GgaINT0039805 @ galGal4
Intron Retention
Description
NA
Coordinates
chr8:7719563-7742581:-
Coord C1 exon
chr8:7742193-7742581
Coord A exon
chr8:7719674-7742192
Coord C2 exon
chr8:7719563-7719673
Length
22519 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGG
5' ss Score
9.68
3' ss Seq
TCTGTGCTCTTATTTTCCAGGGT
3' ss Score
11.6
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGTGGCCACTGACCACAACGCTGATAACACCACTGCAATCCTTAGGGAGTGGCTGAAGAATGTGCAGAACCTCTACCATGATGTGGAGTGGAGGCCGATGGAAGACCCGCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000004775:ENSGALT00000039353:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.236 A=NA C2=0.079
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF137041=Glyco_tranf_2_4=PU(21.5=29.2),PF0106314=Aminotran_4=PU(11.6=16.9)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]