MmuINT0069479 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000032649 | Glt25d2
Description
glycosyltransferase 25 domain containing 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2138232]
Coordinates
chr1:154246997-154315689:+
Coord C1 exon
chr1:154246997-154247527
Coord A exon
chr1:154247528-154315578
Coord C2 exon
chr1:154315579-154315689
Length
68051 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTGAGC
5' ss Score
8.05
3' ss Seq
TGTGTTTTCTTCTCACGCAGGGC
3' ss Score
10.32
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000032649-Glt25d2:NM_177756:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: