DreINT0049029 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000012422 | col11a2
Description
collagen, type XI, alpha 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-000208-23]
Coordinates
chr19:7280639-7286805:-
Coord C1 exon
chr19:7286778-7286805
Coord A exon
chr19:7280693-7286777
Coord C2 exon
chr19:7280639-7280692
Length
6085 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTTGTGAGT
5' ss Score
6.59
3' ss Seq
TACATATCTGTTTTCCTCAGGCC
3' ss Score
9.15
Exon sequences
Seq C1 exon
AAATTTCCCACCCTTCGACAAGGCTGTT
Seq A exon
GTGAGTGCCACCACCATCAAGAAGAAACCGACCAATGGTTACCAACAGGTACAAAATCAAGAGCCCGCCATGGCTGTCCTAGAGCTGTAGTTCCAACCTCAGCATTCTGGTTCAGTGCTGTATTCACAAGAGTGAAAGTTGGTCTGGGATTCATCTTCATTGAAGATGTTCACAGATACAACTCGTACACGGATCTCCTATGTGTACGTACAGCTTACCTTTCAGGTTTTTCATGCATACTCCTAACATTTCAGTCTAAGTTATATTTAAAATACATCAATGTTTAAATAAAACACTGTGTTTAAAACCATGAAGGAAACATTGACCAGGTGTGAGGTTGGAGACATACAGACTCACTGGATCTCCTCCACCCTTTCATATACAAAATGATCCGATTGATCATTGAAAGGATATGATAAGCGGTCTAGACTGTCTGTCTTCTGTTTTATTTCCTTTCACTCCAAACCTTTCAATCTGTAGAAAGTCGATTACCAGGTAGAGCATGCGATGAGTTCAGAAACAAAAGATCCCTCAATTAAATCATAGAGCTCAATGTTACACATGACACAACGAGTCTCTCTCTCCGTCTCACATTCTGGTTTCAGCCTCTCTCTCTCTTTCTTTTAAGTGTTGTTTGTGAAATGCTGTCCTGTCAATTATATGTGAATGAAACATGAGAGAAGCAGCTTCACAATAGTGTGATGCTGCACTCACTTCTGTCTTTGTTGAAGATCTGTCCTGTGAAATCATGGACGTGTGTCTAAAAGTTGTTTATCATTGTTGACAACTGTGTTTAAATGGTTTGAAGACCATTGAGACTGATGTCAACATCCGCAAAGTCAACTTTTGACCCATCCTGACCTGTTATTTACTTGGCTAATTAATCCAAATCAGGTTCAAATTACAAATCTGTCAGGAACAGCAAATCTTGATGAACAAAATAAGCCTTTCACAACGTAAAGGCTTATTCCAAGATTAATTGATCTGATTCAGTTCTGATTTTACTGTGACACGAGAGCAATGGTGTTTTGCCAGAGGACGTCTTCTATCAGCAAAGCACATTGGTCTCTTCTTTCTGCATGTCACAAGTTCATCAGAACCGAGCTCGTTTCATACTAATCAATCTCTCTCCTTCAAATCTGCTTACCTCCACCCCTGACCCCACCCACCTCTCGGCCTACTCCAATCAGGACGTAGATCCTGCTTACTCAGAGGCTGACCACACCCCCACAGAGACCGATTATTATTACACAGTAGAAGAAGAGGCGGCTCCACAGCCAGAGAGTGATCTGACTGGATATGACGAAAGCATTAACCAGGTAACCCACACCCATGTATAGCTGAGACGAGCTCTCAATTACTCTAAACAATCACAATGGAGGTGAGACCAGCCTGTGTATATTTTACATTGACAATTAACAGTGCTATATCGTGATAAGTGCCGTGCTTATCTGCAAAAATGAATGCATTGCATCCATTTTATCAGAAATTCTTTTGTGATTCTTTTATTTCCGCTTGCCTCAAGATTTTTCTTCATGTTCCTATATCAAAACTCCATCTTGACATAAGAACCGAAATCTTGAGGAGCAAAGATCGCAAAAGAAATGGTGCAAATATGGAATGAATACCATGCATTCATTGCTGGACAGTTTATTTTGAGAGTAAGATATGTTCGGGAGTCTGATTTATTTCATATACATTTACTGTTAGTGAGCTGTAAATAGGTGAGATAGATTATGGAAAGACGTTTGGATCAGGTTTGTATGTAAGAAACCAAGCATTATGTACAGTAATAGTTTGGAAATGGACAATCTACATGATGGCCAAAAAGTAAAATGAAAGAGTCAACAATACAATGGTAAGAGAATGTTAGGTTGTGGTGCTTTAGAGTTTGCTTTATATTTTGTAGACTTGAGTGATTCTGTGGTCTTGTTTTTGGACTAGATTATTTATTTACAACAATATTGGAAACTATACTCATAAAAAAACATGGACTCACATTCATCTTGAGCCACAATCCTCATAATTATGGTCATACATTTTGCCTATTCGTCTTGATGATGGAGAAGAAAAGCTCTTTCACATCAAGGATGATAACTATATAAAGTTTTAATATTTGTTCCAATTTTTAAGACTAGCAAACAACACATACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCACCTCTGTTTATTTTCCCCCCATTTTCTGTTGAACAGAGAGCAGATTTTTTTCAACACATTTCTAATCATAAAAGTTTTAGTAACTTATCTCTATTAACCTATTTATTTTATCTTTGCCATGATGACAGTACATAATATTTGACTAGATATTTTTCAAGACACTTCAATACAGCTTAAAGTAACATTTAAAGGCTTAACTAGGTTAACTAGGCAGGTTAATTATTGTATAATGATGGTTTGTTCTGTAGACTATCGAAAAAAAAAATGCCTAAAGGGGCTTATAATATTGTCCTTAAAATGGTGTTTAAAAATTTTGAAACTGCTTTTATTTTAGTCGAAATAAAACAAATAAGACTTTCTCCAGAAAAGAAAAATATTATCAGACATACTGTGAAAATTTCCTTGCTCTGTTTAACATAATTTGGGAAATATTTAAAAAAGAGAAAAAAATTCAAAGAGGGTCTAATAATTTTGACTTTAACCGTACATTGTTTATCTTTATTTACAAGTAGCACAGTATTTACAGCCAATGAATAGGCTATTTCTGTCTGTTCGCATCCCGTCCCTTTGTGCCCCCTGGTGGCATAGACGCAATCTGCAGTCATACCTAAAAAAACACATTCTTACTCCTTTAGTGCGAAGGCCAACAAGGTGCGGCGTTAATGCTCATATTAAAGTGTCACCTACTGTAGGAGCAGTAACTCTGGAACCAGTTCAAGGAAAAACATTTTATTCTAGCTGATGAATAATTGCAGCATTCACCAGCCAATCAGAATTTACCAGACTTAACAGCAGTGTTTCTCAACCACGTTCCTGGAGGACCACCAGCTCTGCACATTTTCCATGTCTCCTTAACCAAACACACTTGATTCAGATCATCAGCTCGTTAACAGAGAATGAAAGACCCACCCGTAATGGCTGTGACAGACAAAGGAGACGTCCAAAACATGCAGTGTTGGTTGTCCTCCAGTAATGTTATTGAGAAACACTGCTATAAAGAGCTTGAGTAGTCTGAGCTAACAGAATGTAATCATATGTTAGTGTGGACGTTAGTAGAGTTTTCTATATATATTCTTGTGTGAACAGGCTTTTAAATGACAATGAAGTTTTAAAAGAGAGGACAAGTTTTGGTGAGTTCACCTGTGTTGTATGAATGTGTGTGTGTCTGTAAACCTGTGCCCATGTCTTTTCATATATGGTCTTCTCTCATGATCTGTTTTGCAACAGGTAAGATCTATTATTCTGATTATTCTGTCTCTTTGCCCTCTCATTTCCACTTCCCCCCTCTATTATCCAATCCCCTGCTGCCCCTTCACACCATATAACCCTCCAAACAATCCCCTCCACCCCTACATCTGCTCCTGATGGTACGGTCCAGGTCGACGAGACTGTCCCCGTTGAGGAAATGGATGCTACCAAGACAGGTGGTGAGGTGGCGTCTCAAACGCCAGAAGAGCCCTTCACTGAGGAGTACATTACAAGCGACTTTGGGATGAAGGAGTATGACTATTCCTACAAGGACTACAATGAGCCCATCATTGAGAGCAAGACGGAGGACACTCTAGGCCCTGCCCTGTCCGCTGTGACAGAGGAGGGGGGTGTAAGTTATCTTGTGCTTTCCAGCTAATTCATTTTAAAGCTTTGAAAAAGGCTTAAATTGAATTCGCTTCAGCTTTGAATCTTGCAGAGGCATCAAGCAGGAGGATGTTAAGACCAGCTAAGTGAGGTTTTCTGACTTAAGCTGCTTTCAAAAATCTAGTTGTCTGCCTACTAGTACAGACGTTTAATTAAATTCATTAAACTAATTATCCAATCAACCCATAAGGTATGAAAAATTGGTATATACAGTAAAAACAAAAACTCAGAAATCATAAAAATCAAATTCCAAATTGAATCTTTTGGAGTATTAAATGTGTACATGTAAAAATCTTCATTAATTCAATATTATTTTTTCAGTTTTCCCTCTCAATTAACCAATTCTTTATCCACTGCTGCCCCTTCACACGATATACCCCCCTCTAAACAATCCCCTCTACATCTGCTCCCGATGGTATGGTTCAGGTCGACGAGACCTGTCTCCCTTGAGGAAATGGATGCGACAAAGACAACAACAACAACAAAAAAACACATTAAAATGTTAACTTTTTAAAGATCTTCCAAATGTAACCTTTTAGAGAAAGAGTATTGAATGTGTAAATGTAAATAGCTTTCCTCTGCAATAAGATTTCATTAATATTACCACCCCATGCTTTTATTCATTCAATACTTAGATAATACAGAGTTGATAAACTGTGTTTAATAGCAATAAAGTGAACCGCAATCAGGTTTCTTTCGTTATTCAAATGTATTTTATTTCTGTTATTGGCAATACACAATTTTAGACAACACTTTGTTTTACAGATAAATATGCCAAACCACAAGGGCATTTGATTATATAAATTACGTTTTAAGTTATTTTATTTAAAGTCATTAGGTTTCAACTTTATTTTAGTCTGTTAAATTGATTGAAGTGTCTTGTAAAGTTAAATTTGATTCAACTTAAAAAAAAATAATAATAATATAAATAATAATAATTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAGCAGCAGCAAATTTTACTGATGAAAACCTTTTTGTTTGAAATTTTTTGGAGTTTTTGATTTTCGCATATTTAAGTTTTTTTAAACTTTGATTTTAACTAAAATTATGCTGCCTTTTAAGAGACCTTGTTTCATCCATATTTGAAAGGCATGTCTTAAAGATGACAAGTGAGCCAAAA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Seq C2 exon
GCCTCAGTGCGAGCCATTAAGGGAGAGAAGGGAGAGCCTGCTGTCCTTGAACCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000012422:ENSDART00000104799:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.500 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]