DreINT0054409 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000053530 | cyp4f3
Description
cytochrome P450, family 4, subfamily F, polypeptide 3 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070410-108]
Coordinates
chr12:48577806-48581000:-
Coord C1 exon
chr12:48580947-48581000
Coord A exon
chr12:48577938-48580946
Coord C2 exon
chr12:48577806-48577937
Length
3009 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAAGT
5' ss Score
10.24
3' ss Seq
CCAATGTGTGTGTTTGCCAGGTA
3' ss Score
8.94
Exon sequences
Seq C1 exon
CTTCCATTACTCTCAAAGACAGGATCTTTTATGGCTTTATGAAGCCCTGGTTGG
Seq A exon
GTAAGTGAGTCGTTTGATTTATTAATACAAACACATTCAATGATTATTATTATTATTAATTAAACTCTAAATAAGAAATTCACACCAACAGTAGGTGCAAGTAAACGTCTAACGAGTGAGTCATTGATTCATTTGATTCGTTCCAACAGATGACTCACTCAGTAAGGATTCTCTTTATGAACGGATCATTGAGTTATTGATTCAAATGATTCATTCTATTTGTGGATTCATTTAGAAACTATTTAGAAACATCTTGTATGTTGATTGAAGGTGTGTGACTATTAAAAATGTTTTTTGTATAACTTTACACTAACAGGTTCTTCTAATAGTAATAGTGTTGGCAAAACTGAACCAAAACAGACAATATTGTGGGCAAAATGCAACAGAATATGAACTACTCATTATATAACTGTTGTATAAACTGCATTCAATTGTGTGTGAAAGTGTTATATAAATTACATTTCAAGAGTTCACACTTAGCTGATGATTGATTATGAGCAAGTTTGGCATGCCGTCCCGGGAGACAGCCCTGAGCCCAAAAAGTCCTTGAGCCCTGGGCTCCCTCCCGTTTGCAGGGCGAGAGAGGCGCTTTGAGCTCTCGACAACTGCCCCCTTGATAAGAGCTGATGACTAAAATGATTGCTGTAAAGAGATGTGCTGCAGGATGACAGTTTGACTGTAGAGATAAATTTAGATTGATCAATTCGCTTAGTGCATGTTTTTGGAATGTGGGAGGAAACCGGAGGACCTGGGAAAAACCCACGCGAGCACGGGAAGAACATGCAAACTACGCAAAGAAATGACCACCAGCGTGTTAAAGGACTAGAACCGGTGACGTTCTTGCTGTGAGGCAACAGTGCTAACCAATGGGCCACCGTGCCGCCCTACGGGAAAGGTGGAGAAGGGTGGAAGGGGGGATTCTTCAAATCGAAGATGGCTGTAGTGAGAAACCCTGGCTGTTTATAGTGGGTTGGGACAGGCCTGATTGGTGGATCATAAGTAGCTAATGCAGAACCAGCCGTGTTCAATCATAATCACGTGATCCTATCGAAATTAGTTTATAAATGAACTTCACTTGTTTGATTGATTTATAAAAGCAGTATATTCAAGCCCTGTAAAATAAATACTTGGTGCCCTTAACTGGAATAAACATGTCTAATGAATTATTTTAGAAATCCATTCATTTACGGCTTCCCAGTGCTGGGTTGCAGCTGGAAGGGAATCCTCTGATTAAAACATATGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATTCCGCTGTGGTGACCCCAGAGTAATAAAGAGACTAAGCCGAAACGAAAATAAAAGAATGAATGAATGTTTGTATTAACATAAAAACACAAGTTGTCATAACTTAATAATCATATAATGCTTTACCATGCATATGTGCTGTGAAAGTGCCCTACATCAGTTTACACTGACCACATTTATAATGCCAGCATTGGTAATAATAATCATAAAGATTTTAAATAATTAATATATAATGAAAGTATTAGTGCAATTCAGCTTTAGATTACAGCAATAAATGACATATTAAAATATGATCACAGTAGCAAATCTGTGTTTTGAATCGCAATGCTTCACTAATTTTCCTGTATTTCCGATCAATAAAGCTGCATCTCTACTGTTTGACAAATTAAAAACTAATTACGGGTCGCCATACATTTGAATAATAATTTATAGTAATTATATTGTAAATAGATAAATATTGCTTAATATATAATTAAGAATTATATGAATATTAAACATTGAATCAAATGAATTAGCCTTATGAGTCATTTAAACTTAAATTACATTAAACGGATTTAAAATCAGGTTTAATAACATAAAAACATGCAATTGCATAACTTTTTACCATGCATTTATGCTGTTATCATATTAAATAGCATTACATCAATTGACAGTGACCATAGATACACTTATAATGCCAGAAATATTTAAAATAATTAATATATCATGTTTAAAGGATTTTTGAAGGATCAATGGTGAATAATGCAGAAAATTTAGCTTTAAATTACAGCCATAAATTACATATTAAAATATGATCTCAGTAGCAAATCTGTGTTTTGAATCGTAATAATATTTCTCTAATTTCCCTGTATTTTCAATCAATAAAGTTGCATTTCCACTGTTTGAAAAATAAAAAAAAACTAATTACTGGTCGCCATTCATTTAAATATTATATAGTAATTATATTGTAAATAGATAAATATTGCTTAATATATAAATAAGAAATATATGAATGGTAAACATTGAATCAAGAGAATTAGCTTTATGAGTCATTTTAACCTAAATGACATTAAACTGACCTAAATTAACTTGTATAACTACTAAAAAAGGTTGAACAAGTTTTAACAACATACGTCATCATAACTCATTGATCATATAAAGATTTACCATGCGTTTATGCTGTGGAAGTGCATTAAAGCATTGGTAATAATAATAATCATAAATATTTTTAATAATTAATATATCATATTGGAGGGATTTCATTAAAGACTGCAGTAATGATGCAGAATTTAATTACAGCATTACATTACATATTTAAATATGATCACAGTAGCAAATAGATATTCTGAATATACTTTACAAATTTTACTGTATTTTTGATCAATAAAATTGCATTTCTATGTGTCTCTGCTTTAAATTTGATTCATAATTTAGAATAATTAATTCTGTTTTACGATGTTAATTATTGTTTTATATTATAATGATTAATTATATTAATAATAAACAATTAGTGCAATCAAACGAATTAGCCTTAAAATGCATGTAAAACATGCAATAACACTGATTTTGAACATGCTAAAACCATGCATGTCTGCTGTTATATGAAAGTGCATTACATGACCACATTTATAATGCCCGCATTGATAATAATAATCATAAATGTATCATGATAATTAATGCATCATATGCATATTAAATTCATGTTTAAATTAAAGAAATACATTACATATTAAAATATCAACCAATTCACCAATGTGTGTGTTTGCCAG
Seq C2 exon
GTAATTGTCTGCTGCTTCAGAGCGGTCAGGAATGGTCTCGTCACCGCAGACTGCTCACTCCAGCGTTTCACTTCGACATCCTCAAGAAATATGTTCACATTTTTAACCAGTCCACCAACATCATGCATGTAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000053530:ENSDART00000063442:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006717=p450=FE(3.8=100)
A:
NA
C2:
PF0006717=p450=FE(9.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]