACTCTGTTTCTGAATTCTTGTACTGGTTCTTGAGACATGGGACAAAATTACAAACTTCAGAATTAAATATTTACACCACTAGAATATTTATTTACTAGAACAATTTGTTTGATTCAAACCATACAACAATGCGATTCAGTTGTAAATCTTCATACATATTAAACTGTGTCTGAAATTTAGATATGCATTTCAGAATAACATTTTGATACTACTGTATAATACAGATGCTCCGATCGATTGGCGAGAGATCGGTATCGGCCGATAATCACATTTCATGACTTGATCAGTACTCGCCAATCTGCCCAATCTCATAAGCTGATAATTGTTTGTTTAAAAGCAGAGGACATATAAGAACTGAAATCTTTTTATATATCAAAACTGAAAGTTCTGTGTTTTCAGCAATATTGCAAGTTCATGAAAACCTAGGGAAATAAAAAAAAATGTTTTTACCTTGAATATTTAATATTATAACTTATCATAATATGCTCTTTGCAAAAAACAGTTAGTTCATTGACCCATACTTTTTTAGTAAAGAAGTAATGGATTTATAGGCGTGCAATTTAACTTCTTATCCATCAAATATGCGCTCCAAACTTCATTGGGACATGTTGAATTC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000070584:ENSDART00000037379:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.262 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134101=GST_C_2=FE(45.5=100)
A:
NA
C2:
PF134101=GST_C_2=PD(17.4=41.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]