DreINT0049490 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000099930 | col27a1b
Description
collagen, type XXVII, alpha 1b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-100119-2]
Coordinates
chr5:64563386-64567461:-
Coord C1 exon
chr5:64567408-64567461
Coord A exon
chr5:64563425-64567407
Coord C2 exon
chr5:64563386-64563424
Length
3983 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGCAG
5' ss Score
4.95
3' ss Seq
CATTTTCTGTGTTTTTGTAGGGC
3' ss Score
10.51
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAGAAAGAGGACCGGATGGAAGTCCAGGTGCCAAAGGTTATCCTGGCAGGCAG
Seq A exon
GTGCAGTAAATCTTCCGTTGTGCCGCTGTGCTCACAGATACGAGTTTTATATGAGGCTCACAGTGTCAGGGCTTGTATTGGAGACCAAAAGAGCTTGCTCTGCCAGCATGACCACTTGTTTTGACATCACTTTTGAAAAATGAGAATTGTTTTTGGAATCATAAAGCAATGAAAATGGATTTTAGATTTTGAGTTTATGTTCTAACACTAAATTCATCACTTTTTTTGGGTGCCAAATGCATGAATGATGTCTAATTTTTGGAAAGGTCATTTGCTAAACATAATTCTCCCACTTTTGATAGATGCTCTCCCGCTGGGTGTAAATGTGATCAACCTCAGGTTTTCATTGTGAACTACCAGATTCCCATGTTTAGGGAAGCAGATAAAACTTGCCAACTAAACATTTTTGGTACACTGTAAAACCCAACAGTTAACTTTATCAAATGAAATGAGTGTAGTTAACTCAAAATTGACTGAAAGTTAATTCTACTCATTTTAAAAGAGTTTTGAACTCAGTGTTGAAGGTAATGAGGTAATTAAATACCTCATTACTTAAATGAACAACTTAAATGGAGTAAGTTTACAGTACTCATATAGATTAGTTTACTGAAATGGTTTGTAGCAATCGGTTTCCTCAAATGGTTTCAGTTGCCTTAACTTGTTAGGTTTTACAGTACTCAGTTAGTTTGAGTTCTCTTCATTTATTGGGTTTTACTGTGCTCAAATTGCTTCATTTACTCAAATGGATTAGGTTCACAGTACTCTTTAGGATTAGTTTTTTAACTTAAATGGTTTGTTACCAGGGCTTTACATTAACACCCGCCAACCTGCCAAATGCAGGTAGATTTTGGCGGTGGCGGTAAGACAGACACTCCCACTAGCCACTTTGGCTGGTTGAAAATAATTTTCCCAGATAATAATTCTTAAAAGCAGGTTTCGACAATAAGGATGGTCCAATATGCCTACACAGGCGATCGAGAAGCAACACGACTGACAAAAATAATTGCGTTCGCAACTTCGTGCGAGCAAAGCTGGTAAGGTGATGCGCACAACGCGTGTTTATAACGTGTGTGCGCTCCCGTTTCCTTTTGTGAAGCAACTGAGTCTAGAAACACAACTGATGAGATCGATTCTCTTTCAAATAGACTGAACAAAAAGGGAGGAACAGTCTTGTCTTGCTGCTTTCAAGAGTTCCAGAGTTGACTTATTGTAAGCAGTGCCAGTTTTGTGCAAGCTTTCGGTTTAGCCATTCTTTGAAAAGATAATTTATGTTTTCTTTACGTTACGTTAATTATCATTAACCATGCGTGTGTGATCATCCTTTTATTATTACACAGTATGTTTTTACCTGCTTTTTTTTTGCATTAATATGGTTTAATTATATATTTTTTACAATAACATTGCTTTAATGGGAGAATAACTCCCCATTTATGTGTAGTTAACTGGTGATCTGGGACCTTTAGCCAGGACATATGACTGTGCATATGTTTTGTTAAATAAAAAGTATAGTATTCAGCTATATTTTGCATGTTTTTACGCATTTAAAATTTGTGGCTAAGAAATAACTAACTGTTTATTTATGACCCATTTGCTCATGATTATTGAGCAAGCTCATACACGACACACAAAAAGTGAAATGAATGAGGAGTCATTTAGAGATAACGCAAACTCTAAATCAAGTAATTTAGAATGTCAAAGTCATATTTATGTGTATAAAATATATTTTCCCAACAATAAAGTTGTGGCTAGTGAAAATGGTGAGTGGCTAGTAATGTTGGAAAACTACTAGCCACAGTGGCTGGTGGTCAAAAAAGTTAATGTTAAGCCCTGTTTGTTACATTCGGTTTCCTCAAACGGATTACCCTAACTTATTTGGTCTTACTGTGTAGCCTTCAGTTTTAATCAATTGAATTCAAGTGAGGTGATTGGCTCGGCCATTCCACAAGCTTGATTTCTTTCTCTAAAGCATTTGTGAGTTTCATTGGCTGTGTTTTGGATCATTGTCTTGCTAAAATGTCCACCCTCGCTTCATCTTTATCATCCTGATAATGTACTGTAGATGTTGGACTGAAGCATCTAAAGGGCAGATGGTTGATGAAGAATTACTGAGAGATTTTGGCTGCTGTCTGGGCTTTCACTGTCTTTCTACACCTTATTTTCCTTATGTATTCAATACTTTTCCCCTCTGCCATTTCCTACATAACTTAATTTGTAAACTAATTAGTTTTGTTTTCTTTGCATATATGGATTTCTTGGGTTTTTACCAACATCCGTCAAGTCAACAGTACCTTTAGAAATGATTTCTGAGAAAAATGGTGACGTGTTCAATACTTATTTCCCCCCACAGTGCAACTTCAACTTCTACATTAGTCATGCTCTAGAAAATCCTTCCCTAATTTAGTTTTACTTAAACATTCTTGGGTGTGTTATTTACAGACTTACAGAGATTCACCTGGCATTGCTTTATTTAATGTTTCCCTTTTCGTGGCCAAGTTAGAGTGCTCAAAACTGGCACATCCCAGTTCAGATTATGCCGAAGTTTTGGCACATCTGTGGTTGAAATTGTGAGAAGTTTTGTTTTACAGTTCAAATATGTCCTCAGGATAACACCTGATTAATTTTAATTACTTTCTACTGGCCACCTGTTCGGCCCCATCTCCAATCTGTTCCTCAATTATCAATCTGTCAGTTTTATTAATGGTGTTATGCATCGTATCTTCTTGTTTTCTATTCCTTAAGCATATTTGCATAATTGCATGAGTTAGTTTTGAGTTTGAGGTTTTTGAACATTTAGTTCCCTTCAATTACCATGGTAATTTCTGATGTTCTGATTTAAATAATGTGATCACAATGTATTATCCAACCCAGGCTCATTCTGAAAATGTACCTTTATATACATTTCTGTAGAGCGACAAATACATCCAAGGAGCTACGTTTTTTGCAGTTTTTGTTTTAATACATCCATCAGAGGCCGCTGTGTACGCTTTTCAGATCTCAAATTTCCCATGCGAGTGCCATTAACACCTGCTGTTCTTGTGTAAATCCACCAGAGGCCACTGTCGACAGACTCACTGATTTACCGACTAATCGACTGAACCAACCAATAGCAGACATCCCAAGTTGAGAAAAGTCATTTCCGTGGGAGACACAGTTGATTAGCTGGAAGTTGCGGGAGAGTTGGTGCCTTAAAAGAGGGGGTGGGGGGGTAGGTGAGTGAGCGACGCGTCTGAATAGGGGCGTGTGAGCGTGAGACGTACCTAAGGAGCGGGGGTGGTGAGTTGCGTAGGACATACCTGAAGAGCTGGGAGAGACGCGGTGGAGAGAGATGTGTGAAGTATTTAAGGACCGGGCGGGAGATGTGTGATTTCCAGGAGACTATCAATTATTTGCGGGCATCCTGGAGTCTCTATGCATTTGCGGATATTCACGCAACTTCCGAGAAGACTTGGGATGCCTGCAATAGTGTTTTCAATAACACAGATTGTCCCGCCTACTCACCTCCCTAAACCCAACCAACAGTTTTAAAAAGCAATCCAGAAAAAGAAAAGCCCTCGCCTTATTTTTTACCACGTTTTCATATTTTACCACATCCTCAAGCTGTTATTTACTTGTTTATTTCGTTTTTTGGCTTCTGTTTTCGTCTTACTGGCTTTCTGGAACCGTTCTTTACCGGACTCGAACCCCGTCGTTGTGGTCAACTCCTCTTTGTGTCTCAAGTCTGCCAACATACACGGCGAGTTGGACAAACCGGAAAGCCATCCACATGGAGGTAAGCGGTCAGCTGGTAAGCGCGTAAAAGAACAGCGTCAAACCACCCTGTAGCGTTCGTTTTAATGACAAAATGCTGCCATACGTACTTTTGGCTACATAATTTGAGATGTCCAGAAACGTACATAGGGCTACGTTTTCAGAATGAGCCTTTGTTGGTGTTATCATTGGTTCAGTCTGCAGGGTTGAATTTAGCATTTTCTGTGTTTTTGTAG
Seq C2 exon
GGCTTACCTGGGCCTATAGGAAATATGGGACCAAAAGGC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000099930:ENSDART00000167886:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.722 A=NA C2=0.278
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0139113=Collagen=FE(26.2=100),PF0139113=Collagen=FE(22.1=100)
A:
NA
C2:
PF0139113=Collagen=FE(22.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]