DreINT0048954 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000009014 | col11a1b
Description
collagen, type XI, alpha 1b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070912-607]
Coordinates
chr2:15731385-15735867:-
Coord C1 exon
chr2:15735814-15735867
Coord A exon
chr2:15731493-15735813
Coord C2 exon
chr2:15731385-15731492
Length
4321 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGT
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
TTTTTGCTCTCCTTCTCCAGGGT
3' ss Score
11.41
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTCCTCCAGGTCTTCCTGGCTTGAAAGGTGACCCTGGTTCTAAGGGTGAAAAG
Seq A exon
GTATGTTTTAACAAATAATTCCCTTTTTTAATATGCAAATAACAAGGTGCAACAATTTTTAATGTTAAAAACGTATTAATACATAATTGTTTTATGAGAAAAGGGTTTCTCAAAGTCTCAATTCAAATGTTAATATCTGAATTTTTTTATTGGCTACTGTATGTTTCCATCCCAATGCTCCATTATAATGCTGATGTCTTAAAATTGCATGACTTTTCTTATGCTTACACTGGAATTTATTTTGGTAAATGAGTCTCCGTCGTAGTTTATGCACATATTTTTAGGGAATATTCCAAAATTCACAATAAAATAGGTGGATGGAAACATAGTTAAAGTCAAAGTTCTAAAAAATATTGTTATTGCAAATATGTTTTTAATCAACATGCAAATGCTATAAAAGATTAGGTTCCTATTGCATTTAAGATACAAAAAAGAAAGTGGCAAAAAGACAAGTAAACTCTTCTTTTTTTTAGTGGAAACTGGCTTCCGTATGTGTGCCGTTACAGAAAACATAATACGCTAACTGGATGTGAAACTTTACATATCACTTTTGGCTTTATTTTGGACCATTGCCAAAAAAACTAAAAAACTAATAAGATTAAAAGTTTAACTTGCGTTTGTTAAAATAGTAACATCAAAATAAGTTGTTATTAGTGACACTGGTGGCTATTAATTGAACTGCAATTCAGAAGAGGTTATTAACATTTACATTACATTTAGTTATTTAGCACAGTGGTCCCCAACCTTTTTATCACCGGCTGGTCCTTTTTGGACCGGCTGGGGGGCTACCATCAAACGTTTTCTAAGAGGATGCAAAACATTGCTGTCACTCTGATACAAGTTTTATTTATGAAGAACATTACAAAGCACAGCATTGTTTGGTTGTTCTGTGTTTGTCTGGGATTATTAGTTTACCGAAATGTGTGTACCCATACAAAGTATGAAGCTGAACGGTCAGTTCTTATCTTGTGACTCGCTGTGCGCTCACGTTCATTCAACTGAGTCCATCTGGAAGGAGCCAGCGCATGTCTCTATTGGAAATAATGGCCTTGCGTGAACTCTAGAAAAGACAGGATATGCGAACAGCCCCTAAAAGGCCACTGTCATTTGCGATCTCAAGCGATTGATCTTCTTGCACAGATACTGTGGATTTACCTGATTTGTTGACAAATGGGTTGTGGATCTATTCCTTGGCAGTTGGCGGGTCCTCAACTGGGCCATTTTCCCTTAGCAAAGAAACCTTCCGAAGACGTCTGTTTCTTACTCATTTTGCTGCTTGTGGGTTAAATTTGGGTGCTCAAGTGACCAGAATGTACATGGGAGAATCCGATCATTTATCAAAATAAAAGATTTTTTAAAATAAAAGATCGTTCAGACTTATATAATAAAGAAAAATGAAATAATTGATGATTTCTTGTGTGGCCCAGTACCAATTGATACACAGACCAGTACCTGTCTACGGCCCGGTGGTTGAGGACTACTGATTAAGCAGATTCTTGTGTCCAAAGCGATTTACAATTGAGAAGATATTCATCGATTCAATAAGAAGAGGCAATAAATAAAAGACGTTCTAGTTATACAAAGGAACTGTTAGTGTTCAGAGAATTAAGTGCCAGTGTAAGGAGGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGATAGAAAGAGAGAAATAGTGTTTTACAGATGGTTTGTCAAGCCCACTCACCTATGTAAAGCACACTTTGTAAATTGACTTTTTTTTTTTTTTTTAGAAAAAGTGCATTTAGTTAAAGTTTCAGAGAGATGAAGTATTGGGTTTTCTACAGGTGGTTTGTCAAGTCCACTCACCCGTGTAAGGCAGACACAGAATTGATAATGTTTTGAGGTTGTTGTGTGGTGTGTTTGGGGACTTGGATGTTAGGGTGTTGGGGGGTTAGGTGGTTGCGGAGGAGGTGTTTTTGTATTAGCCATTAAAATGACACCGTTTTAATAGTTTGATTATAAAGTGTGTTTGGAACTATAGACTCTGTAGATCTGGATGTGTAACAATTGTCAAAAAATGGTAGAGATGGTTTTGTAAGGTTTGTATACATCCATATACATGTATATTTACAACACAGAGTTCAGTTAAATGTTAAAGAGGCGAGAGCAACTGGCCTTACTGGCATCAATATTTCCAATAAAGTGATAAAGTATAAACAAGCTCTTAGTCCTTTATATTAAATACAGTTCCAGACAATGATTAAACTGTTACTCTGCCTGCGATACATAATCAATGCGGCATACCTCCGTAAATCTCTTTTATGAGATGAGACCCGCTGAGATGCCAGAGCATATTAAGAATTAATATTCTGGAAGTACAGTAGCGGTGGCTGTAAATATCAGGCGCTGAATAGAAACTAAACACTTAAGCACTTCTCAGATTTGCTGTGCCTTAAATATGATTTACAGTGTACACGCTGATCGCAAAATATCCAGAACAAAATGCTGTTTATTTAGATGTTGGAAGGAGAGAAAGGGATTTCCACCATCAAAACAATAAAAGTGCAATGATGCTTTTTTATCATTTAATTAATCATAATTTTAGAACATTTTACGATGATTTAGTGAGAACACCTCATAGAATGTAATTCAGTGATTACAGTAGTTTAAAGTAAACTAACTAAACTTTTTATACAGTAAGTTTATAAGTAAGTAAAGTTTATACAGCATTTTTTTAGTAGTTCATCATTCATGAATGCATTATTAAAATCCAGTGGGCTTGTCAACATAACTTAAACTAACAATAATCTGCATTTTCATTTACTAACATTAAAAAAGATTAATAAACATTGTAATAAATATTACAATACAATTAAATTCAGTTACATTTTTAATCCAACTGTTGGGTTTACATAGCATTAGATTAATATACAGTAACTCATAACTTTTTAGGGTGGATATTTAACGTGATGTGTGTGCGTATATGTATGCATGCTTGTCTTCGCTTCTGCTAATGTTCTTCTAAACATGTTGGCAGAAAACACAAGTCATAGATAGGGCAAGATGGAATCTGCAGACATGTTTTGCTATTTCTGCGCAGAATTTTGTTTAAAATCTGTGGATTTATGCAGAATGATTTTGGGAGTATCATAGCGAAAACCTTAATATATGAAATAAAAAGTAATACCTTTTTAAATTTTACTTAATGTTTACAATGCAAATCCAATTAGATCCACTTTATTTGTTTAAAAAGCAAGTCTCTCATGTAATATATCTACTAAAAGACAGAAAATAATACTTTACAAACTGTATTGTATAAAAAATATGAATATTTTCATATTAATCAATAATATTAGTTAAATTAATAATAAAAACTGAATAAATAAAAGTTTACACACATTTACACAAGTAAATAAACAGAATCAATGATGGGCTAAAAGTCTGCGGAAACCTGCGGAATTTTGCGCGCACAGATACCGTGAAGGTCTACTCATAGGTTTCTGATGTGTCTTACTGATTTTAATGTAAATAAAATAATATTGGCATTGAACTCTACCAAAAACATCTGTGGAATGCCATGTAATAGAAACATTTTACTGAGTGTGTCACACAGTGTGCAATTATGTCAACATGCTTTTTGGAATCATTATTTAAAAAGGGACAGATTTTTGTCTTTAAAAATAAAAATTTATTTAAGGGTTTCTTTATTCTATGAAATACAAAAGAAGATATTTTGAAGAAAGATTAAACCATAGTAGGCATCCATAGTTGGAAAAAACAAATTATATGGAAGTCAATGGTTACCAGTTTCCAGCTTCAAAATATATTATTTTGTGATCAACAAAGGAAAGAAACTTAAATAGTTTAAAGGGTAAATAAAAGACATTTTTGGGTGAACTGTCCCTTTAAGGCAGCTGAAAAATTGAATGAAATTGCATTGAAATTGATTCATAACAATAGCATGTAATAATAACAACAACAAAATAGACTCTGTTATGGCATTCTTTGTTTTAGAACAATTGTTTTTAGTGTGTGTCACCATTTACAAAATATTCACTTTTAAAAACAATAGTTTCAAAACAAAGAATGCCATTAAAGAACAATTTTTGGTTCCTATCAGAAACTCATTATTTCTTAAAAAATGTTTTCTTAGTTTGAAGAACATTTTAATAATCTAATTGTATTTATTTGTTTATTACAAATACAAAAAACCTTTTATGCAATGGAATGTTAAATTTTTTTTTGATAAACCGGTGATGGCAAAAAATAATGTATTGTAGGCAATCTGTATATTTTTCTGCAGTGCTCTACTATTAAAACCCATTACTTGGTCTTAAAGTGTTTTTTTTTTTGCTCTCCTTCTCCAG
Seq C2 exon
GGTCATCCAGGTTTGATTGGTCTGATCGGTCCTCCTGGTGAGTCTGGAGAAAAAGGTGATCGAGGACTGCAAGGACCACAGGGTATTGGCGGAGGCAAGGGTGATGCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000009014:ENSDART00000049589:58
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0139113=Collagen=FE(20.7=100),PF0139113=Collagen=FE(23.9=100)
A:
NA
C2:
PF0139113=Collagen=PD(7.3=16.7),PF0139113=Collagen=FE(49.3=100),PF0139113=Collagen=PU(8.1=13.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]