DreINT0056016 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000101868 | dennd1b
Description
DENN/MADD domain containing 1B [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060503-16]
Coordinates
chr22:23411547-23420711:+
Coord C1 exon
chr22:23411547-23411648
Coord A exon
chr22:23411649-23420620
Coord C2 exon
chr22:23420621-23420711
Length
8972 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACAG
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
ACTTTAATTTATGACTGCAGTTC
3' ss Score
5.39
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAGAGCCAATCACCTTCTGCGAGAAGAGCTTCGTGGCACACCGTTCCAGCGCCATGAGAGGCTTCCTTGAGATGGCAGTGAACCTGCAACTCTTCAAGCAG
Seq A exon
GTACAGTGAAAACTCTGCCTCAGCCATAAATCACATATGCAGTGTTTCACAGTAACTCTCACACTAACCCTTACACTACCCTCCAGGTCTTTTTATAGCCTTTAAATCCAGTCAGTTTTCATAGAAACAACAGAAAAAGTTGTAAGTTCATTTAATATTTAGAAATAAATCATAACCTACTCCACTTGCTCTGAAACAAAAATAACACTTGAGCAATATTAATTTCTGTTGAAATTTTTTGTAAATTTATTGGATTAATAAATTTATTTTACATAAGATTATCTTCGTAAACATAGAAAAGGCAGAAAAGTGGAATCTAATTTATGTAATTTGCACAGAAACTGTAAACAAATTGCTCATAAACGTTCAATTTTAGTTAAATATGACAGTTAAGATGTAATAATCATTAATAAATGGTTTATATTTACATTAGGGATGACTTGACACTGTTTAACATTTTTTTTTATCCTCACTTATAAGTGGCTTTGGATAACAGCATCTGCTAAATGTAAATGTACTGTCAAATCAGAAATTATACAGCCACCTTGAACTTTTCAAACAGAAAGTTTTATAATATAACAATTAGGTTGTCCCGATCAGCTTTCTTTGCTCTCGAGTCTGAGTCATTTGATTTTAAGTATTTATTGATACCGAAACTTAATGTGATACTTCTATAATATAAAAATAAAATATTAAAGAAAAGCAAAGAAACAGATCCAGAATGTTCCTTAGTTTTTATTTAATTCACATTATTTTAAAAATCAACTACTCCGTTAACAAACAGAACACTTCTGTGAGGTAGTTTGAACAATCAAGTAATAAAGAACATCAATTCTTCCCCTCTTGCAATCCCAAGTTTACATATCTCATCAGATATCCACATCTACATATCTACACATCCACATATCAGTTTGCTATGACAATGCTGTAGTCATTAACTTTGTAATACCTCCAGACCGCAGACATACTCGAGTTATTGCTAGATAAGATACGGTTGGGGCCAGAAATATTTATTGATATTATTTATTAAATTTCCCATTAATTGTATTTTATTAACGTCTACCCCAACTCTAAACCCCCAACCGTCACAGTAATGTAAAAAAATTAATTATTGTTACATAGTGTCACGCACATCAATATAGCATTATTTTTGTATCCGCAGCTATATCCTATCTAGACATTACCACATACTCGCATTTTCTGCTTTAAGCTGCTTCTGTGTCCTACTTTTTCAGCATTTAACCAATAGCATCTCTGATACAAAGTGATGACGTCATGCCACACGCATTGTTGTTTTGTGTGAAGTGAAGAAAGAGGTCTAACTCCGTGCCACCGCATAACTATAGATGTGTTAAAATATAATGAGAATATATAAATAAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTCAAGTCCTGATCAGGATGTAACGTCTAATTCTGATTGAGTCTGAAACCATGTGATCGGGCCTGATTTCCAATCATGTGATCGGACCTGGACATCCCTAATAACAATAACTTGCAAGTTTAACTATGTTGGAACAAAATCATCTTGATAATCTCAGATAATTTTTACAGAAATTAACAGTAAATCAACCCAGACTCTCTGCAGCAGCCTCTTCACTTCCACTGTATGAAGAATTTAGGGTTGAAATGTGTCACAGTCTACTTTATTGTGCTTATTTCCATAAATAAACTATAGTGTCCTGCACCCAATATTTTAAAACCATAAAAATCTCTGTATAGTCTCTGAATAGGTTTTGGTTTGATTTTCTGCAATGTACATGTTACAGTATGTTTTTCATGTAAATATTGCACAGTAAGTCTCAGGAGCGCTTACACTTCCCTCCAGCCCTTTTAAAGCTGTAATATGGAGTGTCTTTCTTCCCCCTCTCTGCCAAAATCTTAATTTATACCCGCATTTAATCACATTCAGTCTCAATGCATAACATTCCCTCCAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCAGATAGTGACCAGTAGTTCAAAGACATCTCCACCTCCAGTAGCTCCGGGAGAGCCCTTATCTCCAACTTGGCCGTTCTGCAAAAGGCCAGCGCCGCGGTGCCCCGTTCTGACCATGAACCACATCTGCTCGGAGGCCCGTCCTGCCTAGAAACCCAGTAAAGGCTTCCTGCCAAGAGATTGCGGGGGAAGTCTGTCAGCGACGACCTGCTTTCTGTCTCCTAACTCTCCTTCTTCCAGCGGCTGATGCTAACTCACGTTCACCCTGCCAACCGGAGAGAGCTCGCAGCGCTCTGGCATCTCCCCATCTCCCTGTCTGCACGGGTCCGGTTAACCGCTTCTTCCTCCAGACTCTCATCACTTCCCCCTCGACACATTCAGATGCAGTGCTTTGGGCTTTTTTTAACTCTCTATAGTTGCGTTTAGCAGTTGCTTGGAGACTTTTTTTTTTACTAACTAGCTATGACTCCTTTCATTGTAATCATAGTTAAACTGGAAGCATAAGTTAAATATTTTAGGTTATAATGCATTTATGTTTAAAGGAATAGGTCATACTAAAGTGAAAATTGGCTGTCCAAGGTGTAGGTGGCTTATTTCTCTGTCCAGTACATCGTTTAAGATCATTGGTGCTTTGTAAAATGCAAGTCAATGGCTACAGGGATATTGAGACTCAAAAAATATATAAAGTCAAAACAAAAGTAATATTTGTGGCTCCTGATGATACTTTGATATCTTAAGTAAACAAATCAATCTGTGAAATAAAGTCAGCATGATTACATTATGATCTGCTGACTAAGAATACACAAGACATGTCACTCGTATTGTTTTAAATGAGGAAAAGTGTAACAGTCAGTATGTACAGGAGCCAATCATCGCTCGCTATAGACTGAAGTTTCTCCAGGAGAGAAGCTCAAACCATACATGTGCTGTTACGACAGTTTTTGTGGTCAACAAACACACTGAATTCTTAGCAAATTCTTGCTTCACAGACATAAGAAATATATCAACATGAAGCTTGACATCTGTAGCTGTAAATAAACCAAGTGCACTTAAAAACAAAAGTTTTTTTGTTTTGTAATTTGTATGAAACAAATGTGTGGTGCAGTAAAATGCCCACAAACTTGTAAACAAAAAGTCGCTGTCATTTCTGGAGATTGCCAATCATGGAAATTCACCATCAAGAGCAAGAGCGATCAGACAATAATTATTCAGAGTATGATAATATGTAGAACGACCATAAATGAGGTTGGTGTTGTGATCTCGTTCCCTTCGAGTGCGCATGCTCGTTAGCTCGGGCAACCTGTAAAAATTCAGATTTTGTTTGATTCAAACATTTAGAAACGAAACTCATGAGACAGTTGATATTTAATTTTATTGGTGATTCCTAATATTTAGGATAATCATAAGCTTGGCCAACAGTTTTGGAGAATTAGATTTTTTCCCATTCATATGAATGCCCGAGCATACTGCCTGATAGTCATCTCAAAGATGGTGCAGAATGAAATTACTTGCCTTAAAGGGACTTTAGCGTTTTTGCAACAGGATCATTTTGTTGAATGTCTATTGCTGTTTTTATTTACACCAAGTTCCACTAGCTGTTAATTCGTATTTTGTTTTTTAGCTAAAAGTATTCTCTACTGAAGTATTCTCTACTGAAAGAAATCATCTACATCTTGGATGTCATAATAGCGAGTAAATGAACAGCAAATTTTCTCTTATGAGTGAACTGTCCATTAACTTGACATTTTACAACATGTTTAAGAAAACAAATTAACACCAACTTTGTTATTAATTATTTGTTTTGGAAACTAATTCAGATATTTCAAGCAGTTCTTATTTTGATGAACCAGTATCAATTCTTAAGTAGTTATTTCAGTTCATTCAGTTAATGTGCTAAAATTCTGAATTAAAATTTTAGATGTACTTGTTCAAAAACAGATGTTAAAAGCTTTGTAATAATTCTTTGTTACTTTATTAACTAATATAATAGTTTTTTTGTAAGACTCTTTAAGTTCAACTCAGTAACCTAAATTATACTGATGAAAAAAATAAAATCGACTAACGATCTACTTGAGGGGCATCCTTTTTCAAATGTTGCCATATTGCAGGCAACAGGAACAAATAAACAACATTAAAAAAAAATCTTGCCAGCATGATATTTGAGAGAACATATGTGAAATGTGTTTCATGCATTGATAATATATGTGTACATGAGTGGAAAATCCACAGTACAAAAACTGAGCTACATTGAACTTTGACTGTCTCGCAAATATAAGCAAGGCAGGTTTTTTTATACAGCACAAATTCATACACAATGGTAATTCAAAATGCTTTATATAAACAGGAGTAAAAGAAACATAAAATACAAGTATAAAAAATGAAAACAACAAAGAATAAATTGGTTAAATGTGTTTAGACATGTAAACTACTTTTTGTTGTGCTTTAGTCAGGGCAGCAACAAACCACCCTTGTGTGGTGCAGGCCATTGAAATAAATGGGGTTTATAGTGCCAGAGTTGGGTGTAAGACGTTCGACAGTAACGCGTTGCTGTATTCTAATTACATATTTGAGGAACGCAGTAATGTAATGAATTACATTTTAAATTTTGTGTAATTTGATTGCAGTTACTAAAGTCAATCTAATTGCGTTACCTAGAAAAAATGCTTCTTTTAAATCACATTTTCTGCTGCAATGTCAGTTAATAAGCATGTGCTACTGTATGTCCAGTCTCTAAAGAACTTTCGACTGCTTTAAACTCTACCAGCTACTTGTTCAAGCACTTGAACAGAAAGCATTCTACAACAATACACGTCACCAAGGAGGACACCGGTGCCCAAAAAACACAGCAGCGCAACTCGGCCTAGACAGGCTAAATTGGATTTTTGTGCAGGATAGGGAATGAAGGTATCTACTGAATGTGAAGAGAAGTGTAGCTGCTTGGGGCAGTTCACATATCTTTTGCGTGCGCGTATATTGGGAGCACATATTGCGCGCGCTCGCATTTCCCAGACG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Seq C2 exon
TTCATTGAAGGCAGACTGGCCAAATTAAATGCAGGAAGGGGCTTTACAGACGTCTATGAAGAGGAGATCACAGAGGGCGGCTTTTGCAAGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000101868:ENSDART00000160457:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0345514=dDENN=FE(50.7=100)
A:
NA
C2:
PF0345514=dDENN=PD(7.5=16.1),PF0301110=PFEMP=PU(14.4=45.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]