HsaINT0046706 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000213047 | DENND1B
Description
DENN domain containing 1B [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:28404]
Coordinates
chr1:197583152-197595333:-
Coord C1 exon
chr1:197595208-197595333
Coord A exon
chr1:197583254-197595207
Coord C2 exon
chr1:197583152-197583253
Length
11954 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCTGTAAGC
5' ss Score
3.69
3' ss Seq
AAATCTTTATTTCTATCTAGGGT
3' ss Score
7.52
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGTGAGCCCATCACTTTCTGTGAGGAGAGTTTTGTAAAGCACCGCTCAAGCGTGATGAAACAGTTCCTGGAAACTGCCATTAACCTCCAGCTTTTTAAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000213047:ENST00000620048:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0345514=dDENN=PU(40.3=64.3)
A:
NA
C2:
PF0345514=dDENN=FE(49.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development