GgaINT0039597 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000002246 | DENND1B
Description
NA
Coordinates
chr8:2442000-2451175:+
Coord C1 exon
chr8:2442000-2442125
Coord A exon
chr8:2442126-2451073
Coord C2 exon
chr8:2451074-2451175
Length
8948 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCAGTAAGA
5' ss Score
5.9
3' ss Seq
TTCCATTTCAACTCTTTTAGGGA
3' ss Score
8.68
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCTCGGCCCTGAAAAATAAACTGAAAAAGCAGTCTACAGCTACGGGTGACGGAGTAGCCAAGGCGTTTCTTCGGGCGCAGGCATCACTGTTTGGATCCTACAGAGATGCACTGAGATACAAGCCA
Seq A exon
GTAAGACAGCTTATTTATTCCATTAATTTACAAGTGCACAGGCTTATTCTCTTGCAAGGGAAATGTGAAATATTATCCCAGTCTGGAACATTTCAAATCAACTGCTTTAAACCTTACTCTGAGCTCAGAATATGTTGGCAATTCAGAAGACTTACCTCCTCATGGTGAATTGTACTGAGAAATGAATGCTTGTCCAAAGTCAACTTGATTTGTGTAACTTCTATAACTTATTTAGTATGAAATTTGATTACACTAACGGAAGTGTTTATAGCTCACCTTATTTAATGTACTAAAGAACTGAAGAGACTGTCCCTTTCAGAGACTCAGTCATTTTTCATTGTGCAGGTCCAGATACTTGGCTACGTTTGAGGCCAGAAGTTCTTTATTTTCTAGCAGATGCCAGATATGATGATTCAAACGTGTATCTCTACATTTATTTACTTACCTTGATTCCACTGAGAAGACAGAAGAAATGAAAACACAGTTCATCCCATCAGAGCTTCAGAACTTGCATTTTTCTGGTTTTGATGGTACTTGGTTAATGTGTTTCAGGCTTACATCCTTTCTGGTGTATGTAGGTGGCACATATGGGGCCTATTTAATGATAAAATTATTTACCAGAAACAACATGTGGATTAATTTCAAGTTACTTTCCTATGATATTTACAAACTCTGGACAGCAGTTCCATCTGATAGAAGTTCATCACGATGACATTGACTGAATCAGTCTCAGAACGTGGCTTTTTACTGTTCTTTTAAAAATCAAGGCTGGTCTAAATTCAGAATGATTCAGACAAATACTGAGATTTGGCAGGAGAAAAATCATCATTCTTAAGGCATTAAATAGGGTCTGCATCCTACCCAAGTTGTTCTCTTTCACATAGTCTTTATTGCCATGAGTGTTTTACACCCTTGCTGTTTATGCCGCTAAGAAGCTTTAGACAACTATTGAGATTTAAAAAGTAACCCATTTGGAAATGTTGAAGGGTTTAGTGTAAGTATTTGTGTTTGACAGGCATTATAGTTTTCTTTTTATATGTAAACTCAGTTTGCATATGGTACTGAAATTATTCTACTTGTTTTCAGAATTGCTGAAGGACAGCACAGTATGAATTACATAAAAATAGATCTTTTCAACAAAACATATGCAGTTTATTCCATATCGACATTACTTGACATTGCACAGGAAGGGGTTATCTAATCTGTCCCTTAGTCCAAAGATGAAGACATTGGTCGTTGTCAACCCACGTCAGCTTATGATACAAGCAATTGTGTCAAAAATTGTCTTAAACTATAGTCAATATATCCAAGCAAGATCATGTCAGTCTGGCTGATGTTCTTAACCTTTGTTCTGATTGGAAAAAGGATGGAGTCAGTCCTTTATGGTAAGTTTGTTGAATGGAACATAAGTTCTTCAGCATTCTGATTAGCATCTCTGTTGAATTCAGCTCTGCTTTCCATTTTATTTTAGTGTATCTGTTGCAATATCTGACATGTCTGCATTTGCATTGTATTGGAAGTAGTGCACCATACATCACTTCTGCTGGCACATGTCTCAATGACCTTTTCTATCTTTGTTTTTGCATCATTCTTTTTTGAGTATTATTTTTTTTAGCTTACCAACTGCATATTAGTTAAGATATTTATGTAATCATTCTGGCCTGTTTTTTTAATATTTTATTTTCATAAGATATGTTATTTCAGAAAATTTTAGCAGAAGTATGCTGACAAGTGTCAGCATAACTCAGATTGGCATCAACTTGTCCGAAGACCGAGTGTATATATATTGGAAAAATATATATATATATATATATATATATATATAGAGCTGTGTTCCCACTGTACTAACTAATACAGTTTTTTACAGAATGTTTGTGATAGGAAAAAGTTACTAGGAGCTGAACTTGCTCCAGACTAATAGAGACTAAGAGGAGTTGTTCAGTGATCGTTCAGCTCATTTTACATGAACCTTTTGAACTAAGTTTAGTGCCTTATAAATTAGAAGGTTCAAGAAATCCAGTCTCACTTGACTGTATTGAGAGCATTTGTCATGAGACTCAGAATGTATGAATTGTTATTGCAAGGAAAATGCTATCCTTTGTCTTGGCGTCTGTGATGCTAGATCTAATGAAGAAAATCTAAACCAGGGTTAGCGAGTTTGAGAGCTCAAGTAGTATTCTCACGAAAACTTTGTGAGAGATATACTTAAAATATTTTCTATGTAATTTTGAAATACTTTTGCTGTAAATAAGCTTGTTGTATTTTCAGAATCAAGAAATGGGAGGCTATAGGATACCATTTTTAGGATCATAAACATCCAAACATTATTTTATTTTTCATTAGGATAGTTATTACTTGCCTATAGGTTTAAAAATATGTTCAAGTGAACTACTTTACTTGCAGTGGGGTGTTCTGTATGGTTTTAACTTGAAACATGAAACAACTGTCATTAATATTCACTTTGAGTAAAGAACAGCTTTGATAGTGTCTGTACTCATCCAACACTTCTCTTCATTCCAAACGCTGTTCATCACACTGAACACTCATTCTGTGCAACTGTTTGTTTTCAGCATAGGACAGATTCTCCTTGGTGTAGCAATATGTCTTGAACAAACGTCTAGCAATTATTGAAAATAATGTGATTGGTGAAAGGGAAAACGGGAAGCTTCGGGGGTCTCAAAAGGAGTTCATGGGACTCCGAAAGACCATATGGAAAATTTGACTACTTGAATACTGGCAGGAAATATGACATGCAATGGATATAGGTGATAATATTTTTTTGTGTGTAATATATGATAAGAAAAATATCAATCCAGTAAAGTTTTCAAGAAAAGCAGAAAGAGGTGTTTTATATGATTTAATCATGACAGTGAATTAAAAGAGAAATCAGTCAAATCTGATATAACTGCCGAAATTATTTTTTGTAGTATGTTGTGATTTACTTTAGCAACTATTTCGTAATAGGAGTGGATCTGTAGAGCAAATCAGTACAGCTGGTGATAAGGGCCTGGCATCCACAGTGTGTGCATGTCTAGCTTTGTGATTCTTATTTATTATTATTATTATTTATTTTAGTGTTGACTACTAAATGTCTACAATAGCTGAAGGCCATTTTCTGGTTTACTTTAATACAGAAGGAATCCACTTCATACGTGGTTGTTGAAGGGTGTCTGAAAATATTGCTTTTATAGCCTGTTTTAATATCCCATTACCATTCCAAGATTTTGATAGGGAAGAGAAAAAGAAAATAAAACAGACTTTTATCTTTATTGACTTCCTTATTTGAGAAATTTCTAAAAAAGAAAATCTCCTCAGTGCAATATCAGTGTCTTGTCGTGCTAGCCCAGCTAGTGGTCGCAGTAGTAGCCATTGTGTGATCTCTAACGTCAGTAGCCGTGAACAATTTTGGTTACAAGAATCTGTCCCTGCTGTGACACTGTAAGGATTAGTGTTGTGATATGTCCTTAAACCATGTAGATGCGTATACATATAGAAATCATATTTTTTTTGTCTAGTCGCAACTTAGCCTTGAGCCTTTTGTTGCTCCTATTTCCTTCAGGTAGTCCGGCATTTGGGAATTTATTACAAAATAATATTGCATGTTTCAGAACATGCAAAGATGGGAGTTAAATACAAAGATTGCAATTATGCTGTTTGTTTCACTTTATCAATTAGTGCATGTGCAATATTGTGTTCCTTTCCAGCTTTTTACTTCACATATTCTTCATGGGTATTTTTCAGGCAGCCTTGCAGATGTAAACCACACCAATCAAACATTTTAGCAGTGCTATGGTGTCCAGGGAAAAAGAACCTTACGCATGAACTTACGTAGATCTTGTAGATGATAGCAAAGACTAGATTTTTTTTTTCCCCATTAAATGTATGCAATATAGTCAGATAACAAAACAGTGAGTGGTGTAAAAATTTATTTAAAAGGCAGTGTTTCACTGACTGTGTCTAGAGAGGAAAAGGTAGGTGAGATTTTGAGGGTAGAAGAGGAAAAATAATAACAAATAATAAAAGAGATAACTTTTATCATTGGGAAAAGGAGAAACCGGCTTTCCTGCTTTGCTTGTGACTAGCAAACATCAGGAAGAATTATAGCTGTGATTTAAGTAAGAAAAATGTAGTCCATCATGACAAGAGAAATACATTTCAAATGTATTTCAAATAAACAAATCCTCTTTGAGACGTACCTGTTTGAAAACTAGGGGGTTATAAGCAACAGTAAGTTATTTTCTGCTTTTGAAGAATTGGCTTTTCTTCAAGAGTTAGCCAACAGAAGATCAAGAAAATCACCTCCAGTTTTGGGGGAAAAAATCATCAAAGCTATTGATGTTAAACCAAAAGAAATAAACTTAACATATCTTTGTTTTAAGTTATGATGATTGTAACATTCGTCAGAAATTACAAAAAGAAGAGCAGAGGCTAAATGGCATGATTTGGAATTCTTGCCAGCAGGAGTTCACAGTCTGATTGGCACTGCGAGGGGATGGGATAGCCTCCGTATTGGAGATAGCACAACCTGTCAGACCTTGCTTTAATTGGATGCTTTCTGGAGTGCTTTGGGCCTGCACGTTTTTAACTACACTTTAAGTAGTTATATTAACTTTCAAACAGACCCGGGTATTTTATTTAAAATGCAAGAAATAAGAATAGTGCAATTAAGAGTGTTATGTTAGGGGAAGGAAAGGATATTTTAAGGTTGAATGCTCCTGAATGCATGAGAACGCTTAAGCAACAATTGCTTATAATTGAGTTTCAAAATGAAATCTTTTGAGGACACAACTACCTTGAGAAGTGGACATCGATGTGTTTGCCTTTTGCCCAAGTTAGGCGTAAAAGTTACAGGAGAGTAGAGAAACAGTAGTAAAATGCCAGAAGGTAGCTTGTGCTTAAATACAGAACCACCCTGTTATACCTGTTATGTCTCTTTATTGTCACTTCTCTAAGAACCCTTTTTTCATGCTAAAAGCCATACTGTTACATTTATATTAAGA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Seq C2 exon
GGAGAACCTATAACTTTCTGTGAGAATAGTTTTGTGAAGCATCGTTCCAGTACTACAAAACAGTTCCTGGAAACTGCTGTTAATCTTCAACTGTTTAAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000002246:ENSGALT00000003516:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0345514=dDENN=PU(40.3=64.3)
A:
NA
C2:
PF0345514=dDENN=FE(49.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]