DreINT0050607 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000014670 | colgalt2
Description
collagen beta(1-O)galactosyltransferase 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070222-1]
Coordinates
chr8:19345108-19364693:-
Coord C1 exon
chr8:19364426-19364693
Coord A exon
chr8:19345219-19364425
Coord C2 exon
chr8:19345108-19345218
Length
19207 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTGAAT
5' ss Score
3.54
3' ss Seq
TCTCTTGTCATTTCTTGAAGGGC
3' ss Score
7.52
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGCTGCAACAGACCATAACGTGGACAACAGCACAGCCATGCTGAGAGAGTGGCTGAAGAACAGGCAGAGCAGATATCACTATGTGGAGTGGAGGCCCATGGAGGAGCCACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000014670:ENSDART00000014183:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.026 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF137041=Glyco_tranf_2_4=PU(21.5=33.8)
A:
NA
C2:
PF137041=Glyco_tranf_2_4=FE(30.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]