RnoINT0046427 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000011063 | Dennd1b
Description
DENN domain containing 1B [Source:RGD Symbol;Acc:1308441]
Coordinates
chr13:56173047-56183125:+
Coord C1 exon
chr13:56173047-56173172
Coord A exon
chr13:56173173-56183023
Coord C2 exon
chr13:56183024-56183125
Length
9851 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCTGTAAGC
5' ss Score
3.69
3' ss Seq
AAATCTTTGCTTCTGTCTAGGGC
3' ss Score
7.53
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000011063:ENSRNOT00000035129:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0345514=dDENN=PU(40.3=64.3)
A:
NA
C2:
PF0345514=dDENN=FE(49.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
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Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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INCLUSION PATTERN[edit]