DreINT0056015 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000101868 | dennd1b
Description
DENN/MADD domain containing 1B [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060503-16]
Coordinates
chr22:23404124-23411648:+
Coord C1 exon
chr22:23404124-23404250
Coord A exon
chr22:23404251-23411546
Coord C2 exon
chr22:23411547-23411648
Length
7296 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCCGTAAGA
5' ss Score
5.66
3' ss Seq
GCCGGCTTTCTCATCCCCAGGGA
3' ss Score
9.8
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTGTCGAGTCTGAAGAGTAAGCTGAAGAAGCAGTCCACGGCGACCGGCGCTGGTGTGGCCCGGGCCTTTCTGCACGCTCAGGCCGCGCTCTTCGGATCCTACCGGGACGCCCTCCGATATAAACCC
Seq A exon
GTAAGACTGATGCACTTCACTTACAATTACAGTACAGTATCTGTACATTAGCAATACTTGATGCATCACTGAAGTGTGGGATGCAGTGAGATAATCTATAAGAGGTTTTTTAAATGGGTTTTTAAATTTTATGGCCTAGAAATTTTATTCTTTTCATCTTGTTTTATACAAGCAGGCATTTATACACTTAATACTTTTTTTTAAACTTGTTTTTAAATTAAATTAAATTTATAAATTAAGAAATGTTTAAGTCAGTTTGAGCTTTATAATTAAATGATTTTTTCAGTTTTAAGTTATGTTCAGTTAATGACTAAAATGCGAAATGATTTTACCATAAAATAAATGAAATATTTTTTTCTGTAATTTTTCTGTATTTTTAACTTTTATTTTTCAATAGTTTTTTATATTTACATATGCATTTATAAAAAAAATACTTATACAAATCATTTTTTTCTAAAAATAAACTCATATTTCCAATCATAAATATGAACATATTTCAAAATACTGTTACACTTACAAATATCCTGTTTTTTTTTCTATTAAAGAAAAATTAGTTATTTAAATTTAGCTAATTATTTTTTTAGATATACAGCATCCGGAATGTTATTTTAAGGGTTTATAAAGCCAGTTTCTTATTAACATTGTATTATTAAGTTAATTAATTATTTAAAATAGTCTATTATAAGTCTATTAAATAATATTTAAATGATATATTTATATATCTATAAAATTTTACTTAAATTTATATGAATGTTTACATTTTTAAAAATGTATATTTATATATATTTATATAGTATTATATTTCTTTATTACATATAAATTTTTGTGTAATTTATATATTTATATTTAACATTTTTTATTTGTTTCTGTATTTTACTTATGCATTCATTAAAATATTTATACAAACATTTTTGTTTGTATAAATATGAACATATTTAAAAATTATATAATATTTAACAAAATTATCCCGTTTCTACACCATCTCAAATTTTATTTTAAGGATTTATAAACCCAATTTCTTATAAAATTTTTATTAATCAATCTATCAATTAATTATTCAAAGACTATAAACTATAATCTGATTAGTCTATTTACGACTATTTATATTATATTTTTAATCTTAATAAAAGTTTTTATTTCTAAATTCTTTTTTTTCTGTAGACTTTATTACTTTATTATATATCAATATTATAAATACAGTTGAAGTCAGAATTATTTGCCCCCCTGTTTATTTTTTCCCCCAATTTCTGTGTAACGGAGAGAAGATTTTTTTTCAACACATTTCTAAACATAATAGTTTTAATAACTCATTTCTAATAACTGATCTATTTTATCTTTGCTATGATGACAGTAAATAATATTTGACCAGATATTTTTCGGGACACTCCTATACAGCTTAAAGTGAAATTTAAAGGCTTAACTAGGTTAACTAGGTTTACAAGCAAGGTTAGGGTAATTAGGCAAGTTATTGTATAATGATGGTTTGTTCTGTAGACTATTAAAAAAATATATAGCTTAAAGGGGCTAATAACATTGACCTTAAAATGGTTTTTTATTCTATTTATTTATTGTAGCAAAAATAAAACAAATAAGACTTTCTCCAGAAGAAAAAATATTATCAGACACACACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGAATTATCTATTTTATTTATCTAATAATAAAATTGTAAGAATTGTATTTTATTTTATTGCTGATTTCATATAAACCTTAAAGCTCAGAGGTGTAAGATTTGTCTCAGAAGCCATTTTCCTCACAAAGGCGGTCTGAAACAGAAAGGGTGAGTGCAGGTTGCAGGTGGGCCTGTCTGCATATCTGAAATGTCAGATGTTTAAAGCCCCGCGTGTCTCTCTGAAGTCTCCAGCCCTTCGTGCTCCTCTCAGACCTTCGAAACTCCTGAAAACAAAGTGCGCTTTCTGTTTGTCAAATGTGGCCGTCTTTGTTGGCAAGCCAGAGAGTAATTGGTTTGTGTAAACCCACAGAGCCAAGATGCATTATTGATGTTTCAGCGCTTGTGCACAAACTGGCTTTTCGCCGCTCGAAAAACAAAAAAAAAAAAAGAAGAAGAAAAAAATACACACATGCTCCAAGTCAGAGTCTGCGCAACTCTTAGCCTTCAAAGCGTTGCTTCAATTGAGCACATTTTCTGCAAATCTACATGGGATTACTACTGTTTTTATTCTTCTATTCTGTTATGGAAGGCCTCAGTAACGCCACTTTACTTTGCTCGTCTGACAGTCGACTGCTGATTATTGTGATTCGGAGAAATCAGGCTTTGTGCTGCTTTATTTTGATTAATATTTCACTTTGTTATTATGGAGCCACACAATAAAACACCCTCATGGTTTGCAAATGATAGTGTTTTTGTGTGAAATATTGCATTTTTTATTAAATCTGTCATTTCTAGAGGTTCATTGAGCTAAACAAAGCTTATTTTGTTAAAGAAGTGTAGAATTTATGTGAAAATTGTTCATAATGTTAATTTTCTTAAATAATCTGCTTTACTAATGACAACAATTTTCACAGAAGAGGTTAAAAGGCTAAAAAGTACGGTTGTTTACAGTATCGTGCTACATTTTATAATGATATTAAGAAAAGGAGGCAATGCCAAAAGCTCCAAAAATAACAGATTTATTTACTTGAATAAGAATTTGCCATTTAATATATATGTGTATATGTTTTGTTTGGCTGAGCAGCCAGTTGAGATTGTGCTTTTGTTCAATTATTTTTTATTTATAGCAGCTTTATGAACTATTTACATAGGACAAAATCTGCAAAAAACAGCAGTAAAAAAAACTCTACAATATTCATAAGAGGTAATTTAACAAAATATGTCATACTACTATTAGTAGTAGTAATAGTTTATTTGAAAATTTTAATACTTAAATAATATAAATATAAATAATGTTTGTGAAACCAAACAATGTTTTTTGTGAAATTAAAGTAGTGGTCCAGTGTGTTTTTTAAGGCTTGGTTGTGTTTATAAGATGCAAAGCAATGTGTGCTCATGCTTCATTTATAGAAAATCACGTTATTTTTTCATATATCTTAATTTGATTTTATACAGCTACTCAGCTAACATAAAAACGACTGTCATATCTCTGAGTTCCATCGAGTTTCTTCCTCAAGAGGCTCTGATTGGTCAGCTAACATAATATGCCGTGATTTGTGGATCGGCTCCACGTCACCAAGAAAAGCATCAAGCTGCTACTTTACAAGCAAGCGCTTTTGCACAGTGTAAATAGTATATACTTTACTAATAGTAAAGTAGCTGTCCATATCAGTTTGAGCCTGAATCAAACAGAAAATAAGGGGCATACAGCTGAACCTCACACCTGCTCTCTAAAATAAAATCTGACAAATGTCTTTCACATATATTAGGAATAAGCATGTGTAAGTAATGAGAAAATATATCTTTTGCAAGTTCGCTATTTGAGATTTACAACACAGGGAAAGTGGAGGCATAGAGAGATTGTGGCGGTTTACGATTTGATGGATACATATGAATTTGTAGCTTAATTGTTAACTGTGCCAAATAGCATTTTCCCATTCTTTACATCTTTCCTATTCTTTACATCCCTGCCACAACATACCAATAACACTAGACACTATGCATGTAATAAATAATAAAAAAAATAATTAATTAAAAAAACACTTGCAGGTTGTGGCTCACAATCCACAGCTTCTTCTGTCATGGAGCTGTTCCATCTTGGAGGAGTTTTAACTGAATCCAGAACTGAACTGGGAGAGATTCTGAAAGCTGTCCTTTGTCAAATGCTAGCTATATATATAGGCGGCAGGCCGAGTGCCTTAGTTCTTCCACATGCAGAAAGTTTTTAAAAATATTTTTGTGTTAATCGTTGTTTAATTTAATTTGGCAAATTGTACAAAGACAGCTTTTACAAATAATTTTCATGCTCAGTTTTGTAACAAAACAAACAAGACAACTTAGAGTTTCATAAAAAACGTAAAGCTATAACATTTTCCTAATTTCTAATATTATTACAGTGCTCAGAATAATTGAGTACACCCCATTTATCCATTTCTCAGTCAATATAGGCAGTGTATTTTGGTGCATTAAAAAAAACAGATTTATTAAACAGATATATTTATTAAATTAATATTTTAGTCACAGAACATCTTTTAAAAATGAAAGATAATACAATTAAATTCAAGCTAAATATTGCAAAAAAAAAAATTACAGCCAACAAAAAGTAAAAAAAATATATATATTATTTTTTTGTCTCTTGATTTTTCCTCTTTTTTAAATTTGTATTTAATATTTTTCCCTAACATATACATTTGAGTGTACTTGCGTTCGGACCGCTATCGTAAGTTATTTTGTTAGATTAGCTCCAGATTTGGCTTCAGTACTGACTAATCTAATGTATATGCACAAATATAATATTTTTAAGTATCCTATAAAAATTTTTATTTAAATGAGAGATTTGTGGGGGGTGTACAAATAATATGTAACCAATATTTGTTGTATTGAAAGTGCTTTATTTTTAACTTTTCAAGGTCAGTCTTTCAGAAAATATGTAAGTACATATAAAAAGTAGACATGTATTCAATCAAATGTGACTACATATGACAACTTTTACAAAGTATTTTGACCAAAATTTCATAACTTTATTCTCCGTACGTGCACTAATCTAAGGGCATTGCTTAAAAAGACTCAAACTATTCAAAATCAGCCTTTGTGTTTGCTTTAATAAATATTTAATAGAAAGGTGAAAGAAATATAAAGAGAAATATTTACGTTAAATCTGTGCTTCGTATCCTTTTCATAGAATAGCAGGAATGGCATTAATTGCAATCTTTTGTTATAAAAATCTGTAATTTATGCACAATTTCTTCATCTTCGTGCATCTGCGCTATTTGATTTTACACATGCAGTATTTCAGCAGCATTACTGTCATGTTCAGCGATAATGGCTTCTTTTCTGTGCGCTGCGTTTCCAAAGAGGTTTATGCGTTTCCAT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Seq C2 exon
GGAGAGCCAATCACCTTCTGCGAGAAGAGCTTCGTGGCACACCGTTCCAGCGCCATGAGAGGCTTCCTTGAGATGGCAGTGAACCTGCAACTCTTCAAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000101868:ENSDART00000160457:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0345514=dDENN=PU(40.3=62.8)
A:
NA
C2:
PF0345514=dDENN=FE(50.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]