DreINT0050268 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000079752 | col6a6
Description
collagen, type VI, alpha 6 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-041111-303]
Coordinates
chr16:36727610-36731154:+
Coord C1 exon
chr16:36727610-36728167
Coord A exon
chr16:36728168-36730593
Coord C2 exon
chr16:36730594-36731154
Length
2426 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGA
5' ss Score
9.21
3' ss Seq
TTTTTTTCTACTTTCTTTAGCCT
3' ss Score
7.56
Exon sequences
Seq C1 exon
GATGTGTGAACACAGAGGAAGCAGACATTTATTTCCTGTTGGACAACTCTGGCAGCACTCGCGCCGACTTTGAAGATGTGAAGAAATTTATCTTAGGCTCCCTTCAGTTATTCAACATTGGACCAAATCGAGTTCGTGTAGGAGTTGTAAAAGTCGACCGCAATCCCACTCTTCAATTCAGCCTGACAGAGCACAAAAACAGAGCTTCTTTTGAAGCAGCCGTGAGGGGAATCAGTCAGCCTGTTGGAGGCTCAGAGAAAGGCAAAGCACTAAAATATGTGGCCAGTCTCTTTAATCAGGCTAAAGCATCCCGTCCAGCTAAAGTGCAGGAGATTCTCATTGTCATTACTGATAAGACGTCTCAAGATGATGTGGGGGATCCAGCAGAAGAGCTGAGGATTCAAGGGGTTTCGGTTTATGCCATTGGAGTAAAGGATGCCAGCCAGGATGAGCTCTTGAAGATGACGGCTGATGAAACTAAGGATTTCTATGTGACCAACTACGATGCCCTGAATGTTCTCAAGCGAGAAATTGTCACAGATATTTGCTCTCAAGAGG
Seq A exon
GTAAGAGAGTTATCAAACATATACAGCAACATATTGTTGTTTCTTTTTTTTTGTTTGTTTACTTGTTAACAAGATAATTTAGAGAGACTAATTATATAAATAAAGAATTTATAAAAGCATTGAAGATACAATACCATTCAAAAAACAGTGACACATTAAATGTATTCAAAACTGATCATAGTACAGTTGAAGACAGAATTATTAGCCCCCCTTTGAGTTTTTTTTTCTTTTTTAAATATTTCCTATATGATGTTTAACAGAGCAAGGAAATTTTCACAGTATGTCTGATAATTTTTTTCTTCTGGATAAAGTCTTATTTGTTGTATTTCGGCTAGACTAAAAGCAGTTTTTAATTTTTAATAAACCATTTTAAGGTCAAAATTGTTAGCCCCTTCAAGCTATTTTTTTGATAGTTTACAGAACAAACCATCGTCATACAATGACTTGCCTAATTACCCTAACCTGCCTAGTTAATCTAATTAACCTAGTTAAGCCTTTAAATGTCACTTTAAGCTGTATAGAAGTGTCTTGAAAAATATCTAGTCAAATATTATTTACTGTCATCATGGCAAAGATAAAATAAATCAGTTTTTAGAAATGAATTATCAAAACTATTATGTTTAGAAATGTGTTGAAAAAATCTTTACCTCGTTGAACAGAAATTGGGGAAAAAATTAAACAGGGCAGCGAAATGATTCAGGGGGGCTAATAATTCTGACTTAAACTGTGTATTATTACAATTGTGATAAATTTCTTTTAATATTATATAATTTAAATTTAACTGAGATTCCCAGAAAAAAATGTTAACAGTAATATTTTTTAACATTACACTAATAGAGTAAAATTGTATTATTGGTATGTCAAACCAGACACTTGGTTTGCTAATTTTTTTTCCAACAGAACACAGTGTGTCCATATGGCGGATTGACTTCTTTGTCTTTAGAGGTGCCAAAAGGAGTGCCGCAGGGATTGCTATAAGGACCTATATTATTTTTTATTTACATAAATAACTTGTGCGACAACCTTCGAAATACCATTTATCATCTGTATGCTGATGATACAGTGATTTACTGTTGCTCTCCTTCACTTGTTCAGGCCATACAATCTTTGCAATCTGCTTTTAATGTTGTTTAGTCTCATTTTCAGGATCTAAAATTGGTTTTAAATGTAGATATATCTAAATTAATGTTTTTTACAAATCTTTCAAACCCCTTTGCAGAACCAACCGATAATTACCACTGACCAAGGTGAACAAATAAATTTAGTGTCCAGCTACAAGTATTTAGGCTTTTTACTTGGTCAGGAACTTTCCTTCAAAGCACATGTATCAGATTTGGTGGCATAATATTTTGTCATACAAACAAATGCATATGATAATTTTCATTCCTACAAGTTCATTTGTCAATGTATGTGTTTTTAACATTTTGTAATGTGGTATACAAAAACAACTAAACTGTATTTTTATTTACTTTTCATTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTAATTATCTATTTATTTTTATCTATTTATTTTTTCATAAGTCGTGCGTTGCGAACCTCTTGGCCAGGTCACCCTTGTAAATGAGATCTTGATCTTAATGGGTTTTTATCTGGTTAAATTAGGAAACAACTATATTAACTAATAGTAATAAGAATAATATTTTCTTGATAAACAAACAGCATATTAAAATGTATTTATGGAAAATTATGTGACTAGAAGCTAATAATGTAACTATGCTGGACCAATGTAAACTATGACTAAACTATATTGATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATATATATATATATATATATATATATATATATATACACACACACACACACACACACACACACACACACATATATATATATATATACACATAGATATATATATATATATACACATATACACACACATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAGGAAAGATTTTTTCAACACATCTCTAAACATAATAGTTTTAATAATTTAATAATGGTTTCAAACAACTGATTTATTTTGTCTTTGCCATTATGACAGTACAAATTATTTTACTAGATATTTTACAAGACTCTTCTATACAGCTTAAATTGACATTTAAGGGCTTAACTAGGTTAATTAAGTTAACTTGGCGGGTTAGGGTAATTAGGTATTGTATAATGTTGGTTTGTTCTGTGGACTTTTGGAAACAAATATTTAAATATAATATAATTCTTAAATATAATCCTTTTTGTTAGTAATTTAAATAAATTATAGATGTTATACAGTTTCCATTATAGTGTTATTCGGTATATTCCCTTAAAGTGAATATAAAATACAGGTATGTACTGTAAAACACGATTAAATAATGAATGATTTTTTTTCTACTTTCTTTAG
Seq C2 exon
CCTGCAAGAACAAAGTGGCAGATATCATGTTTTTGATTGATGGTTCTTCCAGCATTTATGGCCCAGACTTTACATCAATGAAGACGTTTATTACCAAAGTTGTAAATGGGACCATCATCGGAGAAGACAGTGTGCATGTTGGTGTTGTCCAGTTCAGCAATAACCCACAGGAGCAATTTCCCCTGAACAGGTACTTTGACCAAAATGAATTAGAAGAAGCAATCGACGGCATTGAACAGTTAACAGGAGACACATACACAGGGAAAGCACTCTCGTTTATTTCAAAGTATTTTGATGCATCTAATGGCGGTCGGCCAGACGTTCCACAGTTCCTGGTGGTTATTACAGATGGAGAAGCTCATGATGCTGTCGCCGTACCTGCAAAGGCCATCAGAGACAAGGGTGTCACCATCTTCTCCATAGGTGTGGCCAGTGTAAACACCACACAGCTATGGGAGATCAGTGGTACTCAAGATAAAGTGTATGTGCAGAGGGATTTCGATGCGCTTCATTCCATCGACAAAAACCTACAATTCAAGCTCTGCAGCTCTCACCCTGGCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000079752:ENSDART00000109703:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.016 A=NA C2=0.005
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0009223=VWA=WD(100=93.5)
A:
NA
C2:
PF0009223=VWA=WD(100=90.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]